Parameters Input.values
Folder name : Example data
Sequence name : CDH1
Group : Low methylated DNA
Experiment type : Direct-BSP
Replicate number : 2
Date of sequencing #1 : 2022-05-02
Date of sequencing #2 : 2022-05-02
Date of analysis : 2022-05-18 12:52
Prefix of output files : CDH1_Low methylated DNA_2

Reference DNA

Reference DNA sequence

Reference DNA sequence information Input values
Name CDH1
Strand used for primer design Plus strand
Length 341 pb
Coordinates on reference genome chr16:68770940-68771280

Genomic DNA Sequence from plus strand (template strand):

## CCACCGGCGGGGCTGGGATTCGAACCCAGTGGAATCAGAACCGTGCAGGTCCCATAACCCACCTAGACCCTAGCAACTCCAGGCTAGAGGGTCACCGCGTCTATGCGAGGCCGGGTGGGCGGGCCGTCAGCTCCGCCCTGGGGAGGGGTCCGCGCTGCTGATTGGCTGTGGCCGGCAGGTGAACCCTCAGCCAATCAGCGGTACGGGGGGCGGTGCCTCCGGGGCTCACCTGGCTGCAGCCACGCACCCCCTCTCAGTGGCGTCGGAACTGCAAAGCACCTGTGAGCTTGCGGAAGTCAGTTCAGACTCCAGCCCGCTCCAGCCCGGCCCGACCCGACCGC

Genomic DNA Sequence from minus strand (not used):

## GCGGTCGGGTCGGGCCGGGCTGGAGCGGGCTGGAGTCTGAACTGACTTCCGCAAGCTCACAGGTGCTTTGCAGTTCCGACGCCACTGAGAGGGGGTGCGTGGCTGCAGCCAGGTGAGCCCCGGAGGCACCGCCCCCCGTACCGCTGATTGGCTGAGGGTTCACCTGCCGGCCACAGCCAATCAGCAGCGCGGACCCCTCCCCAGGGCGGAGCTGACGGCCCGCCCACCCGGCCTCGCATAGACGCGGTGACCCTCTAGCCTGGAGTTGCTAGGGTCTAGGTGGGTTATGGGACCTGCACGGTTCTGATTCCACTGGGTTCGAATCCCAGCCCCGCCGGTGG

Localization of CG dinucleotides

CG positions on plus strand

CG number chr start end C position G position
1 chr16 68770944 68770945 5 6
2 chr16 68770947 68770948 8 9
3 chr16 68770960 68770961 21 22
4 chr16 68770981 68770982 42 43
5 chr16 68771035 68771036 96 97
6 chr16 68771037 68771038 98 99
7 chr16 68771045 68771046 106 107
8 chr16 68771051 68771052 112 113
9 chr16 68771059 68771060 120 121
10 chr16 68771064 68771065 125 126
11 chr16 68771073 68771074 134 135
12 chr16 68771090 68771091 151 152
13 chr16 68771092 68771093 153 154
14 chr16 68771112 68771113 173 174
15 chr16 68771138 68771139 199 200
16 chr16 68771143 68771144 204 205
17 chr16 68771150 68771151 211 212
18 chr16 68771159 68771160 220 221
19 chr16 68771182 68771183 243 244
20 chr16 68771200 68771201 261 262
21 chr16 68771203 68771204 264 265
22 chr16 68771230 68771231 291 292
23 chr16 68771254 68771255 315 316
24 chr16 68771264 68771265 325 326
25 chr16 68771269 68771270 330 331
26 chr16 68771274 68771275 335 336
27 chr16 68771278 68771279 339 340

CG positions on minus strand

CG number chr start end C position G position
27 chr16 68771278 68771279 2 3
26 chr16 68771274 68771275 6 7
25 chr16 68771269 68771270 11 12
24 chr16 68771264 68771265 16 17
23 chr16 68771254 68771255 26 27
22 chr16 68771230 68771231 50 51
21 chr16 68771203 68771204 77 78
20 chr16 68771200 68771201 80 81
19 chr16 68771182 68771183 98 99
18 chr16 68771159 68771160 121 122
17 chr16 68771150 68771151 130 131
16 chr16 68771143 68771144 137 138
15 chr16 68771138 68771139 142 143
14 chr16 68771112 68771113 168 169
13 chr16 68771092 68771093 188 189
12 chr16 68771090 68771091 190 191
11 chr16 68771073 68771074 207 208
10 chr16 68771064 68771065 216 217
9 chr16 68771059 68771060 221 222
8 chr16 68771051 68771052 229 230
7 chr16 68771045 68771046 235 236
6 chr16 68771037 68771038 243 244
5 chr16 68771035 68771036 245 246
4 chr16 68770981 68770982 299 300
3 chr16 68770960 68770961 320 321
2 chr16 68770947 68770948 333 334
1 chr16 68770944 68770945 336 337

Bisulfite converted sequences

Converted sequence sense (template strand)

Bisulfite converted sequence of the plus strand as indicated as the template strand.

## TTATCGGCGGGGTTGGGATTCGAATTTAGTGGAATTAGAATCGTGTAGGTTTTATAATTTATTTAGATTTTAGTAATTTTAGGTTAGAGGGTTATCGCGTTTATGCGAGGTCGGGTGGGCGGGTCGTTAGTTTCGTTTTGGGGAGGGGTTCGCGTTGTTGATTGGTTGTGGTCGGTAGGTGAATTTTTAGTTAATTAGCGGTACGGGGGGCGGTGTTTTCGGGGTTTATTTGGTTGTAGTTACGTATTTTTTTTTAGTGGCGTCGGAATTGTAAAGTATTTGTGAGTTTGCGGAAGTTAGTTTAGATTTTAGTTCGTTTTAGTTCGGTTCGATTCGATCGT

Converted sequence antisense (reverse complement)

Reverse complement of the bisulfite converted sequence from the plus strand.

## ACGATCGAATCGAACCGAACTAAAACGAACTAAAATCTAAACTAACTTCCGCAAACTCACAAATACTTTACAATTCCGACGCCACTAAAAAAAAATACGTAACTACAACCAAATAAACCCCGAAAACACCGCCCCCCGTACCGCTAATTAACTAAAAATTCACCTACCGACCACAACCAATCAACAACGCGAACCCCTCCCCAAAACGAAACTAACGACCCGCCCACCCGACCTCGCATAAACGCGATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAAATCTAAATAAATTATAAAACCTACACGATTCTAATTCCACTAAATTCGAATCCCAACCCCGCCGATAA

Sequencing trimming

Summary

Thresholds Values
Minimum length of the trimmed sequence : 30 bp
Minimum Phred quality score : 30
Minimum ratio of primary peak : 0.75
Minimum percentage of non-mixed positions : 75 %
Sequencing Length Start position End position Mean of Phred quality scores Mean of primary peak ratio Percentage of non-mixed positions Trimmed sequence quality
#1 47 24 70 27.96 0.86 78.72 Incorrect
#2 200 8 207 40.44 0.89 82.00 Correct

Sequencing result #1

Raw sequence

Sequence

Sequence of primary peaks:

Length: 1067 bp

## ATATTTAGAGAGTTCTAGTAGATGACTATTGTGATTGTGAGTATTTGTGAGTTTCCTCGACTGTGCCTTCTAAGAGGAGGGGTTCGCGTTGTTGATTGGTTGTGGTCGGNAGGGGAATTTTTAGTTAATTAGCGGCACGGGGGGCGGNGTTTTCGGGGGTNATTTGGNTGCAGTTACGTTTTTTTTTTTTTAGGCGTCGGAANAGTAAAGTATCCGNGAGTTNCCTCGAGTGTGNATTCGAACACTTAAGTGAAGGGATGTATTTANTATACTACACNCCNCTATCCCTTCGTNGACTTGCAGGTGACTCTTGATNACNATTCNCACCNCAAGCCTTCAGCCGCCNCCGCTTCATTCAGATTTCGGCCCAATCAACTTTCAATGGGACGTGAAAGAACTACCCTGATTCCACCGANAGCGGNCACCTATAGCTTGANTCCNNAGNGGCTACCNGATAGATGNCTANNACTTTCNGAGNAATGCAANATNCGCCCAAANTACCCAATCCCGACACNCACANGTAGTGNGACATCCCCCAATGCTTNTCGATGTCCTATGAGCAGTTCAAATGAGAATAANCTANATCCCTNANANNGNAANCTTANCACGCAGGTCGCGTNCNCCATCCGCGGTATTTCCNGCTCTAATACCGCAAGTCAGAGTATGTGCCGTCAGAAACTCCTAGTNGGGTCNNGACGGCGCCCTGTGNTTGGGTCCGNCGANTCAAAAGNGCTCGTCGCGNAACTCTNCGCACTAGATCTTCGANACTNCNCTTAANCTGGTGGANCGANGGCCTTAAGACCGCCCGCTGCGNGTTAACCCTGCAGATTTNAGTCTGNACAACTACTTTTANCNTCGCCGATCCCGCNGTGCCGATCNNGCCNAGTAGCGNACNNGACTCCNACTCNGTTAGGTTGANNGAATCAANCNNCAAAANCNCCCTCTAGGGNGNGAATANNAANNAAGANNNGNGGNCNNGGAAAAGGGGACCTGGCCCCNCANTNTGNNGATTTNCNGANNTNAAAAAAATAATNATAACNCCCCAAGGTTAAAANAACCTCACCCCC
Chromatogram

Open chromatogram file in a new tab

Table
Position A peak T peak G peak C peak Total A ratio T ratio G ratio C ratio Primary base Quality score Primary ratio
1 11 0 5 0 16 0.69 0.00 0.31 0.00 A 2 0.69
2 8 14 1 0 23 0.35 0.61 0.04 0.00 T 5 0.61
3 20 0 0 2 22 0.91 0.00 0.00 0.09 A 5 0.91
4 0 17 0 2 19 0.00 0.89 0.00 0.11 T 4 0.89
5 0 19 0 2 21 0.00 0.90 0.00 0.10 T 4 0.90
6 0 16 0 2 18 0.00 0.89 0.00 0.11 T 4 0.89
7 17 0 0 0 17 1.00 0.00 0.00 0.00 A 4 1.00
8 0 0 125 1 126 0.00 0.00 0.99 0.01 G 11 0.99
9 4 0 0 0 4 1.00 0.00 0.00 0.00 A 4 1.00
10 7 0 96 0 103 0.07 0.00 0.93 0.00 G 25 0.93
11 25 19 0 0 44 0.57 0.43 0.00 0.00 A 4 0.57
12 0 0 639 26 665 0.00 0.00 0.96 0.04 G 4 0.96
13 0 1880 0 26 1906 0.00 0.99 0.00 0.01 T 9 0.99
14 0 1946 0 20 1966 0.00 0.99 0.00 0.01 T 7 0.99
15 0 0 37 572 609 0.00 0.00 0.06 0.94 C 4 0.94
16 0 1693 0 0 1693 0.00 1.00 0.00 0.00 T 9 1.00
17 1348 0 0 0 1348 1.00 0.00 0.00 0.00 A 4 1.00
18 0 0 2063 32 2095 0.00 0.00 0.98 0.02 G 12 0.98
19 0 1192 0 0 1192 0.00 1.00 0.00 0.00 T 7 1.00
20 1034 0 0 30 1064 0.97 0.00 0.00 0.03 A 9 0.97
21 0 0 650 30 680 0.00 0.00 0.96 0.04 G 7 0.96
22 1321 12 0 0 1333 0.99 0.01 0.00 0.00 A 16 0.99
23 0 12 0 11 23 0.00 0.52 0.00 0.48 T 17 0.52
24 0 0 1749 13 1762 0.00 0.00 0.99 0.01 G 41 0.99
25 72 0 0 6 78 0.92 0.00 0.00 0.08 A 6 0.92
26 0 0 0 6 6 0.00 0.00 0.00 1.00 C 9 1.00
27 0 633 0 0 633 0.00 1.00 0.00 0.00 T 14 1.00
28 719 0 12 26 757 0.95 0.00 0.02 0.03 A 19 0.95
29 0 605 12 0 617 0.00 0.98 0.02 0.00 T 11 0.98
30 33 659 0 49 741 0.04 0.89 0.00 0.07 T 50 0.89
31 0 0 1375 24 1399 0.00 0.00 0.98 0.02 G 58 0.98
32 57 101 0 24 182 0.31 0.55 0.00 0.13 T 8 0.55
33 0 0 400 0 400 0.00 0.00 1.00 0.00 G 20 1.00
34 465 0 0 8 473 0.98 0.00 0.00 0.02 A 23 0.98
35 0 352 2 8 362 0.00 0.97 0.01 0.02 T 22 0.97
36 0 400 0 14 414 0.00 0.97 0.00 0.03 T 22 0.97
37 123 0 547 13 683 0.18 0.00 0.80 0.02 G 25 0.80
38 0 234 0 13 247 0.00 0.95 0.00 0.05 T 11 0.95
39 182 0 209 7 398 0.46 0.00 0.53 0.02 G 11 0.53
40 183 50 0 20 253 0.72 0.20 0.00 0.08 A 8 0.72
41 0 0 373 0 373 0.00 0.00 1.00 0.00 G 17 1.00
42 85 121 0 0 206 0.41 0.59 0.00 0.00 T 7 0.59
43 221 0 66 1 288 0.77 0.00 0.23 0.00 A 9 0.77
44 0 186 134 1 321 0.00 0.58 0.42 0.00 T 8 0.58
45 6 221 1 0 228 0.03 0.97 0.00 0.00 T 14 0.97
46 9 219 0 26 254 0.04 0.86 0.00 0.10 T 14 0.86
47 0 1 436 8 445 0.00 0.00 0.98 0.02 G 49 0.98
48 5 106 0 6 117 0.04 0.91 0.00 0.05 T 20 0.91
49 0 0 324 2 326 0.00 0.00 0.99 0.01 G 62 0.99
50 181 27 0 9 217 0.83 0.12 0.00 0.04 A 24 0.83
51 0 0 224 0 224 0.00 0.00 1.00 0.00 G 47 1.00
52 0 100 0 14 114 0.00 0.88 0.00 0.12 T 17 0.88
53 3 112 24 11 150 0.02 0.75 0.16 0.07 T 24 0.75
54 4 103 0 20 127 0.03 0.81 0.00 0.16 T 23 0.81
55 4 1 58 161 224 0.02 0.00 0.26 0.72 C 31 0.72
56 0 6 29 129 164 0.00 0.04 0.18 0.79 C 30 0.79
57 2 103 23 0 128 0.02 0.80 0.18 0.00 T 24 0.80
58 1 16 0 184 201 0.00 0.08 0.00 0.92 C 43 0.92
59 3 12 95 24 134 0.02 0.09 0.71 0.18 G 24 0.71
60 112 0 38 7 157 0.71 0.00 0.24 0.04 A 18 0.71
61 0 12 0 111 123 0.00 0.10 0.00 0.90 C 36 0.90
62 0 132 2 16 150 0.00 0.88 0.01 0.11 T 43 0.88
63 17 2 392 10 421 0.04 0.00 0.93 0.02 G 62 0.93
64 3 74 21 6 104 0.03 0.71 0.20 0.06 T 27 0.71
65 1 0 222 7 230 0.00 0.00 0.97 0.03 G 54 0.97
66 3 17 1 116 137 0.02 0.12 0.01 0.85 C 48 0.85
67 8 19 5 159 191 0.04 0.10 0.03 0.83 C 56 0.83
68 8 119 0 0 127 0.06 0.94 0.00 0.00 T 35 0.94
69 20 117 21 9 167 0.12 0.70 0.13 0.05 T 39 0.70
70 0 15 0 166 181 0.00 0.08 0.00 0.92 C 51 0.92
71 38 109 1 0 148 0.26 0.74 0.01 0.00 T 16 0.74
72 300 7 8 9 324 0.93 0.02 0.02 0.03 A 62 0.93
73 245 16 6 10 277 0.88 0.06 0.02 0.04 A 59 0.88
74 0 0 41 7 48 0.00 0.00 0.85 0.15 G 16 0.85
75 54 5 20 8 87 0.62 0.06 0.23 0.09 A 22 0.62
76 4 5 20 19 48 0.08 0.10 0.42 0.40 G 16 0.42
77 0 11 21 7 39 0.00 0.28 0.54 0.18 G 17 0.54
78 26 7 0 6 39 0.67 0.18 0.00 0.15 A 22 0.67
79 0 9 25 0 34 0.00 0.26 0.74 0.00 G 27 0.74
80 4 7 36 0 47 0.09 0.15 0.77 0.00 G 41 0.77
81 0 6 23 9 38 0.00 0.16 0.61 0.24 G 15 0.61
82 3 0 27 0 30 0.10 0.00 0.90 0.00 G 15 0.90
83 0 17 0 0 17 0.00 1.00 0.00 0.00 T 8 1.00
84 9 18 2 0 29 0.31 0.62 0.07 0.00 T 9 0.62
85 0 0 0 51 51 0.00 0.00 0.00 1.00 C 27 1.00
86 0 10 21 0 31 0.00 0.32 0.68 0.00 G 19 0.68
87 5 20 0 30 55 0.09 0.36 0.00 0.55 C 16 0.55
88 5 14 33 14 66 0.08 0.21 0.50 0.21 G 21 0.50
89 7 24 2 7 40 0.17 0.60 0.05 0.17 T 18 0.60
90 7 23 7 0 37 0.19 0.62 0.19 0.00 T 18 0.62
91 6 8 33 8 55 0.11 0.15 0.60 0.15 G 41 0.60
92 6 22 3 7 38 0.16 0.58 0.08 0.18 T 30 0.58
93 4 28 0 6 38 0.11 0.74 0.00 0.16 T 27 0.74
94 0 0 35 10 45 0.00 0.00 0.78 0.22 G 37 0.78
95 22 0 4 0 26 0.85 0.00 0.15 0.00 A 16 0.85
96 0 17 4 12 33 0.00 0.52 0.12 0.36 T 15 0.52
97 8 19 1 3 31 0.26 0.61 0.03 0.10 T 19 0.61
98 9 4 54 3 70 0.13 0.06 0.77 0.04 G 51 0.77
99 6 4 19 5 34 0.18 0.12 0.56 0.15 G 26 0.56
100 0 9 0 6 15 0.00 0.60 0.00 0.40 T 12 0.60
101 9 16 0 7 32 0.28 0.50 0.00 0.22 T 30 0.50
102 1 0 40 4 45 0.02 0.00 0.89 0.09 G 51 0.89
103 1 15 0 2 18 0.06 0.83 0.00 0.11 T 21 0.83
104 4 2 38 0 44 0.09 0.05 0.86 0.00 G 50 0.86
105 2 0 22 7 31 0.06 0.00 0.71 0.23 G 34 0.71
106 0 12 0 0 12 0.00 1.00 0.00 0.00 T 15 1.00
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110 10 8 11 3 32 0.31 0.25 0.34 0.09 N 14 0.34
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262 10 0 3 6 19 0.53 0.00 0.16 0.32 A 19 0.53
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270 0 5 2 1 8 0.00 0.62 0.25 0.12 T 8 0.62
271 11 0 2 5 18 0.61 0.00 0.11 0.28 A 14 0.61
272 3 6 1 7 17 0.18 0.35 0.06 0.41 C 13 0.41
273 1 10 1 0 12 0.08 0.83 0.08 0.00 T 18 0.83
274 8 7 0 5 20 0.40 0.35 0.00 0.25 A 13 0.40
275 0 4 5 8 17 0.00 0.24 0.29 0.47 C 13 0.47
276 4 0 0 4 8 0.50 0.00 0.00 0.50 A 10 0.50
277 5 1 2 8 16 0.31 0.06 0.12 0.50 C 10 0.50
278 4 4 2 8 18 0.22 0.22 0.11 0.44 N 13 0.44
279 0 4 4 6 14 0.00 0.29 0.29 0.43 C 11 0.43
280 4 4 0 8 16 0.25 0.25 0.00 0.50 C 10 0.50
281 4 7 3 5 19 0.21 0.37 0.16 0.26 N 12 0.37
282 1 1 7 7 16 0.06 0.06 0.44 0.44 C 9 0.44
283 1 8 3 4 16 0.06 0.50 0.19 0.25 T 9 0.50
284 6 0 3 5 14 0.43 0.00 0.21 0.36 A 10 0.43
285 2 8 1 6 17 0.12 0.47 0.06 0.35 T 16 0.47
286 3 1 1 10 15 0.20 0.07 0.07 0.67 C 14 0.67
287 2 6 1 10 19 0.11 0.32 0.05 0.53 C 13 0.53
288 1 4 7 7 19 0.05 0.21 0.37 0.37 C 13 0.37
289 0 10 5 4 19 0.00 0.53 0.26 0.21 T 18 0.53
290 4 11 0 0 15 0.27 0.73 0.00 0.00 T 23 0.73
291 2 4 2 11 19 0.11 0.21 0.11 0.58 C 23 0.58
292 0 3 5 1 9 0.00 0.33 0.56 0.11 G 12 0.56
293 2 5 3 1 11 0.18 0.45 0.27 0.09 T 10 0.45
294 5 5 4 4 18 0.28 0.28 0.22 0.22 N 10 0.28
295 0 1 5 1 7 0.00 0.14 0.71 0.14 G 10 0.71
296 17 0 2 1 20 0.85 0.00 0.10 0.05 A 29 0.85
297 0 5 2 7 14 0.00 0.36 0.14 0.50 C 13 0.50
298 2 9 0 7 18 0.11 0.50 0.00 0.39 T 17 0.50
299 3 7 0 5 15 0.20 0.47 0.00 0.33 T 13 0.47
300 0 0 8 4 12 0.00 0.00 0.67 0.33 G 18 0.67
301 4 2 0 6 12 0.33 0.17 0.00 0.50 C 11 0.50
302 9 1 0 2 12 0.75 0.08 0.00 0.17 A 18 0.75
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304 2 0 12 0 14 0.14 0.00 0.86 0.00 G 34 0.86
305 3 6 0 2 11 0.27 0.55 0.00 0.18 T 19 0.55
306 0 0 6 4 10 0.00 0.00 0.60 0.40 G 16 0.60
307 9 3 0 2 14 0.64 0.21 0.00 0.14 A 24 0.64
308 3 0 0 9 12 0.25 0.00 0.00 0.75 C 23 0.75
309 3 6 1 3 13 0.23 0.46 0.08 0.23 T 13 0.46
310 0 0 3 12 15 0.00 0.00 0.20 0.80 C 27 0.80
311 4 6 2 0 12 0.33 0.50 0.17 0.00 T 13 0.50
312 0 8 0 6 14 0.00 0.57 0.00 0.43 T 13 0.57
313 6 0 10 0 16 0.38 0.00 0.62 0.00 G 18 0.62
314 10 0 0 2 12 0.83 0.00 0.00 0.17 A 19 0.83
315 0 13 0 7 20 0.00 0.65 0.00 0.35 T 23 0.65
316 6 3 2 4 15 0.40 0.20 0.13 0.27 N 8 0.40
317 12 2 0 0 14 0.86 0.14 0.00 0.00 A 24 0.86
318 0 3 0 13 16 0.00 0.19 0.00 0.81 C 26 0.81
319 2 6 4 3 15 0.13 0.40 0.27 0.20 N 13 0.40
320 10 3 4 0 17 0.59 0.18 0.24 0.00 A 23 0.59
321 1 8 6 2 17 0.06 0.47 0.35 0.12 T 18 0.47
322 2 8 2 1 13 0.15 0.62 0.15 0.08 T 18 0.62
323 2 4 3 11 20 0.10 0.20 0.15 0.55 C 17 0.55
324 2 2 3 5 12 0.17 0.17 0.25 0.42 N 10 0.42
325 1 4 5 5 15 0.07 0.27 0.33 0.33 C 6 0.33
326 14 5 5 0 24 0.58 0.21 0.21 0.00 A 15 0.58
327 1 3 5 8 17 0.06 0.18 0.29 0.47 C 13 0.47
328 1 0 2 8 11 0.09 0.00 0.18 0.73 C 10 0.73
329 6 8 4 2 20 0.30 0.40 0.20 0.10 N 9 0.40
330 0 3 4 6 13 0.00 0.23 0.31 0.46 C 12 0.46
331 6 3 6 0 15 0.40 0.20 0.40 0.00 A 12 0.40
332 3 3 0 0 6 0.50 0.50 0.00 0.00 A 10 0.50
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334 0 6 3 8 17 0.00 0.35 0.18 0.47 C 18 0.47
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338 0 0 6 12 18 0.00 0.00 0.33 0.67 C 21 0.67
339 3 1 0 2 6 0.50 0.17 0.00 0.33 A 8 0.50
340 0 0 10 5 15 0.00 0.00 0.67 0.33 G 18 0.67
341 3 0 5 7 15 0.20 0.00 0.33 0.47 C 11 0.47
342 1 3 3 5 12 0.08 0.25 0.25 0.42 C 8 0.42
343 0 2 6 5 13 0.00 0.15 0.46 0.38 G 11 0.46
344 1 4 5 6 16 0.06 0.25 0.31 0.38 C 13 0.38
345 0 4 2 6 12 0.00 0.33 0.17 0.50 C 18 0.50
346 2 5 4 5 16 0.12 0.31 0.25 0.31 N 13 0.31
347 2 0 3 5 10 0.20 0.00 0.30 0.50 C 11 0.50
348 1 3 3 5 12 0.08 0.25 0.25 0.42 C 13 0.42
349 1 4 10 2 17 0.06 0.24 0.59 0.12 G 23 0.59
350 1 4 4 9 18 0.06 0.22 0.22 0.50 C 18 0.50
351 6 8 2 0 16 0.38 0.50 0.12 0.00 T 23 0.50
352 0 11 2 1 14 0.00 0.79 0.14 0.07 T 23 0.79
353 4 0 2 13 19 0.21 0.00 0.11 0.68 C 27 0.68
354 7 4 0 1 12 0.58 0.33 0.00 0.08 A 13 0.58
355 2 10 0 4 16 0.12 0.62 0.00 0.25 T 27 0.62
356 1 13 2 1 17 0.06 0.76 0.12 0.06 T 35 0.76
357 0 0 0 13 13 0.00 0.00 0.00 1.00 C 36 1.00
358 5 4 5 0 14 0.36 0.29 0.36 0.00 A 12 0.36
359 5 0 7 3 15 0.33 0.00 0.47 0.20 G 11 0.47
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364 1 6 0 8 15 0.07 0.40 0.00 0.53 C 11 0.53
365 1 7 8 5 21 0.05 0.33 0.38 0.24 G 13 0.38
366 2 0 8 0 10 0.20 0.00 0.80 0.00 G 11 0.80
367 4 1 0 5 10 0.40 0.10 0.00 0.50 C 11 0.50
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369 1 0 4 8 13 0.08 0.00 0.31 0.62 C 24 0.62
370 6 5 0 0 11 0.55 0.45 0.00 0.00 A 12 0.55
371 7 0 4 0 11 0.64 0.00 0.36 0.00 A 11 0.64
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374 5 3 4 0 12 0.42 0.25 0.33 0.00 A 9 0.42
375 5 3 2 1 11 0.45 0.27 0.18 0.09 A 10 0.45
376 1 6 0 7 14 0.07 0.43 0.00 0.50 C 17 0.50
377 1 11 3 6 21 0.05 0.52 0.14 0.29 T 26 0.52
378 1 9 0 2 12 0.08 0.75 0.00 0.17 T 17 0.75
379 4 10 1 0 15 0.27 0.67 0.07 0.00 T 23 0.67
380 5 3 1 9 18 0.28 0.17 0.06 0.50 C 23 0.50
381 5 5 4 0 14 0.36 0.36 0.29 0.00 A 7 0.36
382 7 0 0 0 7 1.00 0.00 0.00 0.00 A 13 1.00
383 4 6 0 3 13 0.31 0.46 0.00 0.23 T 13 0.46
384 5 1 7 3 16 0.31 0.06 0.44 0.19 G 16 0.44
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386 0 4 4 0 8 0.00 0.50 0.50 0.00 G 13 0.50
387 8 0 0 3 11 0.73 0.00 0.00 0.27 A 23 0.73
388 0 0 3 3 6 0.00 0.00 0.50 0.50 C 7 0.50
389 0 4 4 2 10 0.00 0.40 0.40 0.20 G 8 0.40
390 5 10 0 0 15 0.33 0.67 0.00 0.00 T 8 0.67
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392 4 4 0 4 12 0.33 0.33 0.00 0.33 A 8 0.33
393 3 3 2 0 8 0.38 0.38 0.25 0.00 A 11 0.38
394 10 0 0 3 13 0.77 0.00 0.00 0.23 A 16 0.77
395 0 0 4 3 7 0.00 0.00 0.57 0.43 G 11 0.57
396 8 2 0 0 10 0.80 0.20 0.00 0.00 A 30 0.80
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398 1 3 2 10 16 0.06 0.19 0.12 0.62 C 23 0.62
399 0 10 2 0 12 0.00 0.83 0.17 0.00 T 30 0.83
400 10 0 3 5 18 0.56 0.00 0.17 0.28 A 30 0.56
401 2 4 1 5 12 0.17 0.33 0.08 0.42 C 11 0.42
402 1 0 4 8 13 0.08 0.00 0.31 0.62 C 26 0.62
403 3 0 2 5 10 0.30 0.00 0.20 0.50 C 14 0.50
404 5 6 0 1 12 0.42 0.50 0.00 0.08 T 23 0.50
405 0 3 11 3 17 0.00 0.18 0.65 0.18 G 32 0.65
406 6 0 5 5 16 0.38 0.00 0.31 0.31 A 21 0.38
407 4 5 1 0 10 0.40 0.50 0.10 0.00 T 13 0.50
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412 3 3 0 6 12 0.25 0.25 0.00 0.50 C 11 0.50
413 3 0 4 4 11 0.27 0.00 0.36 0.36 C 11 0.36
414 0 1 4 3 8 0.00 0.12 0.50 0.38 G 10 0.50
415 4 0 3 3 10 0.40 0.00 0.30 0.30 A 10 0.40
416 2 3 1 3 9 0.22 0.33 0.11 0.33 N 9 0.33
417 5 3 0 0 8 0.62 0.38 0.00 0.00 A 13 0.62
418 5 0 9 0 14 0.36 0.00 0.64 0.00 G 21 0.64
419 1 2 0 8 11 0.09 0.18 0.00 0.73 C 21 0.73
420 2 0 5 0 7 0.29 0.00 0.71 0.00 G 11 0.71
421 1 2 7 2 12 0.08 0.17 0.58 0.17 G 19 0.58
422 7 2 3 4 16 0.44 0.12 0.19 0.25 N 15 0.44
423 0 0 1 7 8 0.00 0.00 0.12 0.88 C 14 0.88
424 9 4 0 4 17 0.53 0.24 0.00 0.24 A 13 0.53
425 4 0 4 6 14 0.29 0.00 0.29 0.43 C 11 0.43
426 2 5 1 6 14 0.14 0.36 0.07 0.43 C 12 0.43
427 0 12 0 0 12 0.00 1.00 0.00 0.00 T 27 1.00
428 10 0 3 4 17 0.59 0.00 0.18 0.24 A 22 0.59
429 1 5 2 0 8 0.12 0.62 0.25 0.00 T 12 0.62
430 6 5 3 0 14 0.43 0.36 0.21 0.00 A 13 0.43
431 3 0 4 3 10 0.30 0.00 0.40 0.30 G 8 0.40
432 0 0 0 3 3 0.00 0.00 0.00 1.00 C 8 1.00
433 1 8 2 2 13 0.08 0.62 0.15 0.15 T 19 0.62
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435 3 1 7 2 13 0.23 0.08 0.54 0.15 G 17 0.54
436 9 1 0 6 16 0.56 0.06 0.00 0.38 A 18 0.56
437 3 7 3 2 15 0.20 0.47 0.20 0.13 N 13 0.47
438 3 8 1 0 12 0.25 0.67 0.08 0.00 T 17 0.67
439 0 0 1 10 11 0.00 0.00 0.09 0.91 C 22 0.91
440 4 5 1 8 18 0.22 0.28 0.06 0.44 C 19 0.44
441 4 4 4 2 14 0.29 0.29 0.29 0.14 N 8 0.29
442 2 2 5 4 13 0.15 0.15 0.38 0.31 N 12 0.38
443 8 2 0 4 14 0.57 0.14 0.00 0.29 A 17 0.57
444 0 0 4 0 4 0.00 0.00 1.00 0.00 G 8 1.00
445 9 4 6 3 22 0.41 0.18 0.27 0.14 N 15 0.41
446 1 0 6 3 10 0.10 0.00 0.60 0.30 G 5 0.60
447 1 1 5 4 11 0.09 0.09 0.45 0.36 G 11 0.45
448 3 1 5 5 14 0.21 0.07 0.36 0.36 C 11 0.36
449 7 8 0 2 17 0.41 0.47 0.00 0.12 T 19 0.47
450 4 4 2 0 10 0.40 0.40 0.20 0.00 A 8 0.40
451 1 6 0 7 14 0.07 0.43 0.00 0.50 C 11 0.50
452 0 4 1 12 17 0.00 0.24 0.06 0.71 C 23 0.71
453 3 6 2 6 17 0.18 0.35 0.12 0.35 N 12 0.35
454 0 5 8 1 14 0.00 0.36 0.57 0.07 G 15 0.57
455 10 3 0 1 14 0.71 0.21 0.00 0.07 A 24 0.71
456 1 4 3 0 8 0.12 0.50 0.38 0.00 T 9 0.50
457 7 0 2 0 9 0.78 0.00 0.22 0.00 A 12 0.78
458 0 0 4 2 6 0.00 0.00 0.67 0.33 G 11 0.67
459 7 6 0 3 16 0.44 0.38 0.00 0.19 A 10 0.44
460 1 8 6 2 17 0.06 0.47 0.35 0.12 T 14 0.47
461 1 4 6 2 13 0.08 0.31 0.46 0.15 G 11 0.46
462 4 2 4 5 15 0.27 0.13 0.27 0.33 N 10 0.33
463 4 2 0 7 13 0.31 0.15 0.00 0.54 C 13 0.54
464 0 5 0 3 8 0.00 0.62 0.00 0.38 T 13 0.62
465 6 0 2 3 11 0.55 0.00 0.18 0.27 A 13 0.55
466 3 4 2 6 15 0.20 0.27 0.13 0.40 N 13 0.40
467 2 2 2 6 12 0.17 0.17 0.17 0.50 N 11 0.50
468 6 0 0 0 6 1.00 0.00 0.00 0.00 A 13 1.00
469 3 4 0 6 13 0.23 0.31 0.00 0.46 C 10 0.46
470 1 7 5 6 19 0.05 0.37 0.26 0.32 T 10 0.37
471 1 7 4 0 12 0.08 0.58 0.33 0.00 T 9 0.58
472 0 9 2 3 14 0.00 0.64 0.14 0.21 T 18 0.64
473 1 0 2 7 10 0.10 0.00 0.20 0.70 C 10 0.70
474 4 3 2 2 11 0.36 0.27 0.18 0.18 N 12 0.36
475 2 0 3 2 7 0.29 0.00 0.43 0.29 G 11 0.43
476 7 3 0 1 11 0.64 0.27 0.00 0.09 A 22 0.64
477 0 2 4 0 6 0.00 0.33 0.67 0.00 G 10 0.67
478 3 2 5 3 13 0.23 0.15 0.38 0.23 N 11 0.38
479 8 5 0 0 13 0.62 0.38 0.00 0.00 A 23 0.62
480 5 3 0 4 12 0.42 0.25 0.00 0.33 A 8 0.42
481 0 4 3 0 7 0.00 0.57 0.43 0.00 T 8 0.57
482 3 4 5 0 12 0.25 0.33 0.42 0.00 G 8 0.42
483 0 4 0 8 12 0.00 0.33 0.00 0.67 C 10 0.67
484 4 0 3 0 7 0.57 0.00 0.43 0.00 A 9 0.57
485 5 1 4 0 10 0.50 0.10 0.40 0.00 A 8 0.50
486 2 5 4 3 14 0.14 0.36 0.29 0.21 N 12 0.36
487 4 0 3 3 10 0.40 0.00 0.30 0.30 A 12 0.40
488 0 4 0 0 4 0.00 1.00 0.00 0.00 T 10 1.00
489 3 2 6 4 15 0.20 0.13 0.40 0.27 N 13 0.40
490 0 2 0 8 10 0.00 0.20 0.00 0.80 C 12 0.80
491 2 0 3 0 5 0.40 0.00 0.60 0.00 G 13 0.60
492 0 3 0 9 12 0.00 0.25 0.00 0.75 C 21 0.75
493 0 3 4 8 15 0.00 0.20 0.27 0.53 C 14 0.53
494 1 3 4 7 15 0.07 0.20 0.27 0.47 C 14 0.47
495 7 0 0 4 11 0.64 0.00 0.00 0.36 A 14 0.64
496 4 0 0 4 8 0.50 0.00 0.00 0.50 A 11 0.50
497 8 5 0 1 14 0.57 0.36 0.00 0.07 A 21 0.57
498 3 6 4 2 15 0.20 0.40 0.27 0.13 N 11 0.40
499 0 7 2 2 11 0.00 0.64 0.18 0.18 T 13 0.64
500 7 2 2 0 11 0.64 0.18 0.18 0.00 A 13 0.64
501 4 0 0 7 11 0.36 0.00 0.00 0.64 C 13 0.64
502 0 0 1 10 11 0.00 0.00 0.09 0.91 C 17 0.91
503 0 7 0 7 14 0.00 0.50 0.00 0.50 C 8 0.50
504 5 0 4 0 9 0.56 0.00 0.44 0.00 A 9 0.56
505 5 0 0 5 10 0.50 0.00 0.00 0.50 A 11 0.50
506 4 5 1 0 10 0.40 0.50 0.10 0.00 T 13 0.50
507 2 1 3 8 14 0.14 0.07 0.21 0.57 C 23 0.57
508 2 2 0 6 10 0.20 0.20 0.00 0.60 C 18 0.60
509 0 5 1 8 14 0.00 0.36 0.07 0.57 C 21 0.57
510 0 0 5 0 5 0.00 0.00 1.00 0.00 G 10 1.00
511 6 1 0 4 11 0.55 0.09 0.00 0.36 A 15 0.55
512 1 1 0 10 12 0.08 0.08 0.00 0.83 C 30 0.83
513 5 0 1 0 6 0.83 0.00 0.17 0.00 A 11 0.83
514 0 1 2 4 7 0.00 0.14 0.29 0.57 C 11 0.57
515 3 1 2 3 9 0.33 0.11 0.22 0.33 N 10 0.33
516 0 1 2 4 7 0.00 0.14 0.29 0.57 C 11 0.57
517 3 0 1 0 4 0.75 0.00 0.25 0.00 A 8 0.75
518 0 4 2 5 11 0.00 0.36 0.18 0.45 C 5 0.45
519 7 0 0 5 12 0.58 0.00 0.00 0.42 A 18 0.58
520 2 5 2 2 11 0.18 0.45 0.18 0.18 N 13 0.45
521 2 0 7 0 9 0.22 0.00 0.78 0.00 G 13 0.78
522 0 5 0 3 8 0.00 0.62 0.00 0.38 T 23 0.62
523 7 0 1 3 11 0.64 0.00 0.09 0.27 A 28 0.64
524 1 1 6 2 10 0.10 0.10 0.60 0.20 G 28 0.60
525 0 7 0 2 9 0.00 0.78 0.00 0.22 T 19 0.78
526 3 3 7 0 13 0.23 0.23 0.54 0.00 G 18 0.54
527 5 3 5 2 15 0.33 0.20 0.33 0.13 N 13 0.33
528 0 0 5 4 9 0.00 0.00 0.56 0.44 G 10 0.56
529 4 2 4 0 10 0.40 0.20 0.40 0.00 A 8 0.40
530 4 4 1 6 15 0.27 0.27 0.07 0.40 C 18 0.40
531 5 4 1 5 15 0.33 0.27 0.07 0.33 A 13 0.33
532 5 7 1 0 13 0.38 0.54 0.08 0.00 T 18 0.54
533 3 3 0 8 14 0.21 0.21 0.00 0.57 C 18 0.57
534 2 5 0 5 12 0.17 0.42 0.00 0.42 C 11 0.42
535 4 0 2 5 11 0.36 0.00 0.18 0.45 C 11 0.45
536 0 4 2 5 11 0.00 0.36 0.18 0.45 C 13 0.45
537 1 0 2 9 12 0.08 0.00 0.17 0.75 C 24 0.75
538 4 1 2 0 7 0.57 0.14 0.29 0.00 A 13 0.57
539 5 1 5 0 11 0.45 0.09 0.45 0.00 A 13 0.45
540 1 6 4 0 11 0.09 0.55 0.36 0.00 T 18 0.55
541 0 0 8 4 12 0.00 0.00 0.67 0.33 G 18 0.67
542 1 2 1 7 11 0.09 0.18 0.09 0.64 C 13 0.64
543 3 6 1 1 11 0.27 0.55 0.09 0.09 T 10 0.55
544 0 6 3 4 13 0.00 0.46 0.23 0.31 T 16 0.46
545 2 5 3 3 13 0.15 0.38 0.23 0.23 N 13 0.38
546 2 9 0 0 11 0.18 0.82 0.00 0.00 T 21 0.82
547 0 5 1 7 13 0.00 0.38 0.08 0.54 C 20 0.54
548 0 5 7 0 12 0.00 0.42 0.58 0.00 G 18 0.58
549 4 4 0 0 8 0.50 0.50 0.00 0.00 A 11 0.50
550 2 6 0 1 9 0.22 0.67 0.00 0.11 T 13 0.67
551 0 0 2 1 3 0.00 0.00 0.67 0.33 G 11 0.67
552 3 7 1 5 16 0.19 0.44 0.06 0.31 T 9 0.44
553 1 0 0 9 10 0.10 0.00 0.00 0.90 C 14 0.90
554 1 0 3 4 8 0.12 0.00 0.38 0.50 C 7 0.50
555 2 3 2 0 7 0.29 0.43 0.29 0.00 T 10 0.43
556 9 0 2 3 14 0.64 0.00 0.14 0.21 A 18 0.64
557 0 3 2 0 5 0.00 0.60 0.40 0.00 T 11 0.60
558 1 3 4 0 8 0.12 0.38 0.50 0.00 G 13 0.50
559 6 2 3 1 12 0.50 0.17 0.25 0.08 A 30 0.50
560 0 0 4 0 4 0.00 0.00 1.00 0.00 G 11 1.00
561 2 2 0 4 8 0.25 0.25 0.00 0.50 C 11 0.50
562 5 3 0 3 11 0.45 0.27 0.00 0.27 A 23 0.45
563 0 0 5 1 6 0.00 0.00 0.83 0.17 G 15 0.83
564 0 5 2 1 8 0.00 0.62 0.25 0.12 T 16 0.62
565 0 9 0 2 11 0.00 0.82 0.00 0.18 T 25 0.82
566 2 0 3 5 10 0.20 0.00 0.30 0.50 C 12 0.50
567 3 0 3 2 8 0.38 0.00 0.38 0.25 A 10 0.38
568 8 3 0 4 15 0.53 0.20 0.00 0.27 A 18 0.53
569 5 3 0 3 11 0.45 0.27 0.00 0.27 A 14 0.45
570 0 6 0 0 6 0.00 1.00 0.00 0.00 T 15 1.00
571 4 0 7 0 11 0.36 0.00 0.64 0.00 G 24 0.64
572 5 2 0 2 9 0.56 0.22 0.00 0.22 A 11 0.56
573 0 0 3 2 5 0.00 0.00 0.60 0.40 G 9 0.60
574 7 0 4 2 13 0.54 0.00 0.31 0.15 A 14 0.54
575 5 3 4 0 12 0.42 0.25 0.33 0.00 A 10 0.42
576 2 5 0 4 11 0.18 0.45 0.00 0.36 T 10 0.45
577 5 4 1 0 10 0.50 0.40 0.10 0.00 A 11 0.50
578 5 0 1 3 9 0.56 0.00 0.11 0.33 A 11 0.56
579 1 4 1 3 9 0.11 0.44 0.11 0.33 N 11 0.44
580 0 5 1 7 13 0.00 0.38 0.08 0.54 C 14 0.54
581 0 5 0 4 9 0.00 0.56 0.00 0.44 T 22 0.56
582 3 0 1 0 4 0.75 0.00 0.25 0.00 A 14 0.75
583 3 3 2 1 9 0.33 0.33 0.22 0.11 N 11 0.33
584 4 0 2 1 7 0.57 0.00 0.29 0.14 A 11 0.57
585 0 7 1 2 10 0.00 0.70 0.10 0.20 T 19 0.70
586 1 0 0 8 9 0.11 0.00 0.00 0.89 C 25 0.89
587 2 0 2 6 10 0.20 0.00 0.20 0.60 C 20 0.60
588 0 3 0 8 11 0.00 0.27 0.00 0.73 C 22 0.73
589 3 5 4 0 12 0.25 0.42 0.33 0.00 T 16 0.42
590 3 4 2 1 10 0.30 0.40 0.20 0.10 N 10 0.40
591 6 0 0 2 8 0.75 0.00 0.00 0.25 A 16 0.75
592 4 3 4 2 13 0.31 0.23 0.31 0.15 N 11 0.31
593 4 0 1 4 9 0.44 0.00 0.11 0.44 A 10 0.44
594 3 1 2 3 9 0.33 0.11 0.22 0.33 N 10 0.33
595 4 1 2 1 8 0.50 0.12 0.25 0.12 N 10 0.50
596 0 2 5 0 7 0.00 0.29 0.71 0.00 G 20 0.71
597 1 2 2 1 6 0.17 0.33 0.33 0.17 N 11 0.33
598 4 0 2 3 9 0.44 0.00 0.22 0.33 A 13 0.44
599 3 0 2 3 8 0.38 0.00 0.25 0.38 A 10 0.38
600 3 4 2 3 12 0.25 0.33 0.17 0.25 N 10 0.33
601 3 0 0 4 7 0.43 0.00 0.00 0.57 C 15 0.57
602 2 5 0 0 7 0.29 0.71 0.00 0.00 T 20 0.71
603 1 5 1 3 10 0.10 0.50 0.10 0.30 T 18 0.50
604 7 0 0 0 7 1.00 0.00 0.00 0.00 A 15 1.00
605 3 3 2 2 10 0.30 0.30 0.20 0.20 N 10 0.30
606 3 0 2 4 9 0.33 0.00 0.22 0.44 C 10 0.44
607 2 0 2 2 6 0.33 0.00 0.33 0.33 A 10 0.33
608 2 0 2 5 9 0.22 0.00 0.22 0.56 C 15 0.56
609 1 3 3 0 7 0.14 0.43 0.43 0.00 G 11 0.43
610 0 0 1 6 7 0.00 0.00 0.14 0.86 C 17 0.86
611 7 4 1 0 12 0.58 0.33 0.08 0.00 A 17 0.58
612 0 0 3 0 3 0.00 0.00 1.00 0.00 G 10 1.00
613 0 2 2 1 5 0.00 0.40 0.40 0.20 G 8 0.40
614 2 5 0 0 7 0.29 0.71 0.00 0.00 T 14 0.71
615 1 0 2 6 9 0.11 0.00 0.22 0.67 C 23 0.67
616 1 3 3 0 7 0.14 0.43 0.43 0.00 G 13 0.43
617 1 3 0 3 7 0.14 0.43 0.00 0.43 C 17 0.43
618 0 0 8 0 8 0.00 0.00 1.00 0.00 G 25 1.00
619 0 7 0 0 7 0.00 1.00 0.00 0.00 T 18 1.00
620 2 3 5 4 14 0.14 0.21 0.36 0.29 N 14 0.36
621 2 3 0 5 10 0.20 0.30 0.00 0.50 C 10 0.50
622 3 4 2 3 12 0.25 0.33 0.17 0.25 N 9 0.33
623 2 2 0 6 10 0.20 0.20 0.00 0.60 C 14 0.60
624 0 1 4 4 9 0.00 0.11 0.44 0.44 C 10 0.44
625 5 4 0 0 9 0.56 0.44 0.00 0.00 A 20 0.56
626 0 5 2 3 10 0.00 0.50 0.20 0.30 T 10 0.50
627 1 0 0 10 11 0.09 0.00 0.00 0.91 C 22 0.91
628 0 3 0 7 10 0.00 0.30 0.00 0.70 C 17 0.70
629 1 0 5 0 6 0.17 0.00 0.83 0.00 G 11 0.83
630 1 3 0 4 8 0.12 0.38 0.00 0.50 C 9 0.50
631 2 0 4 2 8 0.25 0.00 0.50 0.25 G 10 0.50
632 0 0 5 0 5 0.00 0.00 1.00 0.00 G 10 1.00
633 0 4 0 2 6 0.00 0.67 0.00 0.33 T 14 0.67
634 3 0 3 1 7 0.43 0.00 0.43 0.14 A 12 0.43
635 2 3 0 1 6 0.33 0.50 0.00 0.17 T 11 0.50
636 0 5 4 0 9 0.00 0.56 0.44 0.00 T 10 0.56
637 1 7 4 0 12 0.08 0.58 0.33 0.00 T 27 0.58
638 1 0 3 6 10 0.10 0.00 0.30 0.60 C 20 0.60
639 0 0 2 7 9 0.00 0.00 0.22 0.78 C 14 0.78
640 4 1 2 1 8 0.50 0.12 0.25 0.12 N 6 0.50
641 0 1 6 0 7 0.00 0.14 0.86 0.00 G 14 0.86
642 2 0 4 5 11 0.18 0.00 0.36 0.45 C 11 0.45
643 0 6 2 5 13 0.00 0.46 0.15 0.38 T 14 0.46
644 0 0 3 5 8 0.00 0.00 0.38 0.62 C 10 0.62
645 0 4 1 3 8 0.00 0.50 0.12 0.38 T 15 0.50
646 4 0 2 0 6 0.67 0.00 0.33 0.00 A 12 0.67
647 4 0 1 0 5 0.80 0.00 0.20 0.00 A 12 0.80
648 0 5 1 0 6 0.00 0.83 0.17 0.00 T 23 0.83
649 9 0 1 0 10 0.90 0.00 0.10 0.00 A 39 0.90
650 0 1 1 4 6 0.00 0.17 0.17 0.67 C 14 0.67
651 0 1 1 5 7 0.00 0.14 0.14 0.71 C 10 0.71
652 1 1 3 0 5 0.20 0.20 0.60 0.00 G 11 0.60
653 0 3 1 4 8 0.00 0.38 0.12 0.50 C 16 0.50
654 7 5 1 0 13 0.54 0.38 0.08 0.00 A 15 0.54
655 5 3 0 2 10 0.50 0.30 0.00 0.20 A 10 0.50
656 3 0 5 2 10 0.30 0.00 0.50 0.20 G 10 0.50
657 2 4 0 1 7 0.29 0.57 0.00 0.14 T 10 0.57
658 0 2 2 4 8 0.00 0.25 0.25 0.50 C 8 0.50
659 5 0 4 1 10 0.50 0.00 0.40 0.10 A 9 0.50
660 0 0 2 0 2 0.00 0.00 1.00 0.00 G 8 1.00
661 8 0 4 0 12 0.67 0.00 0.33 0.00 A 17 0.67
662 0 0 4 1 5 0.00 0.00 0.80 0.20 G 8 0.80
663 2 4 3 0 9 0.22 0.44 0.33 0.00 T 9 0.44
664 8 6 0 1 15 0.53 0.40 0.00 0.07 A 13 0.53
665 3 6 4 1 14 0.21 0.43 0.29 0.07 T 8 0.43
666 0 0 4 1 5 0.00 0.00 0.80 0.20 G 7 0.80
667 0 6 0 0 6 0.00 1.00 0.00 0.00 T 10 1.00
668 1 1 6 3 11 0.09 0.09 0.55 0.27 G 22 0.55
669 3 1 3 6 13 0.23 0.08 0.23 0.46 C 18 0.46
670 2 3 0 3 8 0.25 0.38 0.00 0.38 C 11 0.38
671 2 0 4 3 9 0.22 0.00 0.44 0.33 G 14 0.44
672 4 5 0 0 9 0.44 0.56 0.00 0.00 T 14 0.56
673 0 4 2 5 11 0.00 0.36 0.18 0.45 C 14 0.45
674 5 2 0 0 7 0.71 0.29 0.00 0.00 A 10 0.71
675 0 2 4 1 7 0.00 0.29 0.57 0.14 G 10 0.57
676 3 1 0 1 5 0.60 0.20 0.00 0.20 A 9 0.60
677 4 3 0 0 7 0.57 0.43 0.00 0.00 A 10 0.57
678 3 0 2 2 7 0.43 0.00 0.29 0.29 A 9 0.43
679 3 0 0 6 9 0.33 0.00 0.00 0.67 C 27 0.67
680 1 5 1 0 7 0.14 0.71 0.14 0.00 T 24 0.71
681 3 0 1 5 9 0.33 0.00 0.11 0.56 C 15 0.56
682 2 1 1 5 9 0.22 0.11 0.11 0.56 C 13 0.56
683 0 3 1 2 6 0.00 0.50 0.17 0.33 T 9 0.50
684 6 5 0 1 12 0.50 0.42 0.00 0.08 A 12 0.50
685 0 0 4 1 5 0.00 0.00 0.80 0.20 G 12 0.80
686 0 4 0 2 6 0.00 0.67 0.00 0.33 T 16 0.67
687 2 4 2 1 9 0.22 0.44 0.22 0.11 N 17 0.44
688 2 0 6 0 8 0.25 0.00 0.75 0.00 G 30 0.75
689 0 0 6 0 6 0.00 0.00 1.00 0.00 G 20 1.00
690 4 0 5 2 11 0.36 0.00 0.45 0.18 G 12 0.45
691 2 3 2 0 7 0.29 0.43 0.29 0.00 T 12 0.43
692 3 0 3 5 11 0.27 0.00 0.27 0.45 C 18 0.45
693 2 4 2 3 11 0.18 0.36 0.18 0.27 N 18 0.36
694 1 4 1 2 8 0.12 0.50 0.12 0.25 N 11 0.50
695 1 3 6 2 12 0.08 0.25 0.50 0.17 G 17 0.50
696 4 3 0 0 7 0.57 0.43 0.00 0.00 A 15 0.57
697 0 0 0 1 1 0.00 0.00 0.00 1.00 C 10 1.00
698 2 1 5 1 9 0.22 0.11 0.56 0.11 G 13 0.56
699 1 3 5 0 9 0.11 0.33 0.56 0.00 G 9 0.56
700 1 0 2 6 9 0.11 0.00 0.22 0.67 C 13 0.67
701 1 0 2 0 3 0.33 0.00 0.67 0.00 G 9 0.67
702 2 4 0 6 12 0.17 0.33 0.00 0.50 C 15 0.50
703 0 0 2 6 8 0.00 0.00 0.25 0.75 C 12 0.75
704 0 0 1 6 7 0.00 0.00 0.14 0.86 C 13 0.86
705 1 7 0 1 9 0.11 0.78 0.00 0.11 T 12 0.78
706 0 0 7 3 10 0.00 0.00 0.70 0.30 G 16 0.70
707 0 5 0 0 5 0.00 1.00 0.00 0.00 T 28 1.00
708 0 0 7 1 8 0.00 0.00 0.88 0.12 G 30 0.88
709 1 2 1 3 7 0.14 0.29 0.14 0.43 N 9 0.43
710 1 6 1 2 10 0.10 0.60 0.10 0.20 T 24 0.60
711 1 4 0 2 7 0.14 0.57 0.00 0.29 T 15 0.57
712 1 0 5 0 6 0.17 0.00 0.83 0.00 G 18 0.83
713 2 1 5 2 10 0.20 0.10 0.50 0.20 G 21 0.50
714 2 1 4 0 7 0.29 0.14 0.57 0.00 G 10 0.57
715 1 6 1 0 8 0.12 0.75 0.12 0.00 T 17 0.75
716 1 0 1 6 8 0.12 0.00 0.12 0.75 C 13 0.75
717 1 1 0 7 9 0.11 0.11 0.00 0.78 C 17 0.78
718 1 0 4 0 5 0.20 0.00 0.80 0.00 G 9 0.80
719 2 1 2 3 8 0.25 0.12 0.25 0.38 N 10 0.38
720 1 0 2 5 8 0.12 0.00 0.25 0.62 C 20 0.62
721 1 0 3 2 6 0.17 0.00 0.50 0.33 G 7 0.50
722 7 3 2 0 12 0.58 0.25 0.17 0.00 A 7 0.58
723 6 2 2 2 12 0.50 0.17 0.17 0.17 N 7 0.50
724 0 5 0 0 5 0.00 1.00 0.00 0.00 T 9 1.00
725 0 0 4 6 10 0.00 0.00 0.40 0.60 C 10 0.60
726 3 0 2 0 5 0.60 0.00 0.40 0.00 A 8 0.60
727 4 3 1 0 8 0.50 0.38 0.12 0.00 A 8 0.50
728 4 2 4 0 10 0.40 0.20 0.40 0.00 A 9 0.40
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730 0 0 3 0 3 0.00 0.00 1.00 0.00 G 8 1.00
731 1 3 3 2 9 0.11 0.33 0.33 0.22 N 7 0.33
732 4 3 5 1 13 0.31 0.23 0.38 0.08 G 9 0.38
733 0 0 5 6 11 0.00 0.00 0.45 0.55 C 14 0.55
734 1 6 0 0 7 0.14 0.86 0.00 0.00 T 14 0.86
735 0 0 0 9 9 0.00 0.00 0.00 1.00 C 25 1.00
736 0 0 3 0 3 0.00 0.00 1.00 0.00 G 8 1.00
737 1 6 2 0 9 0.11 0.67 0.22 0.00 T 26 0.67
738 0 0 2 6 8 0.00 0.00 0.25 0.75 C 27 0.75
739 2 0 4 0 6 0.33 0.00 0.67 0.00 G 13 0.67
740 0 1 3 3 7 0.00 0.14 0.43 0.43 C 9 0.43
741 2 1 5 0 8 0.25 0.12 0.62 0.00 G 8 0.62
742 2 1 4 2 9 0.22 0.11 0.44 0.22 N 16 0.44
743 3 2 2 0 7 0.43 0.29 0.29 0.00 A 5 0.43
744 1 0 0 0 1 1.00 0.00 0.00 0.00 A 19 1.00
745 0 0 2 7 9 0.00 0.00 0.22 0.78 C 26 0.78
746 2 4 2 0 8 0.25 0.50 0.25 0.00 T 12 0.50
747 3 0 1 6 10 0.30 0.00 0.10 0.60 C 18 0.60
748 3 4 3 0 10 0.30 0.40 0.30 0.00 T 10 0.40
749 3 4 1 4 12 0.25 0.33 0.08 0.33 N 9 0.33
750 0 2 2 7 11 0.00 0.18 0.18 0.64 C 13 0.64
751 0 2 2 0 4 0.00 0.50 0.50 0.00 G 16 0.50
752 0 4 1 8 13 0.00 0.31 0.08 0.62 C 17 0.62
753 4 0 3 0 7 0.57 0.00 0.43 0.00 A 15 0.57
754 0 0 0 7 7 0.00 0.00 0.00 1.00 C 24 1.00
755 0 3 0 0 3 0.00 1.00 0.00 0.00 T 15 1.00
756 2 0 0 0 2 1.00 0.00 0.00 0.00 A 7 1.00
757 0 3 4 0 7 0.00 0.43 0.57 0.00 G 14 0.57
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759 0 4 1 2 7 0.00 0.57 0.14 0.29 T 15 0.57
760 3 0 2 6 11 0.27 0.00 0.18 0.55 C 19 0.55
761 1 3 2 0 6 0.17 0.50 0.33 0.00 T 10 0.50
762 1 3 0 0 4 0.25 0.75 0.00 0.00 T 13 0.75
763 1 0 2 5 8 0.12 0.00 0.25 0.62 C 18 0.62
764 0 0 4 2 6 0.00 0.00 0.67 0.33 G 10 0.67
765 4 0 0 0 4 1.00 0.00 0.00 0.00 A 14 1.00
766 3 2 4 2 11 0.27 0.18 0.36 0.18 N 13 0.36
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768 0 0 0 5 5 0.00 0.00 0.00 1.00 C 13 1.00
769 2 7 0 1 10 0.20 0.70 0.00 0.10 T 25 0.70
770 4 3 5 2 14 0.29 0.21 0.36 0.14 N 15 0.36
771 3 3 0 4 10 0.30 0.30 0.00 0.40 C 10 0.40
772 3 3 3 1 10 0.30 0.30 0.30 0.10 N 13 0.30
773 3 0 2 5 10 0.30 0.00 0.20 0.50 C 12 0.50
774 0 6 2 0 8 0.00 0.75 0.25 0.00 T 15 0.75
775 0 5 2 4 11 0.00 0.45 0.18 0.36 T 7 0.45
776 3 0 3 3 9 0.33 0.00 0.33 0.33 A 7 0.33
777 4 0 1 3 8 0.50 0.00 0.12 0.38 A 7 0.50
778 2 3 1 2 8 0.25 0.38 0.12 0.25 N 7 0.38
779 0 3 1 5 9 0.00 0.33 0.11 0.56 C 13 0.56
780 0 5 0 4 9 0.00 0.56 0.00 0.44 T 9 0.56
781 2 0 5 1 8 0.25 0.00 0.62 0.12 G 16 0.62
782 1 0 4 1 6 0.17 0.00 0.67 0.17 G 7 0.67
783 1 4 0 1 6 0.17 0.67 0.00 0.17 T 14 0.67
784 1 0 7 0 8 0.12 0.00 0.88 0.00 G 30 0.88
785 0 2 4 0 6 0.00 0.33 0.67 0.00 G 7 0.67
786 3 3 2 0 8 0.38 0.38 0.25 0.00 A 9 0.38
787 4 2 3 3 12 0.33 0.17 0.25 0.25 N 14 0.33
788 0 2 3 4 9 0.00 0.22 0.33 0.44 C 17 0.44
789 2 0 3 1 6 0.33 0.00 0.50 0.17 G 8 0.50
790 2 0 0 0 2 1.00 0.00 0.00 0.00 A 6 1.00
791 2 5 2 2 11 0.18 0.45 0.18 0.18 N 14 0.45
792 3 0 4 1 8 0.38 0.00 0.50 0.12 G 9 0.50
793 0 1 3 1 5 0.00 0.20 0.60 0.20 G 9 0.60
794 1 1 1 5 8 0.12 0.12 0.12 0.62 C 12 0.62
795 1 2 1 5 9 0.11 0.22 0.11 0.56 C 9 0.56
796 1 2 1 0 4 0.25 0.50 0.25 0.00 T 4 0.50
797 2 5 0 4 11 0.18 0.45 0.00 0.36 T 6 0.45
798 2 0 0 0 2 1.00 0.00 0.00 0.00 A 9 1.00
799 4 1 0 0 5 0.80 0.20 0.00 0.00 A 11 0.80
800 0 0 3 0 3 0.00 0.00 1.00 0.00 G 6 1.00
801 2 0 2 1 5 0.40 0.00 0.40 0.20 A 6 0.40
802 1 4 0 4 9 0.11 0.44 0.00 0.44 C 10 0.44
803 0 4 0 4 8 0.00 0.50 0.00 0.50 C 13 0.50
804 1 0 4 0 5 0.20 0.00 0.80 0.00 G 13 0.80
805 1 2 0 3 6 0.17 0.33 0.00 0.50 C 10 0.50
806 0 2 0 4 6 0.00 0.33 0.00 0.67 C 6 0.67
807 1 0 1 5 7 0.14 0.00 0.14 0.71 C 18 0.71
808 0 0 3 0 3 0.00 0.00 1.00 0.00 G 9 1.00
809 2 0 0 5 7 0.29 0.00 0.00 0.71 C 12 0.71
810 2 5 0 4 11 0.18 0.45 0.00 0.36 T 16 0.45
811 0 2 3 1 6 0.00 0.33 0.50 0.17 G 12 0.50
812 0 2 0 4 6 0.00 0.33 0.00 0.67 C 17 0.67
813 0 1 3 0 4 0.00 0.25 0.75 0.00 G 11 0.75
814 2 4 3 2 11 0.18 0.36 0.27 0.18 N 14 0.36
815 2 0 5 0 7 0.29 0.00 0.71 0.00 G 9 0.71
816 3 6 2 1 12 0.25 0.50 0.17 0.08 T 19 0.50
817 0 6 1 3 10 0.00 0.60 0.10 0.30 T 17 0.60
818 2 0 1 0 3 0.67 0.00 0.33 0.00 A 7 0.67
819 6 1 0 0 7 0.86 0.14 0.00 0.00 A 30 0.86
820 0 2 0 6 8 0.00 0.25 0.00 0.75 C 29 0.75
821 0 2 2 3 7 0.00 0.29 0.29 0.43 C 7 0.43
822 2 3 1 6 12 0.17 0.25 0.08 0.50 C 16 0.50
823 3 4 1 0 8 0.38 0.50 0.12 0.00 T 12 0.50
824 3 0 4 0 7 0.43 0.00 0.57 0.00 G 13 0.57
825 0 0 0 6 6 0.00 0.00 0.00 1.00 C 18 1.00
826 2 1 2 0 5 0.40 0.20 0.40 0.00 A 9 0.40
827 2 0 4 2 8 0.25 0.00 0.50 0.25 G 9 0.50
828 3 0 3 2 8 0.38 0.00 0.38 0.25 A 6 0.38
829 1 4 0 1 6 0.17 0.67 0.00 0.17 T 12 0.67
830 1 5 4 1 11 0.09 0.45 0.36 0.09 T 14 0.45
831 2 5 0 4 11 0.18 0.45 0.00 0.36 T 24 0.45
832 4 2 2 4 12 0.33 0.17 0.17 0.33 N 17 0.33
833 4 3 4 0 11 0.36 0.27 0.36 0.00 A 11 0.36
834 0 0 4 0 4 0.00 0.00 1.00 0.00 G 9 1.00
835 0 7 0 3 10 0.00 0.70 0.00 0.30 T 22 0.70
836 0 0 0 4 4 0.00 0.00 0.00 1.00 C 14 1.00
837 1 4 3 0 8 0.12 0.50 0.38 0.00 T 13 0.50
838 0 0 2 0 2 0.00 0.00 1.00 0.00 G 7 1.00
839 2 4 2 4 12 0.17 0.33 0.17 0.33 N 9 0.33
840 3 0 1 2 6 0.50 0.00 0.17 0.33 A 6 0.50
841 0 2 0 3 5 0.00 0.40 0.00 0.60 C 7 0.60
842 4 3 0 3 10 0.40 0.30 0.00 0.30 A 14 0.40
843 3 3 1 0 7 0.43 0.43 0.14 0.00 A 6 0.43
844 2 3 1 6 12 0.17 0.25 0.08 0.50 C 14 0.50
845 4 5 1 3 13 0.31 0.38 0.08 0.23 T 17 0.38
846 4 0 3 4 11 0.36 0.00 0.27 0.36 A 14 0.36
847 3 0 2 4 9 0.33 0.00 0.22 0.44 C 17 0.44
848 0 4 2 0 6 0.00 0.67 0.33 0.00 T 11 0.67
849 1 4 0 3 8 0.12 0.50 0.00 0.38 T 9 0.50
850 0 5 1 3 9 0.00 0.56 0.11 0.33 T 12 0.56
851 0 7 0 1 8 0.00 0.88 0.00 0.12 T 14 0.88
852 7 4 1 0 12 0.58 0.33 0.08 0.00 A 12 0.58
853 3 1 2 2 8 0.38 0.12 0.25 0.25 N 9 0.38
854 1 0 1 7 9 0.11 0.00 0.11 0.78 C 6 0.78
855 1 1 2 4 8 0.12 0.12 0.25 0.50 N 6 0.50
856 1 5 1 4 11 0.09 0.45 0.09 0.36 T 16 0.45
857 0 0 3 5 8 0.00 0.00 0.38 0.62 C 16 0.62
858 0 0 2 0 2 0.00 0.00 1.00 0.00 G 6 1.00
859 1 1 0 5 7 0.14 0.14 0.00 0.71 C 11 0.71
860 2 1 1 5 9 0.22 0.11 0.11 0.56 C 10 0.56
861 0 0 2 0 2 0.00 0.00 1.00 0.00 G 10 1.00
862 7 0 2 2 11 0.64 0.00 0.18 0.18 A 31 0.64
863 0 2 1 0 3 0.00 0.67 0.33 0.00 T 6 0.67
864 2 2 0 4 8 0.25 0.25 0.00 0.50 C 12 0.50
865 0 1 2 4 7 0.00 0.14 0.29 0.57 C 7 0.57
866 1 0 0 3 4 0.25 0.00 0.00 0.75 C 12 0.75
867 1 0 4 0 5 0.20 0.00 0.80 0.00 G 16 0.80
868 1 1 0 4 6 0.17 0.17 0.00 0.67 C 12 0.67
869 2 3 2 6 13 0.15 0.23 0.15 0.46 N 18 0.46
870 1 3 3 0 7 0.14 0.43 0.43 0.00 G 13 0.43
871 1 4 0 0 5 0.20 0.80 0.00 0.00 T 11 0.80
872 0 0 1 0 1 0.00 0.00 1.00 0.00 G 19 1.00
873 0 2 1 7 10 0.00 0.20 0.10 0.70 C 27 0.70
874 0 1 1 5 7 0.00 0.14 0.14 0.71 C 21 0.71
875 0 0 3 2 5 0.00 0.00 0.60 0.40 G 8 0.60
876 4 0 0 1 5 0.80 0.00 0.00 0.20 A 16 0.80
877 2 3 0 0 5 0.40 0.60 0.00 0.00 T 17 0.60
878 2 3 0 3 8 0.25 0.38 0.00 0.38 C 12 0.38
879 3 1 2 3 9 0.33 0.11 0.22 0.33 N 11 0.33
880 4 1 2 1 8 0.50 0.12 0.25 0.12 N 5 0.50
881 1 0 2 1 4 0.25 0.00 0.50 0.25 G 5 0.50
882 1 3 0 3 7 0.14 0.43 0.00 0.43 C 6 0.43
883 0 3 0 3 6 0.00 0.50 0.00 0.50 C 6 0.50
884 2 1 2 2 7 0.29 0.14 0.29 0.29 N 6 0.29
885 1 0 0 0 1 1.00 0.00 0.00 0.00 A 8 1.00
886 1 0 3 0 4 0.25 0.00 0.75 0.00 G 8 0.75
887 0 3 2 2 7 0.00 0.43 0.29 0.29 T 6 0.43
888 3 3 3 0 9 0.33 0.33 0.33 0.00 A 6 0.33
889 3 0 4 0 7 0.43 0.00 0.57 0.00 G 7 0.57
890 0 0 0 5 5 0.00 0.00 0.00 1.00 C 13 1.00
891 1 0 3 0 4 0.25 0.00 0.75 0.00 G 6 0.75
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894 0 2 1 3 6 0.00 0.33 0.17 0.50 C 17 0.50
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897 1 2 3 0 6 0.17 0.33 0.50 0.00 G 7 0.50
898 5 3 3 0 11 0.45 0.27 0.27 0.00 A 7 0.45
899 0 0 0 1 1 0.00 0.00 0.00 1.00 C 10 1.00
900 3 4 1 0 8 0.38 0.50 0.12 0.00 T 13 0.50
901 0 3 0 3 6 0.00 0.50 0.00 0.50 C 6 0.50
902 1 2 3 7 13 0.08 0.15 0.23 0.54 C 22 0.54
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904 4 0 3 1 8 0.50 0.00 0.38 0.12 A 9 0.50
905 1 0 2 2 5 0.20 0.00 0.40 0.40 C 6 0.40
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910 0 5 0 0 5 0.00 1.00 0.00 0.00 T 11 1.00
911 1 5 2 2 10 0.10 0.50 0.20 0.20 T 13 0.50
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913 1 0 4 2 7 0.14 0.00 0.57 0.29 G 7 0.57
914 1 0 4 0 5 0.20 0.00 0.80 0.00 G 9 0.80
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916 0 4 2 2 8 0.00 0.50 0.25 0.25 T 9 0.50
917 2 0 3 0 5 0.40 0.00 0.60 0.00 G 6 0.60
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919 2 2 3 1 8 0.25 0.25 0.38 0.12 N 7 0.38
920 2 2 2 3 9 0.22 0.22 0.22 0.33 N 9 0.33
921 2 0 4 1 7 0.29 0.00 0.57 0.14 G 8 0.57
922 3 1 2 0 6 0.50 0.17 0.33 0.00 A 15 0.50
923 1 0 0 1 2 0.50 0.00 0.00 0.50 A 13 0.50
924 2 4 0 3 9 0.22 0.44 0.00 0.33 T 13 0.44
925 2 0 2 3 7 0.29 0.00 0.29 0.43 C 13 0.43
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928 2 2 2 2 8 0.25 0.25 0.25 0.25 N 6 0.25
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930 1 2 3 2 8 0.12 0.25 0.38 0.25 N 6 0.38
931 1 2 1 4 8 0.12 0.25 0.12 0.50 N 8 0.50
932 1 2 0 2 5 0.20 0.40 0.00 0.40 C 7 0.40
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934 5 0 0 0 5 1.00 0.00 0.00 0.00 A 8 1.00
935 6 1 0 0 7 0.86 0.14 0.00 0.00 A 26 0.86
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938 0 1 0 3 4 0.00 0.25 0.00 0.75 C 8 0.75
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940 2 1 0 3 6 0.33 0.17 0.00 0.50 C 8 0.50
941 1 0 3 4 8 0.12 0.00 0.38 0.50 C 5 0.50
942 0 2 2 7 11 0.00 0.18 0.18 0.64 C 24 0.64
943 0 3 0 0 3 0.00 1.00 0.00 0.00 T 12 1.00
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945 0 3 0 0 3 0.00 1.00 0.00 0.00 T 6 1.00
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953 0 0 3 0 3 0.00 0.00 1.00 0.00 G 7 1.00
954 1 0 0 0 1 1.00 0.00 0.00 0.00 A 7 1.00
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960 3 0 2 1 6 0.50 0.00 0.33 0.17 A 8 0.50
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962 4 2 3 1 10 0.40 0.20 0.30 0.10 N 20 0.40
963 2 2 2 1 7 0.29 0.29 0.29 0.14 N 6 0.29
964 2 2 2 0 6 0.33 0.33 0.33 0.00 A 6 0.33
965 2 0 2 0 4 0.50 0.00 0.50 0.00 A 13 0.50
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972 1 1 4 1 7 0.14 0.14 0.57 0.14 N 10 0.57
973 1 0 3 1 5 0.20 0.00 0.60 0.20 G 6 0.60
974 2 1 3 0 6 0.33 0.17 0.50 0.00 G 10 0.50
975 2 1 1 2 6 0.33 0.17 0.17 0.33 N 6 0.33
976 2 0 2 3 7 0.29 0.00 0.29 0.43 C 13 0.43
977 2 2 2 2 8 0.25 0.25 0.25 0.25 N 8 0.25
978 2 2 3 1 8 0.25 0.25 0.38 0.12 N 6 0.38
979 2 0 3 0 5 0.40 0.00 0.60 0.00 G 13 0.60
980 0 0 3 1 4 0.00 0.00 0.75 0.25 G 14 0.75
981 2 0 1 1 4 0.50 0.00 0.25 0.25 A 18 0.50
982 4 0 1 2 7 0.57 0.00 0.14 0.29 A 23 0.57
983 4 1 1 0 6 0.67 0.17 0.17 0.00 A 21 0.67
984 4 1 2 0 7 0.57 0.14 0.29 0.00 A 22 0.57
985 0 1 2 1 4 0.00 0.25 0.50 0.25 G 6 0.50
986 0 0 2 1 3 0.00 0.00 0.67 0.33 G 10 0.67
987 2 0 3 0 5 0.40 0.00 0.60 0.00 G 10 0.60
988 0 0 3 2 5 0.00 0.00 0.60 0.40 G 9 0.60
989 3 0 1 3 7 0.43 0.00 0.14 0.43 A 16 0.43
990 0 0 0 3 3 0.00 0.00 0.00 1.00 C 6 1.00
991 2 0 0 3 5 0.40 0.00 0.00 0.60 C 6 0.60
992 1 4 2 0 7 0.14 0.57 0.29 0.00 T 7 0.57
993 1 0 4 0 5 0.20 0.00 0.80 0.00 G 5 0.80
994 1 0 4 0 5 0.20 0.00 0.80 0.00 G 4 0.80
995 1 0 3 4 8 0.12 0.00 0.38 0.50 C 5 0.50
996 1 0 1 5 7 0.14 0.00 0.14 0.71 C 21 0.71
997 0 2 1 7 10 0.00 0.20 0.10 0.70 C 26 0.70
998 0 3 0 4 7 0.00 0.43 0.00 0.57 C 6 0.57
999 1 4 1 3 9 0.11 0.44 0.11 0.33 N 13 0.44
1000 2 0 1 4 7 0.29 0.00 0.14 0.57 C 31 0.57
1001 1 0 1 1 3 0.33 0.00 0.33 0.33 A 8 0.33
1002 2 2 1 2 7 0.29 0.29 0.14 0.29 N 9 0.29
1003 0 3 1 2 6 0.00 0.50 0.17 0.33 T 9 0.50
1004 2 3 2 1 8 0.25 0.38 0.25 0.12 N 9 0.38
1005 0 3 2 0 5 0.00 0.60 0.40 0.00 T 6 0.60
1006 0 0 2 0 2 0.00 0.00 1.00 0.00 G 13 1.00
1007 1 2 2 3 8 0.12 0.25 0.25 0.38 N 13 0.38
1008 1 2 2 2 7 0.14 0.29 0.29 0.29 N 6 0.29
1009 0 0 4 2 6 0.00 0.00 0.67 0.33 G 9 0.67
1010 3 0 1 2 6 0.50 0.00 0.17 0.33 A 6 0.50
1011 0 4 1 2 7 0.00 0.57 0.14 0.29 T 6 0.57
1012 0 4 0 0 4 0.00 1.00 0.00 0.00 T 6 1.00
1013 0 4 1 3 8 0.00 0.50 0.12 0.38 T 7 0.50
1014 2 2 2 1 7 0.29 0.29 0.29 0.14 N 7 0.29
1015 0 2 2 2 6 0.00 0.33 0.33 0.33 C 5 0.33
1016 4 1 3 1 9 0.44 0.11 0.33 0.11 N 4 0.44
1017 2 0 3 1 6 0.33 0.00 0.50 0.17 G 5 0.50
1018 2 1 0 2 5 0.40 0.20 0.00 0.40 A 7 0.40
1019 2 2 5 3 12 0.17 0.17 0.42 0.25 N 6 0.42
1020 3 3 3 3 12 0.25 0.25 0.25 0.25 N 6 0.25
1021 1 3 0 1 5 0.20 0.60 0.00 0.20 T 6 0.60
1022 3 2 1 1 7 0.43 0.29 0.14 0.14 N 7 0.43
1023 4 0 1 0 5 0.80 0.00 0.20 0.00 A 15 0.80
1024 3 0 0 2 5 0.60 0.00 0.00 0.40 A 9 0.60
1025 3 0 1 1 5 0.60 0.00 0.20 0.20 A 31 0.60
1026 2 0 0 2 4 0.50 0.00 0.00 0.50 A 12 0.50
1027 2 1 0 1 4 0.50 0.25 0.00 0.25 A 8 0.50
1028 3 1 0 1 5 0.60 0.20 0.00 0.20 A 26 0.60
1029 3 1 0 1 5 0.60 0.20 0.00 0.20 A 11 0.60
1030 0 2 1 1 4 0.00 0.50 0.25 0.25 T 14 0.50
1031 2 0 1 1 4 0.50 0.00 0.25 0.25 A 14 0.50
1032 2 0 0 2 4 0.50 0.00 0.00 0.50 A 8 0.50
1033 2 3 0 2 7 0.29 0.43 0.00 0.29 T 19 0.43
1034 1 3 1 3 8 0.12 0.38 0.12 0.38 N 6 0.38
1035 3 0 0 2 5 0.60 0.00 0.00 0.40 A 11 0.60
1036 0 4 1 0 5 0.00 0.80 0.20 0.00 T 16 0.80
1037 1 0 1 0 2 0.50 0.00 0.50 0.00 A 10 0.50
1038 3 3 1 0 7 0.43 0.43 0.14 0.00 A 8 0.43
1039 0 0 0 1 1 0.00 0.00 0.00 1.00 C 20 1.00
1040 1 1 2 2 6 0.17 0.17 0.33 0.33 N 9 0.33
1041 0 1 2 2 5 0.00 0.20 0.40 0.40 C 12 0.40
1042 1 0 1 2 4 0.25 0.00 0.25 0.50 C 10 0.50
1043 0 0 1 3 4 0.00 0.00 0.25 0.75 C 14 0.75
1044 2 0 0 3 5 0.40 0.00 0.00 0.60 C 11 0.60
1045 2 0 2 2 6 0.33 0.00 0.33 0.33 A 12 0.33
1046 3 0 2 0 5 0.60 0.00 0.40 0.00 A 9 0.60
1047 0 0 2 1 3 0.00 0.00 0.67 0.33 G 10 0.67
1048 0 0 2 0 2 0.00 0.00 1.00 0.00 G 7 1.00
1049 1 3 0 0 4 0.25 0.75 0.00 0.00 T 8 0.75
1050 2 3 2 0 7 0.29 0.43 0.29 0.00 T 9 0.43
1051 2 0 1 0 3 0.67 0.00 0.33 0.00 A 9 0.67
1052 2 0 1 0 3 0.67 0.00 0.33 0.00 A 9 0.67
1053 2 0 1 0 3 0.67 0.00 0.33 0.00 A 5 0.67
1054 2 1 1 0 4 0.50 0.25 0.25 0.00 A 5 0.50
1055 1 1 2 2 6 0.17 0.17 0.33 0.33 N 9 0.33
1056 1 1 0 0 2 0.50 0.50 0.00 0.00 A 5 0.50
1057 1 0 1 0 2 0.50 0.00 0.50 0.00 A 6 0.50
1058 0 1 1 3 5 0.00 0.20 0.20 0.60 C 6 0.60
1059 2 1 0 3 6 0.33 0.17 0.00 0.50 C 5 0.50
1060 1 3 0 2 6 0.17 0.50 0.00 0.33 T 9 0.50
1061 1 1 0 3 5 0.20 0.20 0.00 0.60 C 17 0.60
1062 1 1 0 1 3 0.33 0.33 0.00 0.33 A 11 0.33
1063 0 2 1 2 5 0.00 0.40 0.20 0.40 C 6 0.40
1064 1 0 0 3 4 0.25 0.00 0.00 0.75 C 5 0.75
1065 0 0 0 3 3 0.00 0.00 0.00 1.00 C 14 1.00
1066 0 2 2 2 6 0.00 0.33 0.33 0.33 C 6 0.33
1067 1 3 0 3 7 0.14 0.43 0.00 0.43 C 5 0.43

Quality report

Trimming thresholds :

  • Trimming Method : M1
  • Minimum base error probability : 0.001 %
  • Minimum Phred quality score : 30
Raw sequence information Values
Raw sequence length : 1067 bp
Mean of raw sequence Phred quality scores : 14.96
Quality report - Trimmed sequence information Values
Trimmed sequence length : 46 bp
Trimmed sequence start position : 24
Trimmed sequence end position : 70
Mean of trimmed sequence Phred quality scores : 27.67

Mixed base peak report

Trimming thresholds :

  • Minimum primary peak ratio for a position to be considered non-mixed : 0.75
  • Minimum of non-mixed positions percentage in the trimmed sequence to be considered non-mixed : 75 %
  • Minimum number of consecutive non-mixed positions at extremities to get a non-mixed positions percentage above threshold for the trimmed sequence (computed) : 3 bp
Raw sequence information Values
Raw sequence length : 1067 bp
Mean of raw sequence primary peak ratios : 0.6
Percentage of non-mixed positions on raw sequence : 22.96 %
Mixed peak report - Trimmed sequence information Values
Trimmed sequence length : 798 bp
Trimmed sequence start position : 3
Trimmed sequence end position : 800
Mean of trimmed sequence primary peak ratios : 0.62
Percentage of non-mixed positions on trimmed sequence : 24.56 %

Trimming plot

Final trimmed sequence

Sequence

Warning: Trimmed sequence from the sequencing result #1 was found with insufficient length or insufficient quality and will not be used.

Final trimmed sequence information Values
Length : 47 bp
Start position : 24
End position : 70
Mean of Phred quality scores : 27.96
Mean of primary peak ratio : 0.86
Percentage of non-mixed positions : 78.72 %
Chromatogram
Table

Sequencing result #2

Raw sequence

Sequence

Sequence of primary peaks:

Length: 225 bp

## CAATAAATTCCATACCCTCTAACCTATAATTACTAAACCCTTTAGTGAGGGTTAATTACCCCCCCCATACCACTAATTAACTAAAAATTCACCTACCAACCACAACCAATCAACAACACAAACCCCTCCCCAAAACAAAACTAACAACCCACCCACCCAACCTCACATAAACACAATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAACCCTTTAGTGAGGGTTAATTAAA
Chromatogram

Open chromatogram file in a new tab

Table
Position A peak T peak G peak C peak Total A ratio T ratio G ratio C ratio Primary base Quality score Primary ratio
1 0 0 0 1463 1463 0.00 0.00 0.00 1.00 C 6 1.00
2 1961 1219 0 0 3180 0.62 0.38 0.00 0.00 A 8 0.62
3 1567 1163 0 1001 3731 0.42 0.31 0.00 0.27 A 3 0.42
4 0 2272 0 1 2273 0.00 1.00 0.00 0.00 T 13 1.00
5 2387 1968 0 0 4355 0.55 0.45 0.00 0.00 A 11 0.55
6 2383 0 0 856 3239 0.74 0.00 0.00 0.26 A 11 0.74
7 1563 0 0 0 1563 1.00 0.00 0.00 0.00 A 17 1.00
8 1 2101 0 0 2102 0.00 1.00 0.00 0.00 T 43 1.00
9 1 2861 0 0 2862 0.00 1.00 0.00 0.00 T 44 1.00
10 0 0 0 1518 1518 0.00 0.00 0.00 1.00 C 44 1.00
11 0 2 0 1639 1641 0.00 0.00 0.00 1.00 C 36 1.00
12 1316 0 0 0 1316 1.00 0.00 0.00 0.00 A 28 1.00
13 0 1178 0 226 1404 0.00 0.84 0.00 0.16 T 29 0.84
14 1381 0 15 0 1396 0.99 0.00 0.01 0.00 A 26 0.99
15 0 0 0 1258 1258 0.00 0.00 0.00 1.00 C 26 1.00
16 0 2 0 943 945 0.00 0.00 0.00 1.00 C 46 1.00
17 0 2 0 1309 1311 0.00 0.00 0.00 1.00 C 46 1.00
18 0 2168 0 0 2168 0.00 1.00 0.00 0.00 T 51 1.00
19 81 0 0 1484 1565 0.05 0.00 0.00 0.95 C 46 0.95
20 0 1280 9 0 1289 0.00 0.99 0.01 0.00 T 51 0.99
21 1553 0 0 0 1553 1.00 0.00 0.00 0.00 A 51 1.00
22 1075 2 336 0 1413 0.76 0.00 0.24 0.00 A 26 0.76
23 0 0 0 875 875 0.00 0.00 0.00 1.00 C 25 1.00
24 55 1 0 1153 1209 0.05 0.00 0.00 0.95 C 51 0.95
25 0 1170 0 0 1170 0.00 1.00 0.00 0.00 T 29 1.00
26 1433 0 0 0 1433 1.00 0.00 0.00 0.00 A 21 1.00
27 0 208 0 0 208 0.00 1.00 0.00 0.00 T 16 1.00
28 861 0 0 0 861 1.00 0.00 0.00 0.00 A 21 1.00
29 504 0 0 159 663 0.76 0.00 0.00 0.24 A 14 0.76
30 0 1698 0 0 1698 0.00 1.00 0.00 0.00 T 26 1.00
31 3 2690 0 0 2693 0.00 1.00 0.00 0.00 T 51 1.00
32 1717 2 0 1 1720 1.00 0.00 0.00 0.00 A 50 1.00
33 0 0 0 965 965 0.00 0.00 0.00 1.00 C 50 1.00
34 2 1309 0 319 1630 0.00 0.80 0.00 0.20 T 29 0.80
35 1192 631 0 0 1823 0.65 0.35 0.00 0.00 A 25 0.65
36 951 0 0 0 951 1.00 0.00 0.00 0.00 A 31 1.00
37 521 0 0 0 521 1.00 0.00 0.00 0.00 A 16 1.00
38 0 0 0 1146 1146 0.00 0.00 0.00 1.00 C 31 1.00
39 11 0 0 674 685 0.02 0.00 0.00 0.98 C 49 0.98
40 0 2 0 1584 1586 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
41 0 1607 0 520 2127 0.00 0.76 0.00 0.24 T 32 0.76
42 16 2225 0 0 2241 0.01 0.99 0.00 0.00 T 46 0.99
43 161 1587 0 0 1748 0.09 0.91 0.00 0.00 T 26 0.91
44 1318 0 0 0 1318 1.00 0.00 0.00 0.00 A 29 1.00
45 0 266 1173 0 1439 0.00 0.18 0.82 0.00 G 41 0.82
46 76 1058 0 0 1134 0.07 0.93 0.00 0.00 T 45 0.93
47 94 2 1035 0 1131 0.08 0.00 0.92 0.00 G 31 0.92
48 875 0 0 242 1117 0.78 0.00 0.00 0.22 A 25 0.78
49 2 0 1214 320 1536 0.00 0.00 0.79 0.21 G 27 0.79
50 0 0 1762 350 2112 0.00 0.00 0.83 0.17 G 46 0.83
51 0 6 1152 276 1434 0.00 0.00 0.80 0.19 G 48 0.80
52 0 1375 12 0 1387 0.00 0.99 0.01 0.00 T 45 0.99
53 0 1229 12 0 1241 0.00 0.99 0.01 0.00 T 36 0.99
54 1634 0 0 0 1634 1.00 0.00 0.00 0.00 A 28 1.00
55 1305 0 0 0 1305 1.00 0.00 0.00 0.00 A 28 1.00
56 0 1811 0 0 1811 0.00 1.00 0.00 0.00 T 23 1.00
57 0 4829 0 326 5155 0.00 0.94 0.00 0.06 T 30 0.94
58 6007 13 0 232 6252 0.96 0.00 0.00 0.04 A 25 0.96
59 0 0 0 480 480 0.00 0.00 0.00 1.00 C 14 1.00
60 488 0 0 578 1066 0.46 0.00 0.00 0.54 C 6 0.54
61 0 0 0 577 577 0.00 0.00 0.00 1.00 C 50 1.00
62 0 0 0 683 683 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
63 0 0 0 633 633 0.00 0.00 0.00 1.00 C 54 1.00
64 0 0 0 690 690 0.00 0.00 0.00 1.00 C 55 1.00
65 0 0 0 673 673 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
66 2 0 0 546 548 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
67 205 0 62 0 267 0.77 0.00 0.23 0.00 A 58 0.77
68 2 588 0 0 590 0.00 1.00 0.00 0.00 T 58 1.00
69 480 158 0 0 638 0.75 0.25 0.00 0.00 A 34 0.75
70 0 0 0 725 725 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
71 0 0 0 768 768 0.00 0.00 0.00 1.00 C 41 1.00
72 199 0 0 165 364 0.55 0.00 0.00 0.45 A 36 0.55
73 0 92 0 490 582 0.00 0.16 0.00 0.84 C 36 0.84
74 0 717 0 87 804 0.00 0.89 0.00 0.11 T 58 0.89
75 561 235 0 0 796 0.70 0.30 0.00 0.00 A 31 0.70
76 422 0 0 1 423 1.00 0.00 0.00 0.00 A 29 1.00
77 0 431 0 13 444 0.00 0.97 0.00 0.03 T 58 0.97
78 0 1107 0 0 1107 0.00 1.00 0.00 0.00 T 58 1.00
79 527 0 0 0 527 1.00 0.00 0.00 0.00 A 36 1.00
80 341 2 4 1 348 0.98 0.01 0.01 0.00 A 28 0.98
81 0 224 0 356 580 0.00 0.39 0.00 0.61 C 16 0.61
82 2 719 0 0 721 0.00 1.00 0.00 0.00 T 29 1.00
83 502 0 0 0 502 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
84 469 3 0 0 472 0.99 0.01 0.00 0.00 A 58 0.99
85 449 0 6 0 455 0.99 0.00 0.01 0.00 A 58 0.99
86 394 0 51 0 445 0.89 0.00 0.11 0.00 A 58 0.89
87 549 0 0 0 549 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
88 9 699 0 0 708 0.01 0.99 0.00 0.00 T 51 0.99
89 0 731 0 2 733 0.00 1.00 0.00 0.00 T 51 1.00
90 0 189 0 550 739 0.00 0.26 0.00 0.74 C 28 0.74
91 189 0 16 186 391 0.48 0.00 0.04 0.48 A 25 0.48
92 3 0 0 558 561 0.01 0.00 0.00 0.99 C 28 0.99
93 0 197 0 639 836 0.00 0.24 0.00 0.76 C 34 0.76
94 0 410 3 0 413 0.00 0.99 0.01 0.00 T 58 0.99
95 587 0 0 0 587 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
96 31 0 0 535 566 0.05 0.00 0.00 0.95 C 41 0.95
97 13 0 0 544 557 0.02 0.00 0.00 0.98 C 46 0.98
98 321 0 0 0 321 1.00 0.00 0.00 0.00 A 46 1.00
99 240 2 28 0 270 0.89 0.01 0.10 0.00 A 51 0.89
100 0 0 0 526 526 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
101 0 3 15 332 350 0.00 0.01 0.04 0.95 C 51 0.95
102 314 0 0 0 314 1.00 0.00 0.00 0.00 A 50 1.00
103 0 0 42 383 425 0.00 0.00 0.10 0.90 C 41 0.90
104 309 0 0 163 472 0.65 0.00 0.00 0.35 A 16 0.65
105 340 10 0 6 356 0.96 0.03 0.00 0.02 A 29 0.96
106 0 2 31 400 433 0.00 0.00 0.07 0.92 C 48 0.92
107 28 0 0 685 713 0.04 0.00 0.00 0.96 C 47 0.96
108 376 0 0 0 376 1.00 0.00 0.00 0.00 A 21 1.00
109 258 178 8 0 444 0.58 0.40 0.02 0.00 A 17 0.58
110 177 591 0 2 770 0.23 0.77 0.00 0.00 T 26 0.77
111 2 76 0 605 683 0.00 0.11 0.00 0.89 C 36 0.89
112 219 0 0 1 220 1.00 0.00 0.00 0.00 A 26 1.00
113 282 111 0 2 395 0.71 0.28 0.00 0.01 A 16 0.71
114 52 0 0 480 532 0.10 0.00 0.00 0.90 C 26 0.90
115 219 28 5 0 252 0.87 0.11 0.02 0.00 A 39 0.87
116 437 0 114 0 551 0.79 0.00 0.21 0.00 A 28 0.79
117 121 0 46 416 583 0.21 0.00 0.08 0.71 C 20 0.71
118 277 0 0 218 495 0.56 0.00 0.00 0.44 A 11 0.56
119 15 105 22 366 508 0.03 0.21 0.04 0.72 C 20 0.72
120 295 0 0 224 519 0.57 0.00 0.00 0.43 A 16 0.57
121 254 17 89 0 360 0.71 0.05 0.25 0.00 A 16 0.71
122 456 17 4 94 571 0.80 0.03 0.01 0.16 A 31 0.80
123 6 40 0 404 450 0.01 0.09 0.00 0.90 C 50 0.90
124 0 0 0 815 815 0.00 0.00 0.00 1.00 C 50 1.00
125 0 0 0 832 832 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
126 0 13 10 631 654 0.00 0.02 0.02 0.96 C 29 0.96
127 0 946 0 350 1296 0.00 0.73 0.00 0.27 T 29 0.73
128 0 294 0 839 1133 0.00 0.26 0.00 0.74 C 32 0.74
129 0 1 31 600 632 0.00 0.00 0.05 0.95 C 51 0.95
130 0 14 0 445 459 0.00 0.03 0.00 0.97 C 51 0.97
131 1 0 2 599 602 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
132 239 12 0 106 357 0.67 0.03 0.00 0.30 A 32 0.67
133 324 0 49 0 373 0.87 0.00 0.13 0.00 A 58 0.87
134 555 0 1 0 556 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
135 549 0 0 0 549 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
136 168 0 18 355 541 0.31 0.00 0.03 0.66 C 34 0.66
137 372 30 0 0 402 0.93 0.07 0.00 0.00 A 58 0.93
138 392 12 61 0 465 0.84 0.03 0.13 0.00 A 58 0.84
139 644 0 49 0 693 0.93 0.00 0.07 0.00 A 46 0.93
140 392 29 17 0 438 0.89 0.07 0.04 0.00 A 46 0.89
141 41 149 0 394 584 0.07 0.26 0.00 0.67 C 31 0.67
142 0 831 0 2 833 0.00 1.00 0.00 0.00 T 34 1.00
143 689 236 75 0 1000 0.69 0.24 0.07 0.00 A 34 0.69
144 597 0 100 3 700 0.85 0.00 0.14 0.00 A 34 0.85
145 171 11 0 419 601 0.28 0.02 0.00 0.70 C 34 0.70
146 426 0 15 3 444 0.96 0.00 0.03 0.01 A 58 0.96
147 386 0 15 0 401 0.96 0.00 0.04 0.00 A 58 0.96
148 2 0 0 645 647 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
149 0 0 0 876 876 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
150 0 0 0 637 637 0.00 0.00 0.00 1.00 C 41 1.00
151 281 22 0 263 566 0.50 0.04 0.00 0.46 A 25 0.50
152 0 0 0 615 615 0.00 0.00 0.00 1.00 C 41 1.00
153 0 17 0 626 643 0.00 0.03 0.00 0.97 C 58 0.97
154 0 0 0 846 846 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
155 235 0 31 175 441 0.53 0.00 0.07 0.40 A 25 0.53
156 0 0 29 602 631 0.00 0.00 0.05 0.95 C 51 0.95
157 0 0 0 788 788 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
158 0 0 12 502 514 0.00 0.00 0.02 0.98 C 51 0.98
159 282 0 4 51 337 0.84 0.00 0.01 0.15 A 58 0.84
160 319 0 25 42 386 0.83 0.00 0.06 0.11 A 52 0.83
161 36 0 0 643 679 0.05 0.00 0.00 0.95 C 52 0.95
162 0 3 0 810 813 0.00 0.00 0.00 1.00 C 46 1.00
163 0 722 0 346 1068 0.00 0.68 0.00 0.32 T 29 0.68
164 2 0 0 571 573 0.00 0.00 0.00 1.00 C 34 1.00
165 342 56 0 86 484 0.71 0.12 0.00 0.18 A 31 0.71
166 16 0 119 332 467 0.03 0.00 0.25 0.71 C 27 0.71
167 340 114 0 18 472 0.72 0.24 0.00 0.04 A 25 0.72
168 249 699 0 0 948 0.26 0.74 0.00 0.00 T 28 0.74
169 540 268 0 0 808 0.67 0.33 0.00 0.00 A 28 0.67
170 394 49 0 20 463 0.85 0.11 0.00 0.04 A 36 0.85
171 386 148 0 6 540 0.71 0.27 0.00 0.01 A 25 0.71
172 8 0 0 570 578 0.01 0.00 0.00 0.99 C 41 0.99
173 296 0 4 180 480 0.62 0.00 0.01 0.38 A 25 0.62
174 33 0 0 513 546 0.06 0.00 0.00 0.94 C 29 0.94
175 297 0 45 12 354 0.84 0.00 0.13 0.03 A 41 0.84
176 521 135 0 0 656 0.79 0.21 0.00 0.00 A 29 0.79
177 22 629 8 0 659 0.03 0.95 0.01 0.00 T 32 0.95
178 601 0 60 0 661 0.91 0.00 0.09 0.00 A 41 0.91
179 300 22 0 111 433 0.69 0.05 0.00 0.26 A 32 0.69
180 0 0 0 697 697 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
181 0 0 14 701 715 0.00 0.00 0.02 0.98 C 58 0.98
182 0 9 0 808 817 0.00 0.01 0.00 0.99 C 58 0.99
183 0 991 0 100 1091 0.00 0.91 0.00 0.09 T 58 0.91
184 0 282 53 696 1031 0.00 0.27 0.05 0.68 C 32 0.68
185 9 597 116 18 740 0.01 0.81 0.16 0.02 T 32 0.81
186 582 0 7 0 589 0.99 0.00 0.01 0.00 A 34 0.99
187 425 12 0 0 437 0.97 0.03 0.00 0.00 A 58 0.97
188 0 0 6 497 503 0.00 0.00 0.01 0.99 C 51 0.99
189 0 0 0 835 835 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
190 2 588 1 45 636 0.00 0.92 0.00 0.07 T 51 0.92
191 551 47 0 83 681 0.81 0.07 0.00 0.12 A 58 0.81
192 327 0 37 0 364 0.90 0.00 0.10 0.00 A 58 0.90
193 423 0 30 0 453 0.93 0.00 0.07 0.00 A 58 0.93
194 507 171 0 4 682 0.74 0.25 0.00 0.01 A 34 0.74
195 0 828 0 0 828 0.00 1.00 0.00 0.00 T 58 1.00
196 55 1040 14 0 1109 0.05 0.94 0.01 0.00 T 58 0.94
197 637 319 0 0 956 0.67 0.33 0.00 0.00 A 34 0.67
198 9 25 0 592 626 0.01 0.04 0.00 0.95 C 34 0.95
199 16 654 0 38 708 0.02 0.92 0.00 0.05 T 58 0.92
200 535 0 3 39 577 0.93 0.00 0.01 0.07 A 58 0.93
201 497 22 0 0 519 0.96 0.04 0.00 0.00 A 58 0.96
202 293 23 0 31 347 0.84 0.07 0.00 0.09 A 58 0.84
203 0 6 0 600 606 0.00 0.01 0.00 0.99 C 58 0.99
204 0 0 0 834 834 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
205 0 101 0 559 660 0.00 0.15 0.00 0.85 C 34 0.85
206 0 1023 0 55 1078 0.00 0.95 0.00 0.05 T 58 0.95
207 0 1397 0 17 1414 0.00 0.99 0.00 0.01 T 51 0.99
208 296 1007 0 0 1303 0.23 0.77 0.00 0.00 T 30 0.77
209 455 225 17 27 724 0.63 0.31 0.02 0.04 A 24 0.63
210 432 17 481 0 930 0.46 0.02 0.52 0.00 G 19 0.52
211 21 496 208 0 725 0.03 0.68 0.29 0.00 T 23 0.68
212 40 0 528 0 568 0.07 0.00 0.93 0.00 G 25 0.93
213 470 0 358 0 828 0.57 0.00 0.43 0.00 A 17 0.57
214 4 0 621 0 625 0.01 0.00 0.99 0.00 G 30 0.99
215 0 0 894 0 894 0.00 0.00 1.00 0.00 G 51 1.00
216 0 3 509 23 535 0.00 0.01 0.95 0.04 G 32 0.95
217 0 663 22 14 699 0.00 0.95 0.03 0.02 T 49 0.95
218 122 591 0 13 726 0.17 0.81 0.00 0.02 T 30 0.81
219 436 176 6 0 618 0.71 0.28 0.01 0.00 A 29 0.71
220 580 336 0 0 916 0.63 0.37 0.00 0.00 A 16 0.63
221 47 1272 0 0 1319 0.04 0.96 0.00 0.00 T 29 0.96
222 774 2650 0 0 3424 0.23 0.77 0.00 0.00 T 30 0.77
223 2348 170 0 0 2518 0.93 0.07 0.00 0.00 A 29 0.93
224 464 12 0 0 476 0.97 0.03 0.00 0.00 A 34 0.97
225 169 0 30 1 200 0.84 0.00 0.15 0.00 A 32 0.84

Quality report

Trimming thresholds :

  • Trimming Method : M1
  • Minimum base error probability : 0.001 %
  • Minimum Phred quality score : 30
Raw sequence information Values
Raw sequence length : 225 bp
Mean of raw sequence Phred quality scores : 38.61
Quality report - Trimmed sequence information Values
Trimmed sequence length : 199 bp
Trimmed sequence start position : 8
Trimmed sequence end position : 207
Mean of trimmed sequence Phred quality scores : 40.43

Mixed base peak report

Trimming thresholds :

  • Minimum primary peak ratio for a position to be considered non-mixed : 0.75
  • Minimum of non-mixed positions percentage in the trimmed sequence to be considered non-mixed : 75 %
  • Minimum number of consecutive non-mixed positions at extremities to get a non-mixed positions percentage above threshold for the trimmed sequence (computed) : 3 bp
Raw sequence information Values
Raw sequence length : 225 bp
Mean of raw sequence primary peak ratios : 0.88
Percentage of non-mixed positions on raw sequence : 79.56 %
Mixed peak report - Trimmed sequence information Values
Trimmed sequence length : 219 bp
Trimmed sequence start position : 7
Trimmed sequence end position : 225
Mean of trimmed sequence primary peak ratios : 0.89
Percentage of non-mixed positions on trimmed sequence : 80.82 %

Trimming plot

Final trimmed sequence

Sequence
Final trimmed sequence information Values
Length : 200 bp
Start position : 8
End position : 207
Mean of Phred quality scores : 40.44
Mean of primary peak ratio : 0.89
Percentage of non-mixed positions : 82 %

Sequence of primary peaks:

## TTCCATACCCTCTAACCTATAATTACTAAACCCTTTAGTGAGGGTTAATTACCCCCCCCATACCACTAATTAACTAAAAATTCACCTACCAACCACAACCAATCAACAACACAAACCCCTCCCCAAAACAAAACTAACAACCCACCCACCCAACCTCACATAAACACAATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAACCCTT
Chromatogram

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Table
Position A peak T peak G peak C peak Total A ratio T ratio G ratio C ratio Primary base Quality score Primary ratio
8 1 2101 0 0 2102 0.00 1.00 0.00 0.00 T 43 1.00
9 1 2861 0 0 2862 0.00 1.00 0.00 0.00 T 44 1.00
10 0 0 0 1518 1518 0.00 0.00 0.00 1.00 C 44 1.00
11 0 2 0 1639 1641 0.00 0.00 0.00 1.00 C 36 1.00
12 1316 0 0 0 1316 1.00 0.00 0.00 0.00 A 28 1.00
13 0 1178 0 226 1404 0.00 0.84 0.00 0.16 T 29 0.84
14 1381 0 15 0 1396 0.99 0.00 0.01 0.00 A 26 0.99
15 0 0 0 1258 1258 0.00 0.00 0.00 1.00 C 26 1.00
16 0 2 0 943 945 0.00 0.00 0.00 1.00 C 46 1.00
17 0 2 0 1309 1311 0.00 0.00 0.00 1.00 C 46 1.00
18 0 2168 0 0 2168 0.00 1.00 0.00 0.00 T 51 1.00
19 81 0 0 1484 1565 0.05 0.00 0.00 0.95 C 46 0.95
20 0 1280 9 0 1289 0.00 0.99 0.01 0.00 T 51 0.99
21 1553 0 0 0 1553 1.00 0.00 0.00 0.00 A 51 1.00
22 1075 2 336 0 1413 0.76 0.00 0.24 0.00 A 26 0.76
23 0 0 0 875 875 0.00 0.00 0.00 1.00 C 25 1.00
24 55 1 0 1153 1209 0.05 0.00 0.00 0.95 C 51 0.95
25 0 1170 0 0 1170 0.00 1.00 0.00 0.00 T 29 1.00
26 1433 0 0 0 1433 1.00 0.00 0.00 0.00 A 21 1.00
27 0 208 0 0 208 0.00 1.00 0.00 0.00 T 16 1.00
28 861 0 0 0 861 1.00 0.00 0.00 0.00 A 21 1.00
29 504 0 0 159 663 0.76 0.00 0.00 0.24 A 14 0.76
30 0 1698 0 0 1698 0.00 1.00 0.00 0.00 T 26 1.00
31 3 2690 0 0 2693 0.00 1.00 0.00 0.00 T 51 1.00
32 1717 2 0 1 1720 1.00 0.00 0.00 0.00 A 50 1.00
33 0 0 0 965 965 0.00 0.00 0.00 1.00 C 50 1.00
34 2 1309 0 319 1630 0.00 0.80 0.00 0.20 T 29 0.80
35 1192 631 0 0 1823 0.65 0.35 0.00 0.00 A 25 0.65
36 951 0 0 0 951 1.00 0.00 0.00 0.00 A 31 1.00
37 521 0 0 0 521 1.00 0.00 0.00 0.00 A 16 1.00
38 0 0 0 1146 1146 0.00 0.00 0.00 1.00 C 31 1.00
39 11 0 0 674 685 0.02 0.00 0.00 0.98 C 49 0.98
40 0 2 0 1584 1586 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
41 0 1607 0 520 2127 0.00 0.76 0.00 0.24 T 32 0.76
42 16 2225 0 0 2241 0.01 0.99 0.00 0.00 T 46 0.99
43 161 1587 0 0 1748 0.09 0.91 0.00 0.00 T 26 0.91
44 1318 0 0 0 1318 1.00 0.00 0.00 0.00 A 29 1.00
45 0 266 1173 0 1439 0.00 0.18 0.82 0.00 G 41 0.82
46 76 1058 0 0 1134 0.07 0.93 0.00 0.00 T 45 0.93
47 94 2 1035 0 1131 0.08 0.00 0.92 0.00 G 31 0.92
48 875 0 0 242 1117 0.78 0.00 0.00 0.22 A 25 0.78
49 2 0 1214 320 1536 0.00 0.00 0.79 0.21 G 27 0.79
50 0 0 1762 350 2112 0.00 0.00 0.83 0.17 G 46 0.83
51 0 6 1152 276 1434 0.00 0.00 0.80 0.19 G 48 0.80
52 0 1375 12 0 1387 0.00 0.99 0.01 0.00 T 45 0.99
53 0 1229 12 0 1241 0.00 0.99 0.01 0.00 T 36 0.99
54 1634 0 0 0 1634 1.00 0.00 0.00 0.00 A 28 1.00
55 1305 0 0 0 1305 1.00 0.00 0.00 0.00 A 28 1.00
56 0 1811 0 0 1811 0.00 1.00 0.00 0.00 T 23 1.00
57 0 4829 0 326 5155 0.00 0.94 0.00 0.06 T 30 0.94
58 6007 13 0 232 6252 0.96 0.00 0.00 0.04 A 25 0.96
59 0 0 0 480 480 0.00 0.00 0.00 1.00 C 14 1.00
60 488 0 0 578 1066 0.46 0.00 0.00 0.54 C 6 0.54
61 0 0 0 577 577 0.00 0.00 0.00 1.00 C 50 1.00
62 0 0 0 683 683 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
63 0 0 0 633 633 0.00 0.00 0.00 1.00 C 54 1.00
64 0 0 0 690 690 0.00 0.00 0.00 1.00 C 55 1.00
65 0 0 0 673 673 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
66 2 0 0 546 548 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
67 205 0 62 0 267 0.77 0.00 0.23 0.00 A 58 0.77
68 2 588 0 0 590 0.00 1.00 0.00 0.00 T 58 1.00
69 480 158 0 0 638 0.75 0.25 0.00 0.00 A 34 0.75
70 0 0 0 725 725 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
71 0 0 0 768 768 0.00 0.00 0.00 1.00 C 41 1.00
72 199 0 0 165 364 0.55 0.00 0.00 0.45 A 36 0.55
73 0 92 0 490 582 0.00 0.16 0.00 0.84 C 36 0.84
74 0 717 0 87 804 0.00 0.89 0.00 0.11 T 58 0.89
75 561 235 0 0 796 0.70 0.30 0.00 0.00 A 31 0.70
76 422 0 0 1 423 1.00 0.00 0.00 0.00 A 29 1.00
77 0 431 0 13 444 0.00 0.97 0.00 0.03 T 58 0.97
78 0 1107 0 0 1107 0.00 1.00 0.00 0.00 T 58 1.00
79 527 0 0 0 527 1.00 0.00 0.00 0.00 A 36 1.00
80 341 2 4 1 348 0.98 0.01 0.01 0.00 A 28 0.98
81 0 224 0 356 580 0.00 0.39 0.00 0.61 C 16 0.61
82 2 719 0 0 721 0.00 1.00 0.00 0.00 T 29 1.00
83 502 0 0 0 502 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
84 469 3 0 0 472 0.99 0.01 0.00 0.00 A 58 0.99
85 449 0 6 0 455 0.99 0.00 0.01 0.00 A 58 0.99
86 394 0 51 0 445 0.89 0.00 0.11 0.00 A 58 0.89
87 549 0 0 0 549 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
88 9 699 0 0 708 0.01 0.99 0.00 0.00 T 51 0.99
89 0 731 0 2 733 0.00 1.00 0.00 0.00 T 51 1.00
90 0 189 0 550 739 0.00 0.26 0.00 0.74 C 28 0.74
91 189 0 16 186 391 0.48 0.00 0.04 0.48 A 25 0.48
92 3 0 0 558 561 0.01 0.00 0.00 0.99 C 28 0.99
93 0 197 0 639 836 0.00 0.24 0.00 0.76 C 34 0.76
94 0 410 3 0 413 0.00 0.99 0.01 0.00 T 58 0.99
95 587 0 0 0 587 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
96 31 0 0 535 566 0.05 0.00 0.00 0.95 C 41 0.95
97 13 0 0 544 557 0.02 0.00 0.00 0.98 C 46 0.98
98 321 0 0 0 321 1.00 0.00 0.00 0.00 A 46 1.00
99 240 2 28 0 270 0.89 0.01 0.10 0.00 A 51 0.89
100 0 0 0 526 526 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
101 0 3 15 332 350 0.00 0.01 0.04 0.95 C 51 0.95
102 314 0 0 0 314 1.00 0.00 0.00 0.00 A 50 1.00
103 0 0 42 383 425 0.00 0.00 0.10 0.90 C 41 0.90
104 309 0 0 163 472 0.65 0.00 0.00 0.35 A 16 0.65
105 340 10 0 6 356 0.96 0.03 0.00 0.02 A 29 0.96
106 0 2 31 400 433 0.00 0.00 0.07 0.92 C 48 0.92
107 28 0 0 685 713 0.04 0.00 0.00 0.96 C 47 0.96
108 376 0 0 0 376 1.00 0.00 0.00 0.00 A 21 1.00
109 258 178 8 0 444 0.58 0.40 0.02 0.00 A 17 0.58
110 177 591 0 2 770 0.23 0.77 0.00 0.00 T 26 0.77
111 2 76 0 605 683 0.00 0.11 0.00 0.89 C 36 0.89
112 219 0 0 1 220 1.00 0.00 0.00 0.00 A 26 1.00
113 282 111 0 2 395 0.71 0.28 0.00 0.01 A 16 0.71
114 52 0 0 480 532 0.10 0.00 0.00 0.90 C 26 0.90
115 219 28 5 0 252 0.87 0.11 0.02 0.00 A 39 0.87
116 437 0 114 0 551 0.79 0.00 0.21 0.00 A 28 0.79
117 121 0 46 416 583 0.21 0.00 0.08 0.71 C 20 0.71
118 277 0 0 218 495 0.56 0.00 0.00 0.44 A 11 0.56
119 15 105 22 366 508 0.03 0.21 0.04 0.72 C 20 0.72
120 295 0 0 224 519 0.57 0.00 0.00 0.43 A 16 0.57
121 254 17 89 0 360 0.71 0.05 0.25 0.00 A 16 0.71
122 456 17 4 94 571 0.80 0.03 0.01 0.16 A 31 0.80
123 6 40 0 404 450 0.01 0.09 0.00 0.90 C 50 0.90
124 0 0 0 815 815 0.00 0.00 0.00 1.00 C 50 1.00
125 0 0 0 832 832 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
126 0 13 10 631 654 0.00 0.02 0.02 0.96 C 29 0.96
127 0 946 0 350 1296 0.00 0.73 0.00 0.27 T 29 0.73
128 0 294 0 839 1133 0.00 0.26 0.00 0.74 C 32 0.74
129 0 1 31 600 632 0.00 0.00 0.05 0.95 C 51 0.95
130 0 14 0 445 459 0.00 0.03 0.00 0.97 C 51 0.97
131 1 0 2 599 602 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
132 239 12 0 106 357 0.67 0.03 0.00 0.30 A 32 0.67
133 324 0 49 0 373 0.87 0.00 0.13 0.00 A 58 0.87
134 555 0 1 0 556 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
135 549 0 0 0 549 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
136 168 0 18 355 541 0.31 0.00 0.03 0.66 C 34 0.66
137 372 30 0 0 402 0.93 0.07 0.00 0.00 A 58 0.93
138 392 12 61 0 465 0.84 0.03 0.13 0.00 A 58 0.84
139 644 0 49 0 693 0.93 0.00 0.07 0.00 A 46 0.93
140 392 29 17 0 438 0.89 0.07 0.04 0.00 A 46 0.89
141 41 149 0 394 584 0.07 0.26 0.00 0.67 C 31 0.67
142 0 831 0 2 833 0.00 1.00 0.00 0.00 T 34 1.00
143 689 236 75 0 1000 0.69 0.24 0.07 0.00 A 34 0.69
144 597 0 100 3 700 0.85 0.00 0.14 0.00 A 34 0.85
145 171 11 0 419 601 0.28 0.02 0.00 0.70 C 34 0.70
146 426 0 15 3 444 0.96 0.00 0.03 0.01 A 58 0.96
147 386 0 15 0 401 0.96 0.00 0.04 0.00 A 58 0.96
148 2 0 0 645 647 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
149 0 0 0 876 876 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
150 0 0 0 637 637 0.00 0.00 0.00 1.00 C 41 1.00
151 281 22 0 263 566 0.50 0.04 0.00 0.46 A 25 0.50
152 0 0 0 615 615 0.00 0.00 0.00 1.00 C 41 1.00
153 0 17 0 626 643 0.00 0.03 0.00 0.97 C 58 0.97
154 0 0 0 846 846 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
155 235 0 31 175 441 0.53 0.00 0.07 0.40 A 25 0.53
156 0 0 29 602 631 0.00 0.00 0.05 0.95 C 51 0.95
157 0 0 0 788 788 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
158 0 0 12 502 514 0.00 0.00 0.02 0.98 C 51 0.98
159 282 0 4 51 337 0.84 0.00 0.01 0.15 A 58 0.84
160 319 0 25 42 386 0.83 0.00 0.06 0.11 A 52 0.83
161 36 0 0 643 679 0.05 0.00 0.00 0.95 C 52 0.95
162 0 3 0 810 813 0.00 0.00 0.00 1.00 C 46 1.00
163 0 722 0 346 1068 0.00 0.68 0.00 0.32 T 29 0.68
164 2 0 0 571 573 0.00 0.00 0.00 1.00 C 34 1.00
165 342 56 0 86 484 0.71 0.12 0.00 0.18 A 31 0.71
166 16 0 119 332 467 0.03 0.00 0.25 0.71 C 27 0.71
167 340 114 0 18 472 0.72 0.24 0.00 0.04 A 25 0.72
168 249 699 0 0 948 0.26 0.74 0.00 0.00 T 28 0.74
169 540 268 0 0 808 0.67 0.33 0.00 0.00 A 28 0.67
170 394 49 0 20 463 0.85 0.11 0.00 0.04 A 36 0.85
171 386 148 0 6 540 0.71 0.27 0.00 0.01 A 25 0.71
172 8 0 0 570 578 0.01 0.00 0.00 0.99 C 41 0.99
173 296 0 4 180 480 0.62 0.00 0.01 0.38 A 25 0.62
174 33 0 0 513 546 0.06 0.00 0.00 0.94 C 29 0.94
175 297 0 45 12 354 0.84 0.00 0.13 0.03 A 41 0.84
176 521 135 0 0 656 0.79 0.21 0.00 0.00 A 29 0.79
177 22 629 8 0 659 0.03 0.95 0.01 0.00 T 32 0.95
178 601 0 60 0 661 0.91 0.00 0.09 0.00 A 41 0.91
179 300 22 0 111 433 0.69 0.05 0.00 0.26 A 32 0.69
180 0 0 0 697 697 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
181 0 0 14 701 715 0.00 0.00 0.02 0.98 C 58 0.98
182 0 9 0 808 817 0.00 0.01 0.00 0.99 C 58 0.99
183 0 991 0 100 1091 0.00 0.91 0.00 0.09 T 58 0.91
184 0 282 53 696 1031 0.00 0.27 0.05 0.68 C 32 0.68
185 9 597 116 18 740 0.01 0.81 0.16 0.02 T 32 0.81
186 582 0 7 0 589 0.99 0.00 0.01 0.00 A 34 0.99
187 425 12 0 0 437 0.97 0.03 0.00 0.00 A 58 0.97
188 0 0 6 497 503 0.00 0.00 0.01 0.99 C 51 0.99
189 0 0 0 835 835 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
190 2 588 1 45 636 0.00 0.92 0.00 0.07 T 51 0.92
191 551 47 0 83 681 0.81 0.07 0.00 0.12 A 58 0.81
192 327 0 37 0 364 0.90 0.00 0.10 0.00 A 58 0.90
193 423 0 30 0 453 0.93 0.00 0.07 0.00 A 58 0.93
194 507 171 0 4 682 0.74 0.25 0.00 0.01 A 34 0.74
195 0 828 0 0 828 0.00 1.00 0.00 0.00 T 58 1.00
196 55 1040 14 0 1109 0.05 0.94 0.01 0.00 T 58 0.94
197 637 319 0 0 956 0.67 0.33 0.00 0.00 A 34 0.67
198 9 25 0 592 626 0.01 0.04 0.00 0.95 C 34 0.95
199 16 654 0 38 708 0.02 0.92 0.00 0.05 T 58 0.92
200 535 0 3 39 577 0.93 0.00 0.01 0.07 A 58 0.93
201 497 22 0 0 519 0.96 0.04 0.00 0.00 A 58 0.96
202 293 23 0 31 347 0.84 0.07 0.00 0.09 A 58 0.84
203 0 6 0 600 606 0.00 0.01 0.00 0.99 C 58 0.99
204 0 0 0 834 834 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
205 0 101 0 559 660 0.00 0.15 0.00 0.85 C 34 0.85
206 0 1023 0 55 1078 0.00 0.95 0.00 0.05 T 58 0.95
207 0 1397 0 17 1414 0.00 0.99 0.00 0.01 T 51 0.99

Alignments

Sequencing result #1

Sequencing result #1 is aligned on both sense and antisense bisulfite converted DNA sequences to determine the sequencing direction as forward or reverse.

Warning: Trimmed sequence from the sequencing result #1 was found with insufficient length or insufficient quality and will not be used.

Alignment as forward

Trimmed sequence of primary peaks from sequencing result #1 is aligned with bisulfite converted reference DNA sense sequence

Alignment as reverse

Trimmed sequence of primary peaks from sequencing result #1 is aligned with bisulfite converted reference DNA antisense sequence

Direction determination

Warning: Insufficient quality of trimmed sequence for direction determination.

Sequencing result #2

Sequencing result #2 is aligned on both sense and antisense bisulfite converted DNA sequences to determine the sequencing direction as forward or reverse.

Alignment as forward

Trimmed sequence of primary peaks from sequencing result #2 is aligned with bisulfite converted reference DNA sense sequence

## ########################################
## # Program: Biostrings (version 2.64.0), a Bioconductor package
## # Rundate: Wed May 18 12:53:16 2022
## ########################################
## #=======================================
## #
## # Aligned_sequences: 2
## # 1: P1
## # 2: S1
## # Matrix: NA
## # Gap_penalty: 14.0
## # Extend_penalty: 4.0
## #
## # Length: 8
## # Identity:       8/8 (100.0%)
## # Similarity:    NA/8 (NA%)
## # Gaps:           0/8 (0.0%)
## # Score: 15.85405
## #
## #
## #=======================================
## 
## P1                40 GAGGGTTA     47
##                      ||||||||
## S1                87 GAGGGTTA     94
## 
## 
## #---------------------------------------
## #---------------------------------------

Alignment as reverse

Trimmed sequence of primary peaks from sequencing result #2 is aligned with bisulfite converted reference DNA antisense sequence

## ########################################
## # Program: Biostrings (version 2.64.0), a Bioconductor package
## # Rundate: Wed May 18 12:53:16 2022
## ########################################
## #=======================================
## #
## # Aligned_sequences: 2
## # 1: P1
## # 2: S1
## # Matrix: NA
## # Gap_penalty: 14.0
## # Extend_penalty: 4.0
## #
## # Length: 142
## # Identity:     130/142 (91.5%)
## # Similarity:    NA/142 (NA%)
## # Gaps:           0/142 (0.0%)
## # Score: 186.8367
## #
## #
## #=======================================
## 
## P1                54 CCCCCCATACCACTAATTAA     73
##                      |||||| |||| ||||||||
## S1               132 CCCCCCGTACCGCTAATTAA    151
## 
## P1                74 CTAAAAATTCACCTACCAAC     93
##                      ||||||||||||||||| ||
## S1               152 CTAAAAATTCACCTACCGAC    171
## 
## P1                94 CACAACCAATCAACAACACA    113
##                      ||||||||||||||||| | 
## S1               172 CACAACCAATCAACAACGCG    191
## 
## P1               114 AACCCCTCCCCAAAACAAAA    133
##                      |||||||||||||||| |||
## S1               192 AACCCCTCCCCAAAACGAAA    211
## 
## P1               134 CTAACAACCCACCCACCCAA    153
##                      ||||| |||| ||||||| |
## S1               212 CTAACGACCCGCCCACCCGA    231
## 
## P1               154 CCTCACATAAACACAATAAC    173
##                      |||| ||||||| | |||||
## S1               232 CCTCGCATAAACGCGATAAC    251
## 
## P1               174 CCTCTAACCTAAAATTACTA    193
##                      ||||||||||||||||||||
## S1               252 CCTCTAACCTAAAATTACTA    271
## 
## P1               194 AA    195
##                      ||
## S1               272 AA    273
## 
## 
## #---------------------------------------
## #---------------------------------------

Direction determination

Sequencing result #2 corresponds to reverse direction

Forward

To find nucleotides of reference DNA sequence positions on sequencing result, the trimmed sequence of primary peaks from forward sequencing results is aligned with bisulfite converted reference DNA sense sequence.

Alignment

Warning: Insufficient length or quality of trimmed forward sequencing.

Aligned sequences

Warning: Insufficient length or quality of trimmed forward sequencing.

Reverse

To find nucleotides of reference DNA sequence positions on sequencing result, the trimmed sequence of primary peaks from reverse sequencing results is aligned with bisulfite converted reference DNA antisense sequence.

Alignment

## ########################################
## # Program: Biostrings (version 2.64.0), a Bioconductor package
## # Rundate: Wed May 18 12:53:17 2022
## ########################################
## #=======================================
## #
## # Aligned_sequences: 2
## # 1: P1
## # 2: S1
## # Matrix: NA
## # Gap_penalty: 14.0
## # Extend_penalty: 4.0
## #
## # Length: 142
## # Identity:     130/142 (91.5%)
## # Similarity:    NA/142 (NA%)
## # Gaps:           0/142 (0.0%)
## # Score: 186.8367
## #
## #
## #=======================================
## 
## P1                54 CCCCCCATACCACTAATTAA     73
##                      |||||| |||| ||||||||
## S1               132 CCCCCCGTACCGCTAATTAA    151
## 
## P1                74 CTAAAAATTCACCTACCAAC     93
##                      ||||||||||||||||| ||
## S1               152 CTAAAAATTCACCTACCGAC    171
## 
## P1                94 CACAACCAATCAACAACACA    113
##                      ||||||||||||||||| | 
## S1               172 CACAACCAATCAACAACGCG    191
## 
## P1               114 AACCCCTCCCCAAAACAAAA    133
##                      |||||||||||||||| |||
## S1               192 AACCCCTCCCCAAAACGAAA    211
## 
## P1               134 CTAACAACCCACCCACCCAA    153
##                      ||||| |||| ||||||| |
## S1               212 CTAACGACCCGCCCACCCGA    231
## 
## P1               154 CCTCACATAAACACAATAAC    173
##                      |||| ||||||| | |||||
## S1               232 CCTCGCATAAACGCGATAAC    251
## 
## P1               174 CCTCTAACCTAAAATTACTA    193
##                      ||||||||||||||||||||
## S1               252 CCTCTAACCTAAAATTACTA    271
## 
## P1               194 AA    195
##                      ||
## S1               272 AA    273
## 
## 
## #---------------------------------------
## #---------------------------------------

Aligned sequences

Aligned sequence from reverse sequencing result (Pattern P1):

Length: 142 bp

## CCCCCCATACCACTAATTAACTAAAAATTCACCTACCAACCACAACCAATCAACAACACAAACCCCTCCCCAAAACAAAACTAACAACCCACCCACCCAACCTCACATAAACACAATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAA

Aligned sequence from bisulfite converted reference DNA antisense sequence (Subject S1):

Length: 142 bp

## CCCCCCGTACCGCTAATTAACTAAAAATTCACCTACCGACCACAACCAATCAACAACGCGAACCCCTCCCCAAAACGAAACTAACGACCCGCCCACCCGACCTCGCATAAACGCGATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAA

Quality control

Summary

Thresholds Values
Minimum length of the aligned sequence : 30 bp
Minimum identity percentage of alignment : 75 %
Minimum of bisulfite conversion rate mean : 0.9
Direction Sequencing Length Identity Mismatch Indel in DNA reference Indel in sequencing Mean of conversion rates SD of conversion rates Quality Result
Reverse #2 142 91.55 12 0 0 0.95 0.07 Correct

Forward sequencing result could have not been trimmed due to poor quality.

Mismatch positions

Forward

Reverse

Positions in trimmed sequencing result Nucleotides in trimmed sequencing result Positions in reference DNA sequence Nucleotides in reference DNA sequence
60 A 138 G
65 A 143 G
91 A 169 G
111 A 189 G
113 A 191 G
130 A 208 G
139 A 217 G
144 A 222 G
152 A 230 G
158 A 236 G
166 A 244 G
168 A 246 G

Insertions/deletions

Forward

Reverse

No insertions/deletions in reverse alignment.

Conversion rates

Combined

C number Bisulfite conversion rate Reverse
50 1.00
49 1.00
48 0.99
47 1.00
46 0.99
45 0.89
44 1.00
43 1.00
42 0.90
41 1.00
40 1.00
39 0.79
38 0.74
37 0.87
36 1.00
35 1.00
34 0.87
33 0.96
32 0.90
31 0.96
30 0.93
29 1.00
28 1.00
27 0.91
26 1.00
25 1.00
24 0.90
23 1.00
22 1.00
21 1.00
20 1.00
19 NaN

Forward

Reverse

C number Position in reference DNA Position in sequencing result (trimmed) Position in sequencing result (raw) A peak T peak G peak C peak Bisulfite conversion rate
50 146 68 75 561 235 0 0 1.00
49 150 72 79 527 0 0 0 1.00
48 151 73 80 341 2 4 1 0.99
47 154 76 83 502 0 0 0 1.00
46 156 78 85 449 0 6 0 0.99
45 157 79 86 394 0 51 0 0.89
44 158 80 87 549 0 0 0 1.00
43 166 88 95 587 0 0 0 1.00
42 170 92 99 240 2 28 0 0.90
41 176 98 105 340 10 0 6 1.00
40 184 106 113 282 111 0 2 1.00
39 187 109 116 437 0 114 0 0.79
38 192 114 121 254 17 89 0 0.74
37 204 126 133 324 0 49 0 0.87
36 205 127 134 555 0 1 0 1.00
35 206 128 135 549 0 0 0 1.00
34 209 131 138 392 12 61 0 0.87
33 211 133 140 392 29 17 0 0.96
32 214 136 143 689 236 75 0 0.90
31 218 140 147 386 0 15 0 0.96
30 231 153 160 319 0 25 42 0.93
29 241 163 170 394 49 0 20 1.00
28 247 169 176 521 135 0 0 1.00
27 249 171 178 601 0 60 0 0.91
26 258 180 187 425 12 0 0 1.00
25 262 184 191 551 47 0 83 1.00
24 263 185 192 327 0 37 0 0.90
23 265 187 194 507 171 0 4 1.00
22 268 190 197 637 319 0 0 1.00
21 272 194 201 497 22 0 0 1.00
20 273 195 202 293 23 0 31 1.00
19 274 196 203 0 6 0 600 NaN

Maximum aligned sequence

The maximum aligned sequence corresponds to the maximum sequence covered by at least one correct sequencing.

Length of max aligned sequence : 143 bp
Coordinates of max aligned sequence : chr16:68771007-68771149

Maximum aligned sequence (on bisulfite converted sense sequence from the plus strand sequence) :

## TTTTAGTAATTTTAGGTTAGAGGGTTATCGCGTTTATGCGAGGTCGGGTGGGCGGGTCGTTAGTTTCGTTTTGGGGAGGGGTTCGCGTTGTTGATTGGTTGTGGTCGGTAGGTGAATTTTTAGTTAATTAGCGGTACGGGGGG

Methylation

Combined

CG number Chromosome Start End Methylation Percentage Forward Methylation Percentage Reverse Methylation Percentage Average Methylation Percentage SD
16 chr16 68771143 68771144 NA 23.22 23.22 NA
15 chr16 68771138 68771139 NA 0.00 0.00 NA
14 chr16 68771112 68771113 NA 0.00 0.00 NA
13 chr16 68771092 68771093 NA 0.00 0.00 NA
12 chr16 68771090 68771091 NA 0.00 0.00 NA
11 chr16 68771073 68771074 NA 0.00 0.00 NA
10 chr16 68771064 68771065 NA 3.40 3.40 NA
9 chr16 68771059 68771060 NA 0.00 0.00 NA
8 chr16 68771051 68771052 NA 1.40 1.40 NA
7 chr16 68771045 68771046 NA 0.00 0.00 NA
6 chr16 68771037 68771038 NA 1.33 1.33 NA
5 chr16 68771035 68771036 NA 13.16 13.16 NA

Forward

Warning: No sequencing data from foward direction sequencing.

Reverse

CG number Chromosome Start End G position in reference DNA G position in sequencing result (trimmed) G position in sequencing result (raw) A peak T peak G peak C peak Methylation Percentage
16 chr16 68771143 68771144 138 60 67 205 0 62 0 23.22
15 chr16 68771138 68771139 143 65 72 199 0 0 165 0.00
14 chr16 68771112 68771113 169 91 98 321 0 0 0 0.00
13 chr16 68771092 68771093 189 111 118 277 0 0 218 0.00
12 chr16 68771090 68771091 191 113 120 295 0 0 224 0.00
11 chr16 68771073 68771074 208 130 137 372 30 0 0 0.00
10 chr16 68771064 68771065 217 139 146 426 0 15 3 3.40
9 chr16 68771059 68771060 222 144 151 281 22 0 263 0.00
8 chr16 68771051 68771052 230 152 159 282 0 4 51 1.40
7 chr16 68771045 68771046 236 158 165 342 56 0 86 0.00
6 chr16 68771037 68771038 244 166 173 296 0 4 180 1.33
5 chr16 68771035 68771036 246 168 175 297 0 45 12 13.16

Individual methylation plot

Output data

Directories

Methylation data file preview

CG_nb chromosome start end meth_F meth_R meth_avg meth_sd collection group rep clone alg_coord_start alg_coord_end
16 chr16 68771143 68771144 NA 23.22 23.22 NA Low methylated DNA 2 NA 68771007 68771149
15 chr16 68771138 68771139 NA 0.00 0.00 NA Low methylated DNA 2 NA 68771007 68771149
14 chr16 68771112 68771113 NA 0.00 0.00 NA Low methylated DNA 2 NA 68771007 68771149
13 chr16 68771092 68771093 NA 0.00 0.00 NA Low methylated DNA 2 NA 68771007 68771149
12 chr16 68771090 68771091 NA 0.00 0.00 NA Low methylated DNA 2 NA 68771007 68771149
11 chr16 68771073 68771074 NA 0.00 0.00 NA Low methylated DNA 2 NA 68771007 68771149
10 chr16 68771064 68771065 NA 3.40 3.40 NA Low methylated DNA 2 NA 68771007 68771149
9 chr16 68771059 68771060 NA 0.00 0.00 NA Low methylated DNA 2 NA 68771007 68771149
8 chr16 68771051 68771052 NA 1.40 1.40 NA Low methylated DNA 2 NA 68771007 68771149
7 chr16 68771045 68771046 NA 0.00 0.00 NA Low methylated DNA 2 NA 68771007 68771149
6 chr16 68771037 68771038 NA 1.33 1.33 NA Low methylated DNA 2 NA 68771007 68771149
5 chr16 68771035 68771036 NA 13.16 13.16 NA Low methylated DNA 2 NA 68771007 68771149