Individual analysis results

Parameters	Input.values
Folder name :	Example data
Sequence name :	CDH1
Group :	Low methylated DNA
Experiment type :	Direct-BSP
Replicate number :	2
Date of sequencing #1 :	2022-05-02
Date of sequencing #2 :	2022-05-02
Date of analysis :	2022-05-18 12:52
Prefix of output files :	CDH1_Low methylated DNA_2

Reference DNA

Reference DNA sequence

Reference DNA sequence information	Input values
Name	CDH1
Strand used for primer design	Plus strand
Length	341 pb
Coordinates on reference genome	chr16:68770940-68771280

Genomic DNA Sequence from plus strand (template strand):

## CCACCGGCGGGGCTGGGATTCGAACCCAGTGGAATCAGAACCGTGCAGGTCCCATAACCCACCTAGACCCTAGCAACTCCAGGCTAGAGGGTCACCGCGTCTATGCGAGGCCGGGTGGGCGGGCCGTCAGCTCCGCCCTGGGGAGGGGTCCGCGCTGCTGATTGGCTGTGGCCGGCAGGTGAACCCTCAGCCAATCAGCGGTACGGGGGGCGGTGCCTCCGGGGCTCACCTGGCTGCAGCCACGCACCCCCTCTCAGTGGCGTCGGAACTGCAAAGCACCTGTGAGCTTGCGGAAGTCAGTTCAGACTCCAGCCCGCTCCAGCCCGGCCCGACCCGACCGC

Genomic DNA Sequence from minus strand (not used):

## GCGGTCGGGTCGGGCCGGGCTGGAGCGGGCTGGAGTCTGAACTGACTTCCGCAAGCTCACAGGTGCTTTGCAGTTCCGACGCCACTGAGAGGGGGTGCGTGGCTGCAGCCAGGTGAGCCCCGGAGGCACCGCCCCCCGTACCGCTGATTGGCTGAGGGTTCACCTGCCGGCCACAGCCAATCAGCAGCGCGGACCCCTCCCCAGGGCGGAGCTGACGGCCCGCCCACCCGGCCTCGCATAGACGCGGTGACCCTCTAGCCTGGAGTTGCTAGGGTCTAGGTGGGTTATGGGACCTGCACGGTTCTGATTCCACTGGGTTCGAATCCCAGCCCCGCCGGTGG

Localization of CG dinucleotides

CG positions on plus strand

CG number	chr	start	end	C position	G position
1	chr16	68770944	68770945	5	6
2	chr16	68770947	68770948	8	9
3	chr16	68770960	68770961	21	22
4	chr16	68770981	68770982	42	43
5	chr16	68771035	68771036	96	97
6	chr16	68771037	68771038	98	99
7	chr16	68771045	68771046	106	107
8	chr16	68771051	68771052	112	113
9	chr16	68771059	68771060	120	121
10	chr16	68771064	68771065	125	126
11	chr16	68771073	68771074	134	135
12	chr16	68771090	68771091	151	152
13	chr16	68771092	68771093	153	154
14	chr16	68771112	68771113	173	174
15	chr16	68771138	68771139	199	200
16	chr16	68771143	68771144	204	205
17	chr16	68771150	68771151	211	212
18	chr16	68771159	68771160	220	221
19	chr16	68771182	68771183	243	244
20	chr16	68771200	68771201	261	262
21	chr16	68771203	68771204	264	265
22	chr16	68771230	68771231	291	292
23	chr16	68771254	68771255	315	316
24	chr16	68771264	68771265	325	326
25	chr16	68771269	68771270	330	331
26	chr16	68771274	68771275	335	336
27	chr16	68771278	68771279	339	340

CG positions on minus strand

CG number	chr	start	end	C position	G position
27	chr16	68771278	68771279	2	3
26	chr16	68771274	68771275	6	7
25	chr16	68771269	68771270	11	12
24	chr16	68771264	68771265	16	17
23	chr16	68771254	68771255	26	27
22	chr16	68771230	68771231	50	51
21	chr16	68771203	68771204	77	78
20	chr16	68771200	68771201	80	81
19	chr16	68771182	68771183	98	99
18	chr16	68771159	68771160	121	122
17	chr16	68771150	68771151	130	131
16	chr16	68771143	68771144	137	138
15	chr16	68771138	68771139	142	143
14	chr16	68771112	68771113	168	169
13	chr16	68771092	68771093	188	189
12	chr16	68771090	68771091	190	191
11	chr16	68771073	68771074	207	208
10	chr16	68771064	68771065	216	217
9	chr16	68771059	68771060	221	222
8	chr16	68771051	68771052	229	230
7	chr16	68771045	68771046	235	236
6	chr16	68771037	68771038	243	244
5	chr16	68771035	68771036	245	246
4	chr16	68770981	68770982	299	300
3	chr16	68770960	68770961	320	321
2	chr16	68770947	68770948	333	334
1	chr16	68770944	68770945	336	337

Bisulfite converted sequences

Converted sequence sense (template strand)

Bisulfite converted sequence of the plus strand as indicated as the template strand.

## TTATCGGCGGGGTTGGGATTCGAATTTAGTGGAATTAGAATCGTGTAGGTTTTATAATTTATTTAGATTTTAGTAATTTTAGGTTAGAGGGTTATCGCGTTTATGCGAGGTCGGGTGGGCGGGTCGTTAGTTTCGTTTTGGGGAGGGGTTCGCGTTGTTGATTGGTTGTGGTCGGTAGGTGAATTTTTAGTTAATTAGCGGTACGGGGGGCGGTGTTTTCGGGGTTTATTTGGTTGTAGTTACGTATTTTTTTTTAGTGGCGTCGGAATTGTAAAGTATTTGTGAGTTTGCGGAAGTTAGTTTAGATTTTAGTTCGTTTTAGTTCGGTTCGATTCGATCGT

Converted sequence antisense (reverse complement)

Reverse complement of the bisulfite converted sequence from the plus strand.

## ACGATCGAATCGAACCGAACTAAAACGAACTAAAATCTAAACTAACTTCCGCAAACTCACAAATACTTTACAATTCCGACGCCACTAAAAAAAAATACGTAACTACAACCAAATAAACCCCGAAAACACCGCCCCCCGTACCGCTAATTAACTAAAAATTCACCTACCGACCACAACCAATCAACAACGCGAACCCCTCCCCAAAACGAAACTAACGACCCGCCCACCCGACCTCGCATAAACGCGATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAAATCTAAATAAATTATAAAACCTACACGATTCTAATTCCACTAAATTCGAATCCCAACCCCGCCGATAA

Sequencing trimming

Summary

Thresholds	Values
Minimum length of the trimmed sequence :	30 bp
Minimum Phred quality score :	30
Minimum ratio of primary peak :	0.75
Minimum percentage of non-mixed positions :	75 %

Sequencing	Length	Start position	End position	Mean of Phred quality scores	Mean of primary peak ratio	Percentage of non-mixed positions	Trimmed sequence quality
#1	47	24	70	27.96	0.86	78.72	Incorrect
#2	200	8	207	40.44	0.89	82.00	Correct

Sequencing result #1

Raw sequence

Sequence

Sequence of primary peaks:

Length: 1067 bp

## ATATTTAGAGAGTTCTAGTAGATGACTATTGTGATTGTGAGTATTTGTGAGTTTCCTCGACTGTGCCTTCTAAGAGGAGGGGTTCGCGTTGTTGATTGGTTGTGGTCGGNAGGGGAATTTTTAGTTAATTAGCGGCACGGGGGGCGGNGTTTTCGGGGGTNATTTGGNTGCAGTTACGTTTTTTTTTTTTTAGGCGTCGGAANAGTAAAGTATCCGNGAGTTNCCTCGAGTGTGNATTCGAACACTTAAGTGAAGGGATGTATTTANTATACTACACNCCNCTATCCCTTCGTNGACTTGCAGGTGACTCTTGATNACNATTCNCACCNCAAGCCTTCAGCCGCCNCCGCTTCATTCAGATTTCGGCCCAATCAACTTTCAATGGGACGTGAAAGAACTACCCTGATTCCACCGANAGCGGNCACCTATAGCTTGANTCCNNAGNGGCTACCNGATAGATGNCTANNACTTTCNGAGNAATGCAANATNCGCCCAAANTACCCAATCCCGACACNCACANGTAGTGNGACATCCCCCAATGCTTNTCGATGTCCTATGAGCAGTTCAAATGAGAATAANCTANATCCCTNANANNGNAANCTTANCACGCAGGTCGCGTNCNCCATCCGCGGTATTTCCNGCTCTAATACCGCAAGTCAGAGTATGTGCCGTCAGAAACTCCTAGTNGGGTCNNGACGGCGCCCTGTGNTTGGGTCCGNCGANTCAAAAGNGCTCGTCGCGNAACTCTNCGCACTAGATCTTCGANACTNCNCTTAANCTGGTGGANCGANGGCCTTAAGACCGCCCGCTGCGNGTTAACCCTGCAGATTTNAGTCTGNACAACTACTTTTANCNTCGCCGATCCCGCNGTGCCGATCNNGCCNAGTAGCGNACNNGACTCCNACTCNGTTAGGTTGANNGAATCAANCNNCAAAANCNCCCTCTAGGGNGNGAATANNAANNAAGANNNGNGGNCNNGGAAAAGGGGACCTGGCCCCNCANTNTGNNGATTTNCNGANNTNAAAAAAATAATNATAACNCCCCAAGGTTAAAANAACCTCACCCCC

Chromatogram

Open chromatogram file in a new tab

Table

Position	A peak	T peak	G peak	C peak	Total	A ratio	T ratio	G ratio	C ratio	Primary base	Quality score	Primary ratio
1	11	0	5	0	16	0.69	0.00	0.31	0.00	A	2	0.69
2	8	14	1	0	23	0.35	0.61	0.04	0.00	T	5	0.61
3	20	0	0	2	22	0.91	0.00	0.00	0.09	A	5	0.91
4	0	17	0	2	19	0.00	0.89	0.00	0.11	T	4	0.89
5	0	19	0	2	21	0.00	0.90	0.00	0.10	T	4	0.90
6	0	16	0	2	18	0.00	0.89	0.00	0.11	T	4	0.89
7	17	0	0	0	17	1.00	0.00	0.00	0.00	A	4	1.00
8	0	0	125	1	126	0.00	0.00	0.99	0.01	G	11	0.99
9	4	0	0	0	4	1.00	0.00	0.00	0.00	A	4	1.00
10	7	0	96	0	103	0.07	0.00	0.93	0.00	G	25	0.93
11	25	19	0	0	44	0.57	0.43	0.00	0.00	A	4	0.57
12	0	0	639	26	665	0.00	0.00	0.96	0.04	G	4	0.96
13	0	1880	0	26	1906	0.00	0.99	0.00	0.01	T	9	0.99
14	0	1946	0	20	1966	0.00	0.99	0.00	0.01	T	7	0.99
15	0	0	37	572	609	0.00	0.00	0.06	0.94	C	4	0.94
16	0	1693	0	0	1693	0.00	1.00	0.00	0.00	T	9	1.00
17	1348	0	0	0	1348	1.00	0.00	0.00	0.00	A	4	1.00
18	0	0	2063	32	2095	0.00	0.00	0.98	0.02	G	12	0.98
19	0	1192	0	0	1192	0.00	1.00	0.00	0.00	T	7	1.00
20	1034	0	0	30	1064	0.97	0.00	0.00	0.03	A	9	0.97
21	0	0	650	30	680	0.00	0.00	0.96	0.04	G	7	0.96
22	1321	12	0	0	1333	0.99	0.01	0.00	0.00	A	16	0.99
23	0	12	0	11	23	0.00	0.52	0.00	0.48	T	17	0.52
24	0	0	1749	13	1762	0.00	0.00	0.99	0.01	G	41	0.99
25	72	0	0	6	78	0.92	0.00	0.00	0.08	A	6	0.92
26	0	0	0	6	6	0.00	0.00	0.00	1.00	C	9	1.00
27	0	633	0	0	633	0.00	1.00	0.00	0.00	T	14	1.00
28	719	0	12	26	757	0.95	0.00	0.02	0.03	A	19	0.95
29	0	605	12	0	617	0.00	0.98	0.02	0.00	T	11	0.98
30	33	659	0	49	741	0.04	0.89	0.00	0.07	T	50	0.89
31	0	0	1375	24	1399	0.00	0.00	0.98	0.02	G	58	0.98
32	57	101	0	24	182	0.31	0.55	0.00	0.13	T	8	0.55
33	0	0	400	0	400	0.00	0.00	1.00	0.00	G	20	1.00
34	465	0	0	8	473	0.98	0.00	0.00	0.02	A	23	0.98
35	0	352	2	8	362	0.00	0.97	0.01	0.02	T	22	0.97
36	0	400	0	14	414	0.00	0.97	0.00	0.03	T	22	0.97
37	123	0	547	13	683	0.18	0.00	0.80	0.02	G	25	0.80
38	0	234	0	13	247	0.00	0.95	0.00	0.05	T	11	0.95
39	182	0	209	7	398	0.46	0.00	0.53	0.02	G	11	0.53
40	183	50	0	20	253	0.72	0.20	0.00	0.08	A	8	0.72
41	0	0	373	0	373	0.00	0.00	1.00	0.00	G	17	1.00
42	85	121	0	0	206	0.41	0.59	0.00	0.00	T	7	0.59
43	221	0	66	1	288	0.77	0.00	0.23	0.00	A	9	0.77
44	0	186	134	1	321	0.00	0.58	0.42	0.00	T	8	0.58
45	6	221	1	0	228	0.03	0.97	0.00	0.00	T	14	0.97
46	9	219	0	26	254	0.04	0.86	0.00	0.10	T	14	0.86
47	0	1	436	8	445	0.00	0.00	0.98	0.02	G	49	0.98
48	5	106	0	6	117	0.04	0.91	0.00	0.05	T	20	0.91
49	0	0	324	2	326	0.00	0.00	0.99	0.01	G	62	0.99
50	181	27	0	9	217	0.83	0.12	0.00	0.04	A	24	0.83
51	0	0	224	0	224	0.00	0.00	1.00	0.00	G	47	1.00
52	0	100	0	14	114	0.00	0.88	0.00	0.12	T	17	0.88
53	3	112	24	11	150	0.02	0.75	0.16	0.07	T	24	0.75
54	4	103	0	20	127	0.03	0.81	0.00	0.16	T	23	0.81
55	4	1	58	161	224	0.02	0.00	0.26	0.72	C	31	0.72
56	0	6	29	129	164	0.00	0.04	0.18	0.79	C	30	0.79
57	2	103	23	0	128	0.02	0.80	0.18	0.00	T	24	0.80
58	1	16	0	184	201	0.00	0.08	0.00	0.92	C	43	0.92
59	3	12	95	24	134	0.02	0.09	0.71	0.18	G	24	0.71
60	112	0	38	7	157	0.71	0.00	0.24	0.04	A	18	0.71
61	0	12	0	111	123	0.00	0.10	0.00	0.90	C	36	0.90
62	0	132	2	16	150	0.00	0.88	0.01	0.11	T	43	0.88
63	17	2	392	10	421	0.04	0.00	0.93	0.02	G	62	0.93
64	3	74	21	6	104	0.03	0.71	0.20	0.06	T	27	0.71
65	1	0	222	7	230	0.00	0.00	0.97	0.03	G	54	0.97
66	3	17	1	116	137	0.02	0.12	0.01	0.85	C	48	0.85
67	8	19	5	159	191	0.04	0.10	0.03	0.83	C	56	0.83
68	8	119	0	0	127	0.06	0.94	0.00	0.00	T	35	0.94
69	20	117	21	9	167	0.12	0.70	0.13	0.05	T	39	0.70
70	0	15	0	166	181	0.00	0.08	0.00	0.92	C	51	0.92
71	38	109	1	0	148	0.26	0.74	0.01	0.00	T	16	0.74
72	300	7	8	9	324	0.93	0.02	0.02	0.03	A	62	0.93
73	245	16	6	10	277	0.88	0.06	0.02	0.04	A	59	0.88
74	0	0	41	7	48	0.00	0.00	0.85	0.15	G	16	0.85
75	54	5	20	8	87	0.62	0.06	0.23	0.09	A	22	0.62
76	4	5	20	19	48	0.08	0.10	0.42	0.40	G	16	0.42
77	0	11	21	7	39	0.00	0.28	0.54	0.18	G	17	0.54
78	26	7	0	6	39	0.67	0.18	0.00	0.15	A	22	0.67
79	0	9	25	0	34	0.00	0.26	0.74	0.00	G	27	0.74
80	4	7	36	0	47	0.09	0.15	0.77	0.00	G	41	0.77
81	0	6	23	9	38	0.00	0.16	0.61	0.24	G	15	0.61
82	3	0	27	0	30	0.10	0.00	0.90	0.00	G	15	0.90
83	0	17	0	0	17	0.00	1.00	0.00	0.00	T	8	1.00
84	9	18	2	0	29	0.31	0.62	0.07	0.00	T	9	0.62
85	0	0	0	51	51	0.00	0.00	0.00	1.00	C	27	1.00
86	0	10	21	0	31	0.00	0.32	0.68	0.00	G	19	0.68
87	5	20	0	30	55	0.09	0.36	0.00	0.55	C	16	0.55
88	5	14	33	14	66	0.08	0.21	0.50	0.21	G	21	0.50
89	7	24	2	7	40	0.17	0.60	0.05	0.17	T	18	0.60
90	7	23	7	0	37	0.19	0.62	0.19	0.00	T	18	0.62
91	6	8	33	8	55	0.11	0.15	0.60	0.15	G	41	0.60
92	6	22	3	7	38	0.16	0.58	0.08	0.18	T	30	0.58
93	4	28	0	6	38	0.11	0.74	0.00	0.16	T	27	0.74
94	0	0	35	10	45	0.00	0.00	0.78	0.22	G	37	0.78
95	22	0	4	0	26	0.85	0.00	0.15	0.00	A	16	0.85
96	0	17	4	12	33	0.00	0.52	0.12	0.36	T	15	0.52
97	8	19	1	3	31	0.26	0.61	0.03	0.10	T	19	0.61
98	9	4	54	3	70	0.13	0.06	0.77	0.04	G	51	0.77
99	6	4	19	5	34	0.18	0.12	0.56	0.15	G	26	0.56
100	0	9	0	6	15	0.00	0.60	0.00	0.40	T	12	0.60
101	9	16	0	7	32	0.28	0.50	0.00	0.22	T	30	0.50
102	1	0	40	4	45	0.02	0.00	0.89	0.09	G	51	0.89
103	1	15	0	2	18	0.06	0.83	0.00	0.11	T	21	0.83
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106	0	12	0	0	12	0.00	1.00	0.00	0.00	T	15	1.00
107	2	5	0	25	32	0.06	0.16	0.00	0.78	C	36	0.78
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109	10	10	24	3	47	0.21	0.21	0.51	0.06	G	40	0.51
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111	20	0	0	5	25	0.80	0.00	0.00	0.20	A	13	0.80
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114	3	12	17	0	32	0.09	0.38	0.53	0.00	G	14	0.53
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118	0	18	8	4	30	0.00	0.60	0.27	0.13	T	17	0.60
119	6	25	0	6	37	0.16	0.68	0.00	0.16	T	34	0.68
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121	1	21	3	2	27	0.04	0.78	0.11	0.07	T	34	0.78
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136	0	9	0	18	27	0.00	0.33	0.00	0.67	C	15	0.67
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159	13	14	18	3	48	0.27	0.29	0.38	0.06	G	13	0.38
160	0	22	11	11	44	0.00	0.50	0.25	0.25	T	18	0.50
161	5	12	5	11	33	0.15	0.36	0.15	0.33	N	8	0.36
162	20	0	4	3	27	0.74	0.00	0.15	0.11	A	13	0.74
163	5	17	4	3	29	0.17	0.59	0.14	0.10	T	16	0.59
164	2	19	2	9	32	0.06	0.59	0.06	0.28	T	23	0.59
165	0	15	2	11	28	0.00	0.54	0.07	0.39	T	18	0.54
166	9	0	32	0	41	0.22	0.00	0.78	0.00	G	43	0.78
167	4	0	15	3	22	0.18	0.00	0.68	0.14	G	18	0.68
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169	0	21	0	6	27	0.00	0.78	0.00	0.22	T	23	0.78
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189	2	14	2	7	25	0.08	0.56	0.08	0.28	T	18	0.56
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192	10	8	4	0	22	0.45	0.36	0.18	0.00	A	11	0.45
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212	16	0	0	0	16	1.00	0.00	0.00	0.00	A	23	1.00
213	8	12	0	3	23	0.35	0.52	0.00	0.13	T	17	0.52
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215	3	8	2	9	22	0.14	0.36	0.09	0.41	C	11	0.41
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223	3	8	5	11	27	0.11	0.30	0.19	0.41	N	18	0.41
224	8	0	5	13	26	0.31	0.00	0.19	0.50	C	23	0.50
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226	6	10	0	6	22	0.27	0.45	0.00	0.27	T	12	0.45
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235	9	8	3	12	32	0.28	0.25	0.09	0.38	N	11	0.38
236	18	4	2	12	36	0.50	0.11	0.06	0.33	A	10	0.50
237	0	10	2	0	12	0.00	0.83	0.17	0.00	T	10	0.83
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240	4	3	7	0	14	0.29	0.21	0.50	0.00	G	9	0.50
241	21	0	2	8	31	0.68	0.00	0.06	0.26	A	25	0.68
242	17	2	0	12	31	0.55	0.06	0.00	0.39	A	18	0.55
243	0	2	2	5	9	0.00	0.22	0.22	0.56	C	11	0.56
244	9	5	0	0	14	0.64	0.36	0.00	0.00	A	12	0.64
245	0	0	4	8	12	0.00	0.00	0.33	0.67	C	11	0.67
246	0	13	1	1	15	0.00	0.87	0.07	0.07	T	13	0.87
247	5	12	4	2	23	0.22	0.52	0.17	0.09	T	13	0.52
248	14	11	2	8	35	0.40	0.31	0.06	0.23	A	18	0.40
249	14	3	0	0	17	0.82	0.18	0.00	0.00	A	18	0.82
250	0	2	7	0	9	0.00	0.22	0.78	0.00	G	10	0.78
251	2	5	0	4	11	0.18	0.45	0.00	0.36	T	10	0.45
252	0	6	7	3	16	0.00	0.38	0.44	0.19	G	12	0.44
253	5	0	5	0	10	0.50	0.00	0.50	0.00	A	10	0.50
254	9	1	1	4	15	0.60	0.07	0.07	0.27	A	18	0.60
255	0	1	4	2	7	0.00	0.14	0.57	0.29	G	11	0.57
256	0	3	8	4	15	0.00	0.20	0.53	0.27	G	16	0.53
257	0	0	10	0	10	0.00	0.00	1.00	0.00	G	24	1.00
258	5	5	0	3	13	0.38	0.38	0.00	0.23	A	12	0.38
259	0	9	1	6	16	0.00	0.56	0.06	0.38	T	18	0.56
260	3	0	7	3	13	0.23	0.00	0.54	0.23	G	13	0.54
261	5	7	1	2	15	0.33	0.47	0.07	0.13	T	11	0.47
262	10	0	3	6	19	0.53	0.00	0.16	0.32	A	19	0.53
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264	4	9	4	2	19	0.21	0.47	0.21	0.11	T	13	0.47
265	0	9	1	8	18	0.00	0.50	0.06	0.44	T	13	0.50
266	6	6	0	3	15	0.40	0.40	0.00	0.20	A	11	0.40
267	4	9	3	4	20	0.20	0.45	0.15	0.20	N	19	0.45
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269	9	0	1	4	14	0.64	0.00	0.07	0.29	A	19	0.64
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271	11	0	2	5	18	0.61	0.00	0.11	0.28	A	14	0.61
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410	4	0	3	6	13	0.31	0.00	0.23	0.46	C	12	0.46
411	6	3	0	2	11	0.55	0.27	0.00	0.18	A	13	0.55
412	3	3	0	6	12	0.25	0.25	0.00	0.50	C	11	0.50
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414	0	1	4	3	8	0.00	0.12	0.50	0.38	G	10	0.50
415	4	0	3	3	10	0.40	0.00	0.30	0.30	A	10	0.40
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418	5	0	9	0	14	0.36	0.00	0.64	0.00	G	21	0.64
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420	2	0	5	0	7	0.29	0.00	0.71	0.00	G	11	0.71
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422	7	2	3	4	16	0.44	0.12	0.19	0.25	N	15	0.44
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424	9	4	0	4	17	0.53	0.24	0.00	0.24	A	13	0.53
425	4	0	4	6	14	0.29	0.00	0.29	0.43	C	11	0.43
426	2	5	1	6	14	0.14	0.36	0.07	0.43	C	12	0.43
427	0	12	0	0	12	0.00	1.00	0.00	0.00	T	27	1.00
428	10	0	3	4	17	0.59	0.00	0.18	0.24	A	22	0.59
429	1	5	2	0	8	0.12	0.62	0.25	0.00	T	12	0.62
430	6	5	3	0	14	0.43	0.36	0.21	0.00	A	13	0.43
431	3	0	4	3	10	0.30	0.00	0.40	0.30	G	8	0.40
432	0	0	0	3	3	0.00	0.00	0.00	1.00	C	8	1.00
433	1	8	2	2	13	0.08	0.62	0.15	0.15	T	19	0.62
434	2	10	2	4	18	0.11	0.56	0.11	0.22	T	23	0.56
435	3	1	7	2	13	0.23	0.08	0.54	0.15	G	17	0.54
436	9	1	0	6	16	0.56	0.06	0.00	0.38	A	18	0.56
437	3	7	3	2	15	0.20	0.47	0.20	0.13	N	13	0.47
438	3	8	1	0	12	0.25	0.67	0.08	0.00	T	17	0.67
439	0	0	1	10	11	0.00	0.00	0.09	0.91	C	22	0.91
440	4	5	1	8	18	0.22	0.28	0.06	0.44	C	19	0.44
441	4	4	4	2	14	0.29	0.29	0.29	0.14	N	8	0.29
442	2	2	5	4	13	0.15	0.15	0.38	0.31	N	12	0.38
443	8	2	0	4	14	0.57	0.14	0.00	0.29	A	17	0.57
444	0	0	4	0	4	0.00	0.00	1.00	0.00	G	8	1.00
445	9	4	6	3	22	0.41	0.18	0.27	0.14	N	15	0.41
446	1	0	6	3	10	0.10	0.00	0.60	0.30	G	5	0.60
447	1	1	5	4	11	0.09	0.09	0.45	0.36	G	11	0.45
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449	7	8	0	2	17	0.41	0.47	0.00	0.12	T	19	0.47
450	4	4	2	0	10	0.40	0.40	0.20	0.00	A	8	0.40
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455	10	3	0	1	14	0.71	0.21	0.00	0.07	A	24	0.71
456	1	4	3	0	8	0.12	0.50	0.38	0.00	T	9	0.50
457	7	0	2	0	9	0.78	0.00	0.22	0.00	A	12	0.78
458	0	0	4	2	6	0.00	0.00	0.67	0.33	G	11	0.67
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460	1	8	6	2	17	0.06	0.47	0.35	0.12	T	14	0.47
461	1	4	6	2	13	0.08	0.31	0.46	0.15	G	11	0.46
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480	5	3	0	4	12	0.42	0.25	0.00	0.33	A	8	0.42
481	0	4	3	0	7	0.00	0.57	0.43	0.00	T	8	0.57
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488	0	4	0	0	4	0.00	1.00	0.00	0.00	T	10	1.00
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506	4	5	1	0	10	0.40	0.50	0.10	0.00	T	13	0.50
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510	0	0	5	0	5	0.00	0.00	1.00	0.00	G	10	1.00
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546	2	9	0	0	11	0.18	0.82	0.00	0.00	T	21	0.82
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551	0	0	2	1	3	0.00	0.00	0.67	0.33	G	11	0.67
552	3	7	1	5	16	0.19	0.44	0.06	0.31	T	9	0.44
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554	1	0	3	4	8	0.12	0.00	0.38	0.50	C	7	0.50
555	2	3	2	0	7	0.29	0.43	0.29	0.00	T	10	0.43
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568	8	3	0	4	15	0.53	0.20	0.00	0.27	A	18	0.53
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570	0	6	0	0	6	0.00	1.00	0.00	0.00	T	15	1.00
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575	5	3	4	0	12	0.42	0.25	0.33	0.00	A	10	0.42
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577	5	4	1	0	10	0.50	0.40	0.10	0.00	A	11	0.50
578	5	0	1	3	9	0.56	0.00	0.11	0.33	A	11	0.56
579	1	4	1	3	9	0.11	0.44	0.11	0.33	N	11	0.44
580	0	5	1	7	13	0.00	0.38	0.08	0.54	C	14	0.54
581	0	5	0	4	9	0.00	0.56	0.00	0.44	T	22	0.56
582	3	0	1	0	4	0.75	0.00	0.25	0.00	A	14	0.75
583	3	3	2	1	9	0.33	0.33	0.22	0.11	N	11	0.33
584	4	0	2	1	7	0.57	0.00	0.29	0.14	A	11	0.57
585	0	7	1	2	10	0.00	0.70	0.10	0.20	T	19	0.70
586	1	0	0	8	9	0.11	0.00	0.00	0.89	C	25	0.89
587	2	0	2	6	10	0.20	0.00	0.20	0.60	C	20	0.60
588	0	3	0	8	11	0.00	0.27	0.00	0.73	C	22	0.73
589	3	5	4	0	12	0.25	0.42	0.33	0.00	T	16	0.42
590	3	4	2	1	10	0.30	0.40	0.20	0.10	N	10	0.40
591	6	0	0	2	8	0.75	0.00	0.00	0.25	A	16	0.75
592	4	3	4	2	13	0.31	0.23	0.31	0.15	N	11	0.31
593	4	0	1	4	9	0.44	0.00	0.11	0.44	A	10	0.44
594	3	1	2	3	9	0.33	0.11	0.22	0.33	N	10	0.33
595	4	1	2	1	8	0.50	0.12	0.25	0.12	N	10	0.50
596	0	2	5	0	7	0.00	0.29	0.71	0.00	G	20	0.71
597	1	2	2	1	6	0.17	0.33	0.33	0.17	N	11	0.33
598	4	0	2	3	9	0.44	0.00	0.22	0.33	A	13	0.44
599	3	0	2	3	8	0.38	0.00	0.25	0.38	A	10	0.38
600	3	4	2	3	12	0.25	0.33	0.17	0.25	N	10	0.33
601	3	0	0	4	7	0.43	0.00	0.00	0.57	C	15	0.57
602	2	5	0	0	7	0.29	0.71	0.00	0.00	T	20	0.71
603	1	5	1	3	10	0.10	0.50	0.10	0.30	T	18	0.50
604	7	0	0	0	7	1.00	0.00	0.00	0.00	A	15	1.00
605	3	3	2	2	10	0.30	0.30	0.20	0.20	N	10	0.30
606	3	0	2	4	9	0.33	0.00	0.22	0.44	C	10	0.44
607	2	0	2	2	6	0.33	0.00	0.33	0.33	A	10	0.33
608	2	0	2	5	9	0.22	0.00	0.22	0.56	C	15	0.56
609	1	3	3	0	7	0.14	0.43	0.43	0.00	G	11	0.43
610	0	0	1	6	7	0.00	0.00	0.14	0.86	C	17	0.86
611	7	4	1	0	12	0.58	0.33	0.08	0.00	A	17	0.58
612	0	0	3	0	3	0.00	0.00	1.00	0.00	G	10	1.00
613	0	2	2	1	5	0.00	0.40	0.40	0.20	G	8	0.40
614	2	5	0	0	7	0.29	0.71	0.00	0.00	T	14	0.71
615	1	0	2	6	9	0.11	0.00	0.22	0.67	C	23	0.67
616	1	3	3	0	7	0.14	0.43	0.43	0.00	G	13	0.43
617	1	3	0	3	7	0.14	0.43	0.00	0.43	C	17	0.43
618	0	0	8	0	8	0.00	0.00	1.00	0.00	G	25	1.00
619	0	7	0	0	7	0.00	1.00	0.00	0.00	T	18	1.00
620	2	3	5	4	14	0.14	0.21	0.36	0.29	N	14	0.36
621	2	3	0	5	10	0.20	0.30	0.00	0.50	C	10	0.50
622	3	4	2	3	12	0.25	0.33	0.17	0.25	N	9	0.33
623	2	2	0	6	10	0.20	0.20	0.00	0.60	C	14	0.60
624	0	1	4	4	9	0.00	0.11	0.44	0.44	C	10	0.44
625	5	4	0	0	9	0.56	0.44	0.00	0.00	A	20	0.56
626	0	5	2	3	10	0.00	0.50	0.20	0.30	T	10	0.50
627	1	0	0	10	11	0.09	0.00	0.00	0.91	C	22	0.91
628	0	3	0	7	10	0.00	0.30	0.00	0.70	C	17	0.70
629	1	0	5	0	6	0.17	0.00	0.83	0.00	G	11	0.83
630	1	3	0	4	8	0.12	0.38	0.00	0.50	C	9	0.50
631	2	0	4	2	8	0.25	0.00	0.50	0.25	G	10	0.50
632	0	0	5	0	5	0.00	0.00	1.00	0.00	G	10	1.00
633	0	4	0	2	6	0.00	0.67	0.00	0.33	T	14	0.67
634	3	0	3	1	7	0.43	0.00	0.43	0.14	A	12	0.43
635	2	3	0	1	6	0.33	0.50	0.00	0.17	T	11	0.50
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638	1	0	3	6	10	0.10	0.00	0.30	0.60	C	20	0.60
639	0	0	2	7	9	0.00	0.00	0.22	0.78	C	14	0.78
640	4	1	2	1	8	0.50	0.12	0.25	0.12	N	6	0.50
641	0	1	6	0	7	0.00	0.14	0.86	0.00	G	14	0.86
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645	0	4	1	3	8	0.00	0.50	0.12	0.38	T	15	0.50
646	4	0	2	0	6	0.67	0.00	0.33	0.00	A	12	0.67
647	4	0	1	0	5	0.80	0.00	0.20	0.00	A	12	0.80
648	0	5	1	0	6	0.00	0.83	0.17	0.00	T	23	0.83
649	9	0	1	0	10	0.90	0.00	0.10	0.00	A	39	0.90
650	0	1	1	4	6	0.00	0.17	0.17	0.67	C	14	0.67
651	0	1	1	5	7	0.00	0.14	0.14	0.71	C	10	0.71
652	1	1	3	0	5	0.20	0.20	0.60	0.00	G	11	0.60
653	0	3	1	4	8	0.00	0.38	0.12	0.50	C	16	0.50
654	7	5	1	0	13	0.54	0.38	0.08	0.00	A	15	0.54
655	5	3	0	2	10	0.50	0.30	0.00	0.20	A	10	0.50
656	3	0	5	2	10	0.30	0.00	0.50	0.20	G	10	0.50
657	2	4	0	1	7	0.29	0.57	0.00	0.14	T	10	0.57
658	0	2	2	4	8	0.00	0.25	0.25	0.50	C	8	0.50
659	5	0	4	1	10	0.50	0.00	0.40	0.10	A	9	0.50
660	0	0	2	0	2	0.00	0.00	1.00	0.00	G	8	1.00
661	8	0	4	0	12	0.67	0.00	0.33	0.00	A	17	0.67
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663	2	4	3	0	9	0.22	0.44	0.33	0.00	T	9	0.44
664	8	6	0	1	15	0.53	0.40	0.00	0.07	A	13	0.53
665	3	6	4	1	14	0.21	0.43	0.29	0.07	T	8	0.43
666	0	0	4	1	5	0.00	0.00	0.80	0.20	G	7	0.80
667	0	6	0	0	6	0.00	1.00	0.00	0.00	T	10	1.00
668	1	1	6	3	11	0.09	0.09	0.55	0.27	G	22	0.55
669	3	1	3	6	13	0.23	0.08	0.23	0.46	C	18	0.46
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672	4	5	0	0	9	0.44	0.56	0.00	0.00	T	14	0.56
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674	5	2	0	0	7	0.71	0.29	0.00	0.00	A	10	0.71
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677	4	3	0	0	7	0.57	0.43	0.00	0.00	A	10	0.57
678	3	0	2	2	7	0.43	0.00	0.29	0.29	A	9	0.43
679	3	0	0	6	9	0.33	0.00	0.00	0.67	C	27	0.67
680	1	5	1	0	7	0.14	0.71	0.14	0.00	T	24	0.71
681	3	0	1	5	9	0.33	0.00	0.11	0.56	C	15	0.56
682	2	1	1	5	9	0.22	0.11	0.11	0.56	C	13	0.56
683	0	3	1	2	6	0.00	0.50	0.17	0.33	T	9	0.50
684	6	5	0	1	12	0.50	0.42	0.00	0.08	A	12	0.50
685	0	0	4	1	5	0.00	0.00	0.80	0.20	G	12	0.80
686	0	4	0	2	6	0.00	0.67	0.00	0.33	T	16	0.67
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689	0	0	6	0	6	0.00	0.00	1.00	0.00	G	20	1.00
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702	2	4	0	6	12	0.17	0.33	0.00	0.50	C	15	0.50
703	0	0	2	6	8	0.00	0.00	0.25	0.75	C	12	0.75
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707	0	5	0	0	5	0.00	1.00	0.00	0.00	T	28	1.00
708	0	0	7	1	8	0.00	0.00	0.88	0.12	G	30	0.88
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714	2	1	4	0	7	0.29	0.14	0.57	0.00	G	10	0.57
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721	1	0	3	2	6	0.17	0.00	0.50	0.33	G	7	0.50
722	7	3	2	0	12	0.58	0.25	0.17	0.00	A	7	0.58
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724	0	5	0	0	5	0.00	1.00	0.00	0.00	T	9	1.00
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727	4	3	1	0	8	0.50	0.38	0.12	0.00	A	8	0.50
728	4	2	4	0	10	0.40	0.20	0.40	0.00	A	9	0.40
729	5	0	3	0	8	0.62	0.00	0.38	0.00	A	13	0.62
730	0	0	3	0	3	0.00	0.00	1.00	0.00	G	8	1.00
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740	0	1	3	3	7	0.00	0.14	0.43	0.43	C	9	0.43
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744	1	0	0	0	1	1.00	0.00	0.00	0.00	A	19	1.00
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754	0	0	0	7	7	0.00	0.00	0.00	1.00	C	24	1.00
755	0	3	0	0	3	0.00	1.00	0.00	0.00	T	15	1.00
756	2	0	0	0	2	1.00	0.00	0.00	0.00	A	7	1.00
757	0	3	4	0	7	0.00	0.43	0.57	0.00	G	14	0.57
758	5	0	4	2	11	0.45	0.00	0.36	0.18	A	17	0.45
759	0	4	1	2	7	0.00	0.57	0.14	0.29	T	15	0.57
760	3	0	2	6	11	0.27	0.00	0.18	0.55	C	19	0.55
761	1	3	2	0	6	0.17	0.50	0.33	0.00	T	10	0.50
762	1	3	0	0	4	0.25	0.75	0.00	0.00	T	13	0.75
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764	0	0	4	2	6	0.00	0.00	0.67	0.33	G	10	0.67
765	4	0	0	0	4	1.00	0.00	0.00	0.00	A	14	1.00
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768	0	0	0	5	5	0.00	0.00	0.00	1.00	C	13	1.00
769	2	7	0	1	10	0.20	0.70	0.00	0.10	T	25	0.70
770	4	3	5	2	14	0.29	0.21	0.36	0.14	N	15	0.36
771	3	3	0	4	10	0.30	0.30	0.00	0.40	C	10	0.40
772	3	3	3	1	10	0.30	0.30	0.30	0.10	N	13	0.30
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774	0	6	2	0	8	0.00	0.75	0.25	0.00	T	15	0.75
775	0	5	2	4	11	0.00	0.45	0.18	0.36	T	7	0.45
776	3	0	3	3	9	0.33	0.00	0.33	0.33	A	7	0.33
777	4	0	1	3	8	0.50	0.00	0.12	0.38	A	7	0.50
778	2	3	1	2	8	0.25	0.38	0.12	0.25	N	7	0.38
779	0	3	1	5	9	0.00	0.33	0.11	0.56	C	13	0.56
780	0	5	0	4	9	0.00	0.56	0.00	0.44	T	9	0.56
781	2	0	5	1	8	0.25	0.00	0.62	0.12	G	16	0.62
782	1	0	4	1	6	0.17	0.00	0.67	0.17	G	7	0.67
783	1	4	0	1	6	0.17	0.67	0.00	0.17	T	14	0.67
784	1	0	7	0	8	0.12	0.00	0.88	0.00	G	30	0.88
785	0	2	4	0	6	0.00	0.33	0.67	0.00	G	7	0.67
786	3	3	2	0	8	0.38	0.38	0.25	0.00	A	9	0.38
787	4	2	3	3	12	0.33	0.17	0.25	0.25	N	14	0.33
788	0	2	3	4	9	0.00	0.22	0.33	0.44	C	17	0.44
789	2	0	3	1	6	0.33	0.00	0.50	0.17	G	8	0.50
790	2	0	0	0	2	1.00	0.00	0.00	0.00	A	6	1.00
791	2	5	2	2	11	0.18	0.45	0.18	0.18	N	14	0.45
792	3	0	4	1	8	0.38	0.00	0.50	0.12	G	9	0.50
793	0	1	3	1	5	0.00	0.20	0.60	0.20	G	9	0.60
794	1	1	1	5	8	0.12	0.12	0.12	0.62	C	12	0.62
795	1	2	1	5	9	0.11	0.22	0.11	0.56	C	9	0.56
796	1	2	1	0	4	0.25	0.50	0.25	0.00	T	4	0.50
797	2	5	0	4	11	0.18	0.45	0.00	0.36	T	6	0.45
798	2	0	0	0	2	1.00	0.00	0.00	0.00	A	9	1.00
799	4	1	0	0	5	0.80	0.20	0.00	0.00	A	11	0.80
800	0	0	3	0	3	0.00	0.00	1.00	0.00	G	6	1.00
801	2	0	2	1	5	0.40	0.00	0.40	0.20	A	6	0.40
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803	0	4	0	4	8	0.00	0.50	0.00	0.50	C	13	0.50
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805	1	2	0	3	6	0.17	0.33	0.00	0.50	C	10	0.50
806	0	2	0	4	6	0.00	0.33	0.00	0.67	C	6	0.67
807	1	0	1	5	7	0.14	0.00	0.14	0.71	C	18	0.71
808	0	0	3	0	3	0.00	0.00	1.00	0.00	G	9	1.00
809	2	0	0	5	7	0.29	0.00	0.00	0.71	C	12	0.71
810	2	5	0	4	11	0.18	0.45	0.00	0.36	T	16	0.45
811	0	2	3	1	6	0.00	0.33	0.50	0.17	G	12	0.50
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816	3	6	2	1	12	0.25	0.50	0.17	0.08	T	19	0.50
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818	2	0	1	0	3	0.67	0.00	0.33	0.00	A	7	0.67
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820	0	2	0	6	8	0.00	0.25	0.00	0.75	C	29	0.75
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823	3	4	1	0	8	0.38	0.50	0.12	0.00	T	12	0.50
824	3	0	4	0	7	0.43	0.00	0.57	0.00	G	13	0.57
825	0	0	0	6	6	0.00	0.00	0.00	1.00	C	18	1.00
826	2	1	2	0	5	0.40	0.20	0.40	0.00	A	9	0.40
827	2	0	4	2	8	0.25	0.00	0.50	0.25	G	9	0.50
828	3	0	3	2	8	0.38	0.00	0.38	0.25	A	6	0.38
829	1	4	0	1	6	0.17	0.67	0.00	0.17	T	12	0.67
830	1	5	4	1	11	0.09	0.45	0.36	0.09	T	14	0.45
831	2	5	0	4	11	0.18	0.45	0.00	0.36	T	24	0.45
832	4	2	2	4	12	0.33	0.17	0.17	0.33	N	17	0.33
833	4	3	4	0	11	0.36	0.27	0.36	0.00	A	11	0.36
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837	1	4	3	0	8	0.12	0.50	0.38	0.00	T	13	0.50
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856	1	5	1	4	11	0.09	0.45	0.09	0.36	T	16	0.45
857	0	0	3	5	8	0.00	0.00	0.38	0.62	C	16	0.62
858	0	0	2	0	2	0.00	0.00	1.00	0.00	G	6	1.00
859	1	1	0	5	7	0.14	0.14	0.00	0.71	C	11	0.71
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861	0	0	2	0	2	0.00	0.00	1.00	0.00	G	10	1.00
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880	4	1	2	1	8	0.50	0.12	0.25	0.12	N	5	0.50
881	1	0	2	1	4	0.25	0.00	0.50	0.25	G	5	0.50
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883	0	3	0	3	6	0.00	0.50	0.00	0.50	C	6	0.50
884	2	1	2	2	7	0.29	0.14	0.29	0.29	N	6	0.29
885	1	0	0	0	1	1.00	0.00	0.00	0.00	A	8	1.00
886	1	0	3	0	4	0.25	0.00	0.75	0.00	G	8	0.75
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897	1	2	3	0	6	0.17	0.33	0.50	0.00	G	7	0.50
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899	0	0	0	1	1	0.00	0.00	0.00	1.00	C	10	1.00
900	3	4	1	0	8	0.38	0.50	0.12	0.00	T	13	0.50
901	0	3	0	3	6	0.00	0.50	0.00	0.50	C	6	0.50
902	1	2	3	7	13	0.08	0.15	0.23	0.54	C	22	0.54
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904	4	0	3	1	8	0.50	0.00	0.38	0.12	A	9	0.50
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930	1	2	3	2	8	0.12	0.25	0.38	0.25	N	6	0.38
931	1	2	1	4	8	0.12	0.25	0.12	0.50	N	8	0.50
932	1	2	0	2	5	0.20	0.40	0.00	0.40	C	7	0.40
933	3	2	0	0	5	0.60	0.40	0.00	0.00	A	14	0.60
934	5	0	0	0	5	1.00	0.00	0.00	0.00	A	8	1.00
935	6	1	0	0	7	0.86	0.14	0.00	0.00	A	26	0.86
936	5	1	2	1	9	0.56	0.11	0.22	0.11	A	18	0.56
937	2	1	2	2	7	0.29	0.14	0.29	0.29	N	5	0.29
938	0	1	0	3	4	0.00	0.25	0.00	0.75	C	8	0.75
939	1	1	1	2	5	0.20	0.20	0.20	0.40	N	6	0.40
940	2	1	0	3	6	0.33	0.17	0.00	0.50	C	8	0.50
941	1	0	3	4	8	0.12	0.00	0.38	0.50	C	5	0.50
942	0	2	2	7	11	0.00	0.18	0.18	0.64	C	24	0.64
943	0	3	0	0	3	0.00	1.00	0.00	0.00	T	12	1.00
944	0	3	0	6	9	0.00	0.33	0.00	0.67	C	25	0.67
945	0	3	0	0	3	0.00	1.00	0.00	0.00	T	6	1.00
946	3	3	3	0	9	0.33	0.33	0.33	0.00	A	6	0.33
947	2	0	5	1	8	0.25	0.00	0.62	0.12	G	6	0.62
948	0	0	5	1	6	0.00	0.00	0.83	0.17	G	11	0.83
949	0	1	4	0	5	0.00	0.20	0.80	0.00	G	7	0.80
950	2	1	3	1	7	0.29	0.14	0.43	0.14	N	9	0.43
951	0	1	3	2	6	0.00	0.17	0.50	0.33	G	6	0.50
952	2	5	3	2	12	0.17	0.42	0.25	0.17	N	17	0.42
953	0	0	3	0	3	0.00	0.00	1.00	0.00	G	7	1.00
954	1	0	0	0	1	1.00	0.00	0.00	0.00	A	7	1.00
955	3	0	2	0	5	0.60	0.00	0.40	0.00	A	6	0.60
956	0	3	2	0	5	0.00	0.60	0.40	0.00	T	9	0.60
957	5	0	1	0	6	0.83	0.00	0.17	0.00	A	13	0.83
958	3	1	2	3	9	0.33	0.11	0.22	0.33	N	6	0.33
959	3	2	1	2	8	0.38	0.25	0.12	0.25	N	11	0.38
960	3	0	2	1	6	0.50	0.00	0.33	0.17	A	8	0.50
961	2	0	1	1	4	0.50	0.00	0.25	0.25	A	11	0.50
962	4	2	3	1	10	0.40	0.20	0.30	0.10	N	20	0.40
963	2	2	2	1	7	0.29	0.29	0.29	0.14	N	6	0.29
964	2	2	2	0	6	0.33	0.33	0.33	0.00	A	6	0.33
965	2	0	2	0	4	0.50	0.00	0.50	0.00	A	13	0.50
966	2	0	4	0	6	0.33	0.00	0.67	0.00	G	8	0.67
967	2	0	2	2	6	0.33	0.00	0.33	0.33	A	9	0.33
968	2	2	1	2	7	0.29	0.29	0.14	0.29	N	6	0.29
969	3	2	1	4	10	0.30	0.20	0.10	0.40	N	5	0.40
970	1	2	3	3	9	0.11	0.22	0.33	0.33	N	11	0.33
971	2	0	3	1	6	0.33	0.00	0.50	0.17	G	6	0.50
972	1	1	4	1	7	0.14	0.14	0.57	0.14	N	10	0.57
973	1	0	3	1	5	0.20	0.00	0.60	0.20	G	6	0.60
974	2	1	3	0	6	0.33	0.17	0.50	0.00	G	10	0.50
975	2	1	1	2	6	0.33	0.17	0.17	0.33	N	6	0.33
976	2	0	2	3	7	0.29	0.00	0.29	0.43	C	13	0.43
977	2	2	2	2	8	0.25	0.25	0.25	0.25	N	8	0.25
978	2	2	3	1	8	0.25	0.25	0.38	0.12	N	6	0.38
979	2	0	3	0	5	0.40	0.00	0.60	0.00	G	13	0.60
980	0	0	3	1	4	0.00	0.00	0.75	0.25	G	14	0.75
981	2	0	1	1	4	0.50	0.00	0.25	0.25	A	18	0.50
982	4	0	1	2	7	0.57	0.00	0.14	0.29	A	23	0.57
983	4	1	1	0	6	0.67	0.17	0.17	0.00	A	21	0.67
984	4	1	2	0	7	0.57	0.14	0.29	0.00	A	22	0.57
985	0	1	2	1	4	0.00	0.25	0.50	0.25	G	6	0.50
986	0	0	2	1	3	0.00	0.00	0.67	0.33	G	10	0.67
987	2	0	3	0	5	0.40	0.00	0.60	0.00	G	10	0.60
988	0	0	3	2	5	0.00	0.00	0.60	0.40	G	9	0.60
989	3	0	1	3	7	0.43	0.00	0.14	0.43	A	16	0.43
990	0	0	0	3	3	0.00	0.00	0.00	1.00	C	6	1.00
991	2	0	0	3	5	0.40	0.00	0.00	0.60	C	6	0.60
992	1	4	2	0	7	0.14	0.57	0.29	0.00	T	7	0.57
993	1	0	4	0	5	0.20	0.00	0.80	0.00	G	5	0.80
994	1	0	4	0	5	0.20	0.00	0.80	0.00	G	4	0.80
995	1	0	3	4	8	0.12	0.00	0.38	0.50	C	5	0.50
996	1	0	1	5	7	0.14	0.00	0.14	0.71	C	21	0.71
997	0	2	1	7	10	0.00	0.20	0.10	0.70	C	26	0.70
998	0	3	0	4	7	0.00	0.43	0.00	0.57	C	6	0.57
999	1	4	1	3	9	0.11	0.44	0.11	0.33	N	13	0.44
1000	2	0	1	4	7	0.29	0.00	0.14	0.57	C	31	0.57
1001	1	0	1	1	3	0.33	0.00	0.33	0.33	A	8	0.33
1002	2	2	1	2	7	0.29	0.29	0.14	0.29	N	9	0.29
1003	0	3	1	2	6	0.00	0.50	0.17	0.33	T	9	0.50
1004	2	3	2	1	8	0.25	0.38	0.25	0.12	N	9	0.38
1005	0	3	2	0	5	0.00	0.60	0.40	0.00	T	6	0.60
1006	0	0	2	0	2	0.00	0.00	1.00	0.00	G	13	1.00
1007	1	2	2	3	8	0.12	0.25	0.25	0.38	N	13	0.38
1008	1	2	2	2	7	0.14	0.29	0.29	0.29	N	6	0.29
1009	0	0	4	2	6	0.00	0.00	0.67	0.33	G	9	0.67
1010	3	0	1	2	6	0.50	0.00	0.17	0.33	A	6	0.50
1011	0	4	1	2	7	0.00	0.57	0.14	0.29	T	6	0.57
1012	0	4	0	0	4	0.00	1.00	0.00	0.00	T	6	1.00
1013	0	4	1	3	8	0.00	0.50	0.12	0.38	T	7	0.50
1014	2	2	2	1	7	0.29	0.29	0.29	0.14	N	7	0.29
1015	0	2	2	2	6	0.00	0.33	0.33	0.33	C	5	0.33
1016	4	1	3	1	9	0.44	0.11	0.33	0.11	N	4	0.44
1017	2	0	3	1	6	0.33	0.00	0.50	0.17	G	5	0.50
1018	2	1	0	2	5	0.40	0.20	0.00	0.40	A	7	0.40
1019	2	2	5	3	12	0.17	0.17	0.42	0.25	N	6	0.42
1020	3	3	3	3	12	0.25	0.25	0.25	0.25	N	6	0.25
1021	1	3	0	1	5	0.20	0.60	0.00	0.20	T	6	0.60
1022	3	2	1	1	7	0.43	0.29	0.14	0.14	N	7	0.43
1023	4	0	1	0	5	0.80	0.00	0.20	0.00	A	15	0.80
1024	3	0	0	2	5	0.60	0.00	0.00	0.40	A	9	0.60
1025	3	0	1	1	5	0.60	0.00	0.20	0.20	A	31	0.60
1026	2	0	0	2	4	0.50	0.00	0.00	0.50	A	12	0.50
1027	2	1	0	1	4	0.50	0.25	0.00	0.25	A	8	0.50
1028	3	1	0	1	5	0.60	0.20	0.00	0.20	A	26	0.60
1029	3	1	0	1	5	0.60	0.20	0.00	0.20	A	11	0.60
1030	0	2	1	1	4	0.00	0.50	0.25	0.25	T	14	0.50
1031	2	0	1	1	4	0.50	0.00	0.25	0.25	A	14	0.50
1032	2	0	0	2	4	0.50	0.00	0.00	0.50	A	8	0.50
1033	2	3	0	2	7	0.29	0.43	0.00	0.29	T	19	0.43
1034	1	3	1	3	8	0.12	0.38	0.12	0.38	N	6	0.38
1035	3	0	0	2	5	0.60	0.00	0.00	0.40	A	11	0.60
1036	0	4	1	0	5	0.00	0.80	0.20	0.00	T	16	0.80
1037	1	0	1	0	2	0.50	0.00	0.50	0.00	A	10	0.50
1038	3	3	1	0	7	0.43	0.43	0.14	0.00	A	8	0.43
1039	0	0	0	1	1	0.00	0.00	0.00	1.00	C	20	1.00
1040	1	1	2	2	6	0.17	0.17	0.33	0.33	N	9	0.33
1041	0	1	2	2	5	0.00	0.20	0.40	0.40	C	12	0.40
1042	1	0	1	2	4	0.25	0.00	0.25	0.50	C	10	0.50
1043	0	0	1	3	4	0.00	0.00	0.25	0.75	C	14	0.75
1044	2	0	0	3	5	0.40	0.00	0.00	0.60	C	11	0.60
1045	2	0	2	2	6	0.33	0.00	0.33	0.33	A	12	0.33
1046	3	0	2	0	5	0.60	0.00	0.40	0.00	A	9	0.60
1047	0	0	2	1	3	0.00	0.00	0.67	0.33	G	10	0.67
1048	0	0	2	0	2	0.00	0.00	1.00	0.00	G	7	1.00
1049	1	3	0	0	4	0.25	0.75	0.00	0.00	T	8	0.75
1050	2	3	2	0	7	0.29	0.43	0.29	0.00	T	9	0.43
1051	2	0	1	0	3	0.67	0.00	0.33	0.00	A	9	0.67
1052	2	0	1	0	3	0.67	0.00	0.33	0.00	A	9	0.67
1053	2	0	1	0	3	0.67	0.00	0.33	0.00	A	5	0.67
1054	2	1	1	0	4	0.50	0.25	0.25	0.00	A	5	0.50
1055	1	1	2	2	6	0.17	0.17	0.33	0.33	N	9	0.33
1056	1	1	0	0	2	0.50	0.50	0.00	0.00	A	5	0.50
1057	1	0	1	0	2	0.50	0.00	0.50	0.00	A	6	0.50
1058	0	1	1	3	5	0.00	0.20	0.20	0.60	C	6	0.60
1059	2	1	0	3	6	0.33	0.17	0.00	0.50	C	5	0.50
1060	1	3	0	2	6	0.17	0.50	0.00	0.33	T	9	0.50
1061	1	1	0	3	5	0.20	0.20	0.00	0.60	C	17	0.60
1062	1	1	0	1	3	0.33	0.33	0.00	0.33	A	11	0.33
1063	0	2	1	2	5	0.00	0.40	0.20	0.40	C	6	0.40
1064	1	0	0	3	4	0.25	0.00	0.00	0.75	C	5	0.75
1065	0	0	0	3	3	0.00	0.00	0.00	1.00	C	14	1.00
1066	0	2	2	2	6	0.00	0.33	0.33	0.33	C	6	0.33
1067	1	3	0	3	7	0.14	0.43	0.00	0.43	C	5	0.43

Quality report

Trimming thresholds :

• Trimming Method : M1
  
• Minimum base error probability : 0.001 %
  
• Minimum Phred quality score : 30

Raw sequence information	Values
Raw sequence length :	1067 bp
Mean of raw sequence Phred quality scores :	14.96

Quality report - Trimmed sequence information	Values
Trimmed sequence length :	46 bp
Trimmed sequence start position :	24
Trimmed sequence end position :	70
Mean of trimmed sequence Phred quality scores :	27.67

Mixed base peak report

Trimming thresholds :

• Minimum primary peak ratio for a position to be considered non-mixed : 0.75
  
• Minimum of non-mixed positions percentage in the trimmed sequence to be considered non-mixed : 75 %
  
• Minimum number of consecutive non-mixed positions at extremities to get a non-mixed positions percentage above threshold for the trimmed sequence (computed) : 3 bp

Raw sequence information	Values
Raw sequence length :	1067 bp
Mean of raw sequence primary peak ratios :	0.6
Percentage of non-mixed positions on raw sequence :	22.96 %

Mixed peak report - Trimmed sequence information	Values
Trimmed sequence length :	798 bp
Trimmed sequence start position :	3
Trimmed sequence end position :	800
Mean of trimmed sequence primary peak ratios :	0.62
Percentage of non-mixed positions on trimmed sequence :	24.56 %

Trimming plot

Final trimmed sequence

Sequence

Warning: Trimmed sequence from the sequencing result #1 was found with insufficient length or insufficient quality and will not be used.

Final trimmed sequence information	Values
Length :	47 bp
Start position :	24
End position :	70
Mean of Phred quality scores :	27.96
Mean of primary peak ratio :	0.86
Percentage of non-mixed positions :	78.72 %

Chromatogram

Table

Sequencing result #2

Raw sequence

Sequence

Sequence of primary peaks:

Length: 225 bp

## CAATAAATTCCATACCCTCTAACCTATAATTACTAAACCCTTTAGTGAGGGTTAATTACCCCCCCCATACCACTAATTAACTAAAAATTCACCTACCAACCACAACCAATCAACAACACAAACCCCTCCCCAAAACAAAACTAACAACCCACCCACCCAACCTCACATAAACACAATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAACCCTTTAGTGAGGGTTAATTAAA

Chromatogram

Open chromatogram file in a new tab

Table

Position	A peak	T peak	G peak	C peak	Total	A ratio	T ratio	G ratio	C ratio	Primary base	Quality score	Primary ratio
1	0	0	0	1463	1463	0.00	0.00	0.00	1.00	C	6	1.00
2	1961	1219	0	0	3180	0.62	0.38	0.00	0.00	A	8	0.62
3	1567	1163	0	1001	3731	0.42	0.31	0.00	0.27	A	3	0.42
4	0	2272	0	1	2273	0.00	1.00	0.00	0.00	T	13	1.00
5	2387	1968	0	0	4355	0.55	0.45	0.00	0.00	A	11	0.55
6	2383	0	0	856	3239	0.74	0.00	0.00	0.26	A	11	0.74
7	1563	0	0	0	1563	1.00	0.00	0.00	0.00	A	17	1.00
8	1	2101	0	0	2102	0.00	1.00	0.00	0.00	T	43	1.00
9	1	2861	0	0	2862	0.00	1.00	0.00	0.00	T	44	1.00
10	0	0	0	1518	1518	0.00	0.00	0.00	1.00	C	44	1.00
11	0	2	0	1639	1641	0.00	0.00	0.00	1.00	C	36	1.00
12	1316	0	0	0	1316	1.00	0.00	0.00	0.00	A	28	1.00
13	0	1178	0	226	1404	0.00	0.84	0.00	0.16	T	29	0.84
14	1381	0	15	0	1396	0.99	0.00	0.01	0.00	A	26	0.99
15	0	0	0	1258	1258	0.00	0.00	0.00	1.00	C	26	1.00
16	0	2	0	943	945	0.00	0.00	0.00	1.00	C	46	1.00
17	0	2	0	1309	1311	0.00	0.00	0.00	1.00	C	46	1.00
18	0	2168	0	0	2168	0.00	1.00	0.00	0.00	T	51	1.00
19	81	0	0	1484	1565	0.05	0.00	0.00	0.95	C	46	0.95
20	0	1280	9	0	1289	0.00	0.99	0.01	0.00	T	51	0.99
21	1553	0	0	0	1553	1.00	0.00	0.00	0.00	A	51	1.00
22	1075	2	336	0	1413	0.76	0.00	0.24	0.00	A	26	0.76
23	0	0	0	875	875	0.00	0.00	0.00	1.00	C	25	1.00
24	55	1	0	1153	1209	0.05	0.00	0.00	0.95	C	51	0.95
25	0	1170	0	0	1170	0.00	1.00	0.00	0.00	T	29	1.00
26	1433	0	0	0	1433	1.00	0.00	0.00	0.00	A	21	1.00
27	0	208	0	0	208	0.00	1.00	0.00	0.00	T	16	1.00
28	861	0	0	0	861	1.00	0.00	0.00	0.00	A	21	1.00
29	504	0	0	159	663	0.76	0.00	0.00	0.24	A	14	0.76
30	0	1698	0	0	1698	0.00	1.00	0.00	0.00	T	26	1.00
31	3	2690	0	0	2693	0.00	1.00	0.00	0.00	T	51	1.00
32	1717	2	0	1	1720	1.00	0.00	0.00	0.00	A	50	1.00
33	0	0	0	965	965	0.00	0.00	0.00	1.00	C	50	1.00
34	2	1309	0	319	1630	0.00	0.80	0.00	0.20	T	29	0.80
35	1192	631	0	0	1823	0.65	0.35	0.00	0.00	A	25	0.65
36	951	0	0	0	951	1.00	0.00	0.00	0.00	A	31	1.00
37	521	0	0	0	521	1.00	0.00	0.00	0.00	A	16	1.00
38	0	0	0	1146	1146	0.00	0.00	0.00	1.00	C	31	1.00
39	11	0	0	674	685	0.02	0.00	0.00	0.98	C	49	0.98
40	0	2	0	1584	1586	0.00	0.00	0.00	1.00	C	51	1.00
41	0	1607	0	520	2127	0.00	0.76	0.00	0.24	T	32	0.76
42	16	2225	0	0	2241	0.01	0.99	0.00	0.00	T	46	0.99
43	161	1587	0	0	1748	0.09	0.91	0.00	0.00	T	26	0.91
44	1318	0	0	0	1318	1.00	0.00	0.00	0.00	A	29	1.00
45	0	266	1173	0	1439	0.00	0.18	0.82	0.00	G	41	0.82
46	76	1058	0	0	1134	0.07	0.93	0.00	0.00	T	45	0.93
47	94	2	1035	0	1131	0.08	0.00	0.92	0.00	G	31	0.92
48	875	0	0	242	1117	0.78	0.00	0.00	0.22	A	25	0.78
49	2	0	1214	320	1536	0.00	0.00	0.79	0.21	G	27	0.79
50	0	0	1762	350	2112	0.00	0.00	0.83	0.17	G	46	0.83
51	0	6	1152	276	1434	0.00	0.00	0.80	0.19	G	48	0.80
52	0	1375	12	0	1387	0.00	0.99	0.01	0.00	T	45	0.99
53	0	1229	12	0	1241	0.00	0.99	0.01	0.00	T	36	0.99
54	1634	0	0	0	1634	1.00	0.00	0.00	0.00	A	28	1.00
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117	121	0	46	416	583	0.21	0.00	0.08	0.71	C	20	0.71
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119	15	105	22	366	508	0.03	0.21	0.04	0.72	C	20	0.72
120	295	0	0	224	519	0.57	0.00	0.00	0.43	A	16	0.57
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155	235	0	31	175	441	0.53	0.00	0.07	0.40	A	25	0.53
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178	601	0	60	0	661	0.91	0.00	0.09	0.00	A	41	0.91
179	300	22	0	111	433	0.69	0.05	0.00	0.26	A	32	0.69
180	0	0	0	697	697	0.00	0.00	0.00	1.00	C	51	1.00
181	0	0	14	701	715	0.00	0.00	0.02	0.98	C	58	0.98
182	0	9	0	808	817	0.00	0.01	0.00	0.99	C	58	0.99
183	0	991	0	100	1091	0.00	0.91	0.00	0.09	T	58	0.91
184	0	282	53	696	1031	0.00	0.27	0.05	0.68	C	32	0.68
185	9	597	116	18	740	0.01	0.81	0.16	0.02	T	32	0.81
186	582	0	7	0	589	0.99	0.00	0.01	0.00	A	34	0.99
187	425	12	0	0	437	0.97	0.03	0.00	0.00	A	58	0.97
188	0	0	6	497	503	0.00	0.00	0.01	0.99	C	51	0.99
189	0	0	0	835	835	0.00	0.00	0.00	1.00	C	51	1.00
190	2	588	1	45	636	0.00	0.92	0.00	0.07	T	51	0.92
191	551	47	0	83	681	0.81	0.07	0.00	0.12	A	58	0.81
192	327	0	37	0	364	0.90	0.00	0.10	0.00	A	58	0.90
193	423	0	30	0	453	0.93	0.00	0.07	0.00	A	58	0.93
194	507	171	0	4	682	0.74	0.25	0.00	0.01	A	34	0.74
195	0	828	0	0	828	0.00	1.00	0.00	0.00	T	58	1.00
196	55	1040	14	0	1109	0.05	0.94	0.01	0.00	T	58	0.94
197	637	319	0	0	956	0.67	0.33	0.00	0.00	A	34	0.67
198	9	25	0	592	626	0.01	0.04	0.00	0.95	C	34	0.95
199	16	654	0	38	708	0.02	0.92	0.00	0.05	T	58	0.92
200	535	0	3	39	577	0.93	0.00	0.01	0.07	A	58	0.93
201	497	22	0	0	519	0.96	0.04	0.00	0.00	A	58	0.96
202	293	23	0	31	347	0.84	0.07	0.00	0.09	A	58	0.84
203	0	6	0	600	606	0.00	0.01	0.00	0.99	C	58	0.99
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206	0	1023	0	55	1078	0.00	0.95	0.00	0.05	T	58	0.95
207	0	1397	0	17	1414	0.00	0.99	0.00	0.01	T	51	0.99
208	296	1007	0	0	1303	0.23	0.77	0.00	0.00	T	30	0.77
209	455	225	17	27	724	0.63	0.31	0.02	0.04	A	24	0.63
210	432	17	481	0	930	0.46	0.02	0.52	0.00	G	19	0.52
211	21	496	208	0	725	0.03	0.68	0.29	0.00	T	23	0.68
212	40	0	528	0	568	0.07	0.00	0.93	0.00	G	25	0.93
213	470	0	358	0	828	0.57	0.00	0.43	0.00	A	17	0.57
214	4	0	621	0	625	0.01	0.00	0.99	0.00	G	30	0.99
215	0	0	894	0	894	0.00	0.00	1.00	0.00	G	51	1.00
216	0	3	509	23	535	0.00	0.01	0.95	0.04	G	32	0.95
217	0	663	22	14	699	0.00	0.95	0.03	0.02	T	49	0.95
218	122	591	0	13	726	0.17	0.81	0.00	0.02	T	30	0.81
219	436	176	6	0	618	0.71	0.28	0.01	0.00	A	29	0.71
220	580	336	0	0	916	0.63	0.37	0.00	0.00	A	16	0.63
221	47	1272	0	0	1319	0.04	0.96	0.00	0.00	T	29	0.96
222	774	2650	0	0	3424	0.23	0.77	0.00	0.00	T	30	0.77
223	2348	170	0	0	2518	0.93	0.07	0.00	0.00	A	29	0.93
224	464	12	0	0	476	0.97	0.03	0.00	0.00	A	34	0.97
225	169	0	30	1	200	0.84	0.00	0.15	0.00	A	32	0.84

Quality report

Trimming thresholds :

• Trimming Method : M1
  
• Minimum base error probability : 0.001 %
  
• Minimum Phred quality score : 30

Raw sequence information	Values
Raw sequence length :	225 bp
Mean of raw sequence Phred quality scores :	38.61

Quality report - Trimmed sequence information	Values
Trimmed sequence length :	199 bp
Trimmed sequence start position :	8
Trimmed sequence end position :	207
Mean of trimmed sequence Phred quality scores :	40.43

Mixed base peak report

Trimming thresholds :

• Minimum primary peak ratio for a position to be considered non-mixed : 0.75
  
• Minimum of non-mixed positions percentage in the trimmed sequence to be considered non-mixed : 75 %
  
• Minimum number of consecutive non-mixed positions at extremities to get a non-mixed positions percentage above threshold for the trimmed sequence (computed) : 3 bp

Raw sequence information	Values
Raw sequence length :	225 bp
Mean of raw sequence primary peak ratios :	0.88
Percentage of non-mixed positions on raw sequence :	79.56 %

Mixed peak report - Trimmed sequence information	Values
Trimmed sequence length :	219 bp
Trimmed sequence start position :	7
Trimmed sequence end position :	225
Mean of trimmed sequence primary peak ratios :	0.89
Percentage of non-mixed positions on trimmed sequence :	80.82 %

Trimming plot

Final trimmed sequence

Sequence

Final trimmed sequence information	Values
Length :	200 bp
Start position :	8
End position :	207
Mean of Phred quality scores :	40.44
Mean of primary peak ratio :	0.89
Percentage of non-mixed positions :	82 %

Sequence of primary peaks:

## TTCCATACCCTCTAACCTATAATTACTAAACCCTTTAGTGAGGGTTAATTACCCCCCCCATACCACTAATTAACTAAAAATTCACCTACCAACCACAACCAATCAACAACACAAACCCCTCCCCAAAACAAAACTAACAACCCACCCACCCAACCTCACATAAACACAATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAACCCTT

Chromatogram

Open chromatogram file in a new tab

Table

Position	A peak	T peak	G peak	C peak	Total	A ratio	T ratio	G ratio	C ratio	Primary base	Quality score	Primary ratio
8	1	2101	0	0	2102	0.00	1.00	0.00	0.00	T	43	1.00
9	1	2861	0	0	2862	0.00	1.00	0.00	0.00	T	44	1.00
10	0	0	0	1518	1518	0.00	0.00	0.00	1.00	C	44	1.00
11	0	2	0	1639	1641	0.00	0.00	0.00	1.00	C	36	1.00
12	1316	0	0	0	1316	1.00	0.00	0.00	0.00	A	28	1.00
13	0	1178	0	226	1404	0.00	0.84	0.00	0.16	T	29	0.84
14	1381	0	15	0	1396	0.99	0.00	0.01	0.00	A	26	0.99
15	0	0	0	1258	1258	0.00	0.00	0.00	1.00	C	26	1.00
16	0	2	0	943	945	0.00	0.00	0.00	1.00	C	46	1.00
17	0	2	0	1309	1311	0.00	0.00	0.00	1.00	C	46	1.00
18	0	2168	0	0	2168	0.00	1.00	0.00	0.00	T	51	1.00
19	81	0	0	1484	1565	0.05	0.00	0.00	0.95	C	46	0.95
20	0	1280	9	0	1289	0.00	0.99	0.01	0.00	T	51	0.99
21	1553	0	0	0	1553	1.00	0.00	0.00	0.00	A	51	1.00
22	1075	2	336	0	1413	0.76	0.00	0.24	0.00	A	26	0.76
23	0	0	0	875	875	0.00	0.00	0.00	1.00	C	25	1.00
24	55	1	0	1153	1209	0.05	0.00	0.00	0.95	C	51	0.95
25	0	1170	0	0	1170	0.00	1.00	0.00	0.00	T	29	1.00
26	1433	0	0	0	1433	1.00	0.00	0.00	0.00	A	21	1.00
27	0	208	0	0	208	0.00	1.00	0.00	0.00	T	16	1.00
28	861	0	0	0	861	1.00	0.00	0.00	0.00	A	21	1.00
29	504	0	0	159	663	0.76	0.00	0.00	0.24	A	14	0.76
30	0	1698	0	0	1698	0.00	1.00	0.00	0.00	T	26	1.00
31	3	2690	0	0	2693	0.00	1.00	0.00	0.00	T	51	1.00
32	1717	2	0	1	1720	1.00	0.00	0.00	0.00	A	50	1.00
33	0	0	0	965	965	0.00	0.00	0.00	1.00	C	50	1.00
34	2	1309	0	319	1630	0.00	0.80	0.00	0.20	T	29	0.80
35	1192	631	0	0	1823	0.65	0.35	0.00	0.00	A	25	0.65
36	951	0	0	0	951	1.00	0.00	0.00	0.00	A	31	1.00
37	521	0	0	0	521	1.00	0.00	0.00	0.00	A	16	1.00
38	0	0	0	1146	1146	0.00	0.00	0.00	1.00	C	31	1.00
39	11	0	0	674	685	0.02	0.00	0.00	0.98	C	49	0.98
40	0	2	0	1584	1586	0.00	0.00	0.00	1.00	C	51	1.00
41	0	1607	0	520	2127	0.00	0.76	0.00	0.24	T	32	0.76
42	16	2225	0	0	2241	0.01	0.99	0.00	0.00	T	46	0.99
43	161	1587	0	0	1748	0.09	0.91	0.00	0.00	T	26	0.91
44	1318	0	0	0	1318	1.00	0.00	0.00	0.00	A	29	1.00
45	0	266	1173	0	1439	0.00	0.18	0.82	0.00	G	41	0.82
46	76	1058	0	0	1134	0.07	0.93	0.00	0.00	T	45	0.93
47	94	2	1035	0	1131	0.08	0.00	0.92	0.00	G	31	0.92
48	875	0	0	242	1117	0.78	0.00	0.00	0.22	A	25	0.78
49	2	0	1214	320	1536	0.00	0.00	0.79	0.21	G	27	0.79
50	0	0	1762	350	2112	0.00	0.00	0.83	0.17	G	46	0.83
51	0	6	1152	276	1434	0.00	0.00	0.80	0.19	G	48	0.80
52	0	1375	12	0	1387	0.00	0.99	0.01	0.00	T	45	0.99
53	0	1229	12	0	1241	0.00	0.99	0.01	0.00	T	36	0.99
54	1634	0	0	0	1634	1.00	0.00	0.00	0.00	A	28	1.00
55	1305	0	0	0	1305	1.00	0.00	0.00	0.00	A	28	1.00
56	0	1811	0	0	1811	0.00	1.00	0.00	0.00	T	23	1.00
57	0	4829	0	326	5155	0.00	0.94	0.00	0.06	T	30	0.94
58	6007	13	0	232	6252	0.96	0.00	0.00	0.04	A	25	0.96
59	0	0	0	480	480	0.00	0.00	0.00	1.00	C	14	1.00
60	488	0	0	578	1066	0.46	0.00	0.00	0.54	C	6	0.54
61	0	0	0	577	577	0.00	0.00	0.00	1.00	C	50	1.00
62	0	0	0	683	683	0.00	0.00	0.00	1.00	C	51	1.00
63	0	0	0	633	633	0.00	0.00	0.00	1.00	C	54	1.00
64	0	0	0	690	690	0.00	0.00	0.00	1.00	C	55	1.00
65	0	0	0	673	673	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
66	2	0	0	546	548	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
67	205	0	62	0	267	0.77	0.00	0.23	0.00	A	58	0.77
68	2	588	0	0	590	0.00	1.00	0.00	0.00	T	58	1.00
69	480	158	0	0	638	0.75	0.25	0.00	0.00	A	34	0.75
70	0	0	0	725	725	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
71	0	0	0	768	768	0.00	0.00	0.00	1.00	C	41	1.00
72	199	0	0	165	364	0.55	0.00	0.00	0.45	A	36	0.55
73	0	92	0	490	582	0.00	0.16	0.00	0.84	C	36	0.84
74	0	717	0	87	804	0.00	0.89	0.00	0.11	T	58	0.89
75	561	235	0	0	796	0.70	0.30	0.00	0.00	A	31	0.70
76	422	0	0	1	423	1.00	0.00	0.00	0.00	A	29	1.00
77	0	431	0	13	444	0.00	0.97	0.00	0.03	T	58	0.97
78	0	1107	0	0	1107	0.00	1.00	0.00	0.00	T	58	1.00
79	527	0	0	0	527	1.00	0.00	0.00	0.00	A	36	1.00
80	341	2	4	1	348	0.98	0.01	0.01	0.00	A	28	0.98
81	0	224	0	356	580	0.00	0.39	0.00	0.61	C	16	0.61
82	2	719	0	0	721	0.00	1.00	0.00	0.00	T	29	1.00
83	502	0	0	0	502	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
84	469	3	0	0	472	0.99	0.01	0.00	0.00	A	58	0.99
85	449	0	6	0	455	0.99	0.00	0.01	0.00	A	58	0.99
86	394	0	51	0	445	0.89	0.00	0.11	0.00	A	58	0.89
87	549	0	0	0	549	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
88	9	699	0	0	708	0.01	0.99	0.00	0.00	T	51	0.99
89	0	731	0	2	733	0.00	1.00	0.00	0.00	T	51	1.00
90	0	189	0	550	739	0.00	0.26	0.00	0.74	C	28	0.74
91	189	0	16	186	391	0.48	0.00	0.04	0.48	A	25	0.48
92	3	0	0	558	561	0.01	0.00	0.00	0.99	C	28	0.99
93	0	197	0	639	836	0.00	0.24	0.00	0.76	C	34	0.76
94	0	410	3	0	413	0.00	0.99	0.01	0.00	T	58	0.99
95	587	0	0	0	587	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
96	31	0	0	535	566	0.05	0.00	0.00	0.95	C	41	0.95
97	13	0	0	544	557	0.02	0.00	0.00	0.98	C	46	0.98
98	321	0	0	0	321	1.00	0.00	0.00	0.00	A	46	1.00
99	240	2	28	0	270	0.89	0.01	0.10	0.00	A	51	0.89
100	0	0	0	526	526	0.00	0.00	0.00	1.00	C	51	1.00
101	0	3	15	332	350	0.00	0.01	0.04	0.95	C	51	0.95
102	314	0	0	0	314	1.00	0.00	0.00	0.00	A	50	1.00
103	0	0	42	383	425	0.00	0.00	0.10	0.90	C	41	0.90
104	309	0	0	163	472	0.65	0.00	0.00	0.35	A	16	0.65
105	340	10	0	6	356	0.96	0.03	0.00	0.02	A	29	0.96
106	0	2	31	400	433	0.00	0.00	0.07	0.92	C	48	0.92
107	28	0	0	685	713	0.04	0.00	0.00	0.96	C	47	0.96
108	376	0	0	0	376	1.00	0.00	0.00	0.00	A	21	1.00
109	258	178	8	0	444	0.58	0.40	0.02	0.00	A	17	0.58
110	177	591	0	2	770	0.23	0.77	0.00	0.00	T	26	0.77
111	2	76	0	605	683	0.00	0.11	0.00	0.89	C	36	0.89
112	219	0	0	1	220	1.00	0.00	0.00	0.00	A	26	1.00
113	282	111	0	2	395	0.71	0.28	0.00	0.01	A	16	0.71
114	52	0	0	480	532	0.10	0.00	0.00	0.90	C	26	0.90
115	219	28	5	0	252	0.87	0.11	0.02	0.00	A	39	0.87
116	437	0	114	0	551	0.79	0.00	0.21	0.00	A	28	0.79
117	121	0	46	416	583	0.21	0.00	0.08	0.71	C	20	0.71
118	277	0	0	218	495	0.56	0.00	0.00	0.44	A	11	0.56
119	15	105	22	366	508	0.03	0.21	0.04	0.72	C	20	0.72
120	295	0	0	224	519	0.57	0.00	0.00	0.43	A	16	0.57
121	254	17	89	0	360	0.71	0.05	0.25	0.00	A	16	0.71
122	456	17	4	94	571	0.80	0.03	0.01	0.16	A	31	0.80
123	6	40	0	404	450	0.01	0.09	0.00	0.90	C	50	0.90
124	0	0	0	815	815	0.00	0.00	0.00	1.00	C	50	1.00
125	0	0	0	832	832	0.00	0.00	0.00	1.00	C	51	1.00
126	0	13	10	631	654	0.00	0.02	0.02	0.96	C	29	0.96
127	0	946	0	350	1296	0.00	0.73	0.00	0.27	T	29	0.73
128	0	294	0	839	1133	0.00	0.26	0.00	0.74	C	32	0.74
129	0	1	31	600	632	0.00	0.00	0.05	0.95	C	51	0.95
130	0	14	0	445	459	0.00	0.03	0.00	0.97	C	51	0.97
131	1	0	2	599	602	0.00	0.00	0.00	1.00	C	51	1.00
132	239	12	0	106	357	0.67	0.03	0.00	0.30	A	32	0.67
133	324	0	49	0	373	0.87	0.00	0.13	0.00	A	58	0.87
134	555	0	1	0	556	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
135	549	0	0	0	549	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
136	168	0	18	355	541	0.31	0.00	0.03	0.66	C	34	0.66
137	372	30	0	0	402	0.93	0.07	0.00	0.00	A	58	0.93
138	392	12	61	0	465	0.84	0.03	0.13	0.00	A	58	0.84
139	644	0	49	0	693	0.93	0.00	0.07	0.00	A	46	0.93
140	392	29	17	0	438	0.89	0.07	0.04	0.00	A	46	0.89
141	41	149	0	394	584	0.07	0.26	0.00	0.67	C	31	0.67
142	0	831	0	2	833	0.00	1.00	0.00	0.00	T	34	1.00
143	689	236	75	0	1000	0.69	0.24	0.07	0.00	A	34	0.69
144	597	0	100	3	700	0.85	0.00	0.14	0.00	A	34	0.85
145	171	11	0	419	601	0.28	0.02	0.00	0.70	C	34	0.70
146	426	0	15	3	444	0.96	0.00	0.03	0.01	A	58	0.96
147	386	0	15	0	401	0.96	0.00	0.04	0.00	A	58	0.96
148	2	0	0	645	647	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
149	0	0	0	876	876	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
150	0	0	0	637	637	0.00	0.00	0.00	1.00	C	41	1.00
151	281	22	0	263	566	0.50	0.04	0.00	0.46	A	25	0.50
152	0	0	0	615	615	0.00	0.00	0.00	1.00	C	41	1.00
153	0	17	0	626	643	0.00	0.03	0.00	0.97	C	58	0.97
154	0	0	0	846	846	0.00	0.00	0.00	1.00	C	51	1.00
155	235	0	31	175	441	0.53	0.00	0.07	0.40	A	25	0.53
156	0	0	29	602	631	0.00	0.00	0.05	0.95	C	51	0.95
157	0	0	0	788	788	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
158	0	0	12	502	514	0.00	0.00	0.02	0.98	C	51	0.98
159	282	0	4	51	337	0.84	0.00	0.01	0.15	A	58	0.84
160	319	0	25	42	386	0.83	0.00	0.06	0.11	A	52	0.83
161	36	0	0	643	679	0.05	0.00	0.00	0.95	C	52	0.95
162	0	3	0	810	813	0.00	0.00	0.00	1.00	C	46	1.00
163	0	722	0	346	1068	0.00	0.68	0.00	0.32	T	29	0.68
164	2	0	0	571	573	0.00	0.00	0.00	1.00	C	34	1.00
165	342	56	0	86	484	0.71	0.12	0.00	0.18	A	31	0.71
166	16	0	119	332	467	0.03	0.00	0.25	0.71	C	27	0.71
167	340	114	0	18	472	0.72	0.24	0.00	0.04	A	25	0.72
168	249	699	0	0	948	0.26	0.74	0.00	0.00	T	28	0.74
169	540	268	0	0	808	0.67	0.33	0.00	0.00	A	28	0.67
170	394	49	0	20	463	0.85	0.11	0.00	0.04	A	36	0.85
171	386	148	0	6	540	0.71	0.27	0.00	0.01	A	25	0.71
172	8	0	0	570	578	0.01	0.00	0.00	0.99	C	41	0.99
173	296	0	4	180	480	0.62	0.00	0.01	0.38	A	25	0.62
174	33	0	0	513	546	0.06	0.00	0.00	0.94	C	29	0.94
175	297	0	45	12	354	0.84	0.00	0.13	0.03	A	41	0.84
176	521	135	0	0	656	0.79	0.21	0.00	0.00	A	29	0.79
177	22	629	8	0	659	0.03	0.95	0.01	0.00	T	32	0.95
178	601	0	60	0	661	0.91	0.00	0.09	0.00	A	41	0.91
179	300	22	0	111	433	0.69	0.05	0.00	0.26	A	32	0.69
180	0	0	0	697	697	0.00	0.00	0.00	1.00	C	51	1.00
181	0	0	14	701	715	0.00	0.00	0.02	0.98	C	58	0.98
182	0	9	0	808	817	0.00	0.01	0.00	0.99	C	58	0.99
183	0	991	0	100	1091	0.00	0.91	0.00	0.09	T	58	0.91
184	0	282	53	696	1031	0.00	0.27	0.05	0.68	C	32	0.68
185	9	597	116	18	740	0.01	0.81	0.16	0.02	T	32	0.81
186	582	0	7	0	589	0.99	0.00	0.01	0.00	A	34	0.99
187	425	12	0	0	437	0.97	0.03	0.00	0.00	A	58	0.97
188	0	0	6	497	503	0.00	0.00	0.01	0.99	C	51	0.99
189	0	0	0	835	835	0.00	0.00	0.00	1.00	C	51	1.00
190	2	588	1	45	636	0.00	0.92	0.00	0.07	T	51	0.92
191	551	47	0	83	681	0.81	0.07	0.00	0.12	A	58	0.81
192	327	0	37	0	364	0.90	0.00	0.10	0.00	A	58	0.90
193	423	0	30	0	453	0.93	0.00	0.07	0.00	A	58	0.93
194	507	171	0	4	682	0.74	0.25	0.00	0.01	A	34	0.74
195	0	828	0	0	828	0.00	1.00	0.00	0.00	T	58	1.00
196	55	1040	14	0	1109	0.05	0.94	0.01	0.00	T	58	0.94
197	637	319	0	0	956	0.67	0.33	0.00	0.00	A	34	0.67
198	9	25	0	592	626	0.01	0.04	0.00	0.95	C	34	0.95
199	16	654	0	38	708	0.02	0.92	0.00	0.05	T	58	0.92
200	535	0	3	39	577	0.93	0.00	0.01	0.07	A	58	0.93
201	497	22	0	0	519	0.96	0.04	0.00	0.00	A	58	0.96
202	293	23	0	31	347	0.84	0.07	0.00	0.09	A	58	0.84
203	0	6	0	600	606	0.00	0.01	0.00	0.99	C	58	0.99
204	0	0	0	834	834	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
205	0	101	0	559	660	0.00	0.15	0.00	0.85	C	34	0.85
206	0	1023	0	55	1078	0.00	0.95	0.00	0.05	T	58	0.95
207	0	1397	0	17	1414	0.00	0.99	0.00	0.01	T	51	0.99

Alignments

Sequencing result #1

Sequencing result #1 is aligned on both sense and antisense bisulfite converted DNA sequences to determine the sequencing direction as forward or reverse.

Warning: Trimmed sequence from the sequencing result #1 was found with insufficient length or insufficient quality and will not be used.

Alignment as forward

Trimmed sequence of primary peaks from sequencing result #1 is aligned with bisulfite converted reference DNA sense sequence

Alignment as reverse

Trimmed sequence of primary peaks from sequencing result #1 is aligned with bisulfite converted reference DNA antisense sequence

Direction determination

Warning: Insufficient quality of trimmed sequence for direction determination.

Sequencing result #2

Sequencing result #2 is aligned on both sense and antisense bisulfite converted DNA sequences to determine the sequencing direction as forward or reverse.

Alignment as forward

Trimmed sequence of primary peaks from sequencing result #2 is aligned with bisulfite converted reference DNA sense sequence

## ########################################
## # Program: Biostrings (version 2.64.0), a Bioconductor package
## # Rundate: Wed May 18 12:53:16 2022
## ########################################
## #=======================================
## #
## # Aligned_sequences: 2
## # 1: P1
## # 2: S1
## # Matrix: NA
## # Gap_penalty: 14.0
## # Extend_penalty: 4.0
## #
## # Length: 8
## # Identity:       8/8 (100.0%)
## # Similarity:    NA/8 (NA%)
## # Gaps:           0/8 (0.0%)
## # Score: 15.85405
## #
## #
## #=======================================
## 
## P1                40 GAGGGTTA     47
##                      ||||||||
## S1                87 GAGGGTTA     94
## 
## 
## #---------------------------------------
## #---------------------------------------

Alignment as reverse

Trimmed sequence of primary peaks from sequencing result #2 is aligned with bisulfite converted reference DNA antisense sequence

## ########################################
## # Program: Biostrings (version 2.64.0), a Bioconductor package
## # Rundate: Wed May 18 12:53:16 2022
## ########################################
## #=======================================
## #
## # Aligned_sequences: 2
## # 1: P1
## # 2: S1
## # Matrix: NA
## # Gap_penalty: 14.0
## # Extend_penalty: 4.0
## #
## # Length: 142
## # Identity:     130/142 (91.5%)
## # Similarity:    NA/142 (NA%)
## # Gaps:           0/142 (0.0%)
## # Score: 186.8367
## #
## #
## #=======================================
## 
## P1                54 CCCCCCATACCACTAATTAA     73
##                      |||||| |||| ||||||||
## S1               132 CCCCCCGTACCGCTAATTAA    151
## 
## P1                74 CTAAAAATTCACCTACCAAC     93
##                      ||||||||||||||||| ||
## S1               152 CTAAAAATTCACCTACCGAC    171
## 
## P1                94 CACAACCAATCAACAACACA    113
##                      ||||||||||||||||| | 
## S1               172 CACAACCAATCAACAACGCG    191
## 
## P1               114 AACCCCTCCCCAAAACAAAA    133
##                      |||||||||||||||| |||
## S1               192 AACCCCTCCCCAAAACGAAA    211
## 
## P1               134 CTAACAACCCACCCACCCAA    153
##                      ||||| |||| ||||||| |
## S1               212 CTAACGACCCGCCCACCCGA    231
## 
## P1               154 CCTCACATAAACACAATAAC    173
##                      |||| ||||||| | |||||
## S1               232 CCTCGCATAAACGCGATAAC    251
## 
## P1               174 CCTCTAACCTAAAATTACTA    193
##                      ||||||||||||||||||||
## S1               252 CCTCTAACCTAAAATTACTA    271
## 
## P1               194 AA    195
##                      ||
## S1               272 AA    273
## 
## 
## #---------------------------------------
## #---------------------------------------

Direction determination

Sequencing result #2 corresponds to reverse direction

Forward

To find nucleotides of reference DNA sequence positions on sequencing result, the trimmed sequence of primary peaks from forward sequencing results is aligned with bisulfite converted reference DNA sense sequence.

Alignment

Warning: Insufficient length or quality of trimmed forward sequencing.

Aligned sequences

Warning: Insufficient length or quality of trimmed forward sequencing.

Reverse

To find nucleotides of reference DNA sequence positions on sequencing result, the trimmed sequence of primary peaks from reverse sequencing results is aligned with bisulfite converted reference DNA antisense sequence.

Alignment

## ########################################
## # Program: Biostrings (version 2.64.0), a Bioconductor package
## # Rundate: Wed May 18 12:53:17 2022
## ########################################
## #=======================================
## #
## # Aligned_sequences: 2
## # 1: P1
## # 2: S1
## # Matrix: NA
## # Gap_penalty: 14.0
## # Extend_penalty: 4.0
## #
## # Length: 142
## # Identity:     130/142 (91.5%)
## # Similarity:    NA/142 (NA%)
## # Gaps:           0/142 (0.0%)
## # Score: 186.8367
## #
## #
## #=======================================
## 
## P1                54 CCCCCCATACCACTAATTAA     73
##                      |||||| |||| ||||||||
## S1               132 CCCCCCGTACCGCTAATTAA    151
## 
## P1                74 CTAAAAATTCACCTACCAAC     93
##                      ||||||||||||||||| ||
## S1               152 CTAAAAATTCACCTACCGAC    171
## 
## P1                94 CACAACCAATCAACAACACA    113
##                      ||||||||||||||||| | 
## S1               172 CACAACCAATCAACAACGCG    191
## 
## P1               114 AACCCCTCCCCAAAACAAAA    133
##                      |||||||||||||||| |||
## S1               192 AACCCCTCCCCAAAACGAAA    211
## 
## P1               134 CTAACAACCCACCCACCCAA    153
##                      ||||| |||| ||||||| |
## S1               212 CTAACGACCCGCCCACCCGA    231
## 
## P1               154 CCTCACATAAACACAATAAC    173
##                      |||| ||||||| | |||||
## S1               232 CCTCGCATAAACGCGATAAC    251
## 
## P1               174 CCTCTAACCTAAAATTACTA    193
##                      ||||||||||||||||||||
## S1               252 CCTCTAACCTAAAATTACTA    271
## 
## P1               194 AA    195
##                      ||
## S1               272 AA    273
## 
## 
## #---------------------------------------
## #---------------------------------------

Aligned sequences

Aligned sequence from reverse sequencing result (Pattern P1):

Length: 142 bp

## CCCCCCATACCACTAATTAACTAAAAATTCACCTACCAACCACAACCAATCAACAACACAAACCCCTCCCCAAAACAAAACTAACAACCCACCCACCCAACCTCACATAAACACAATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAA

Aligned sequence from bisulfite converted reference DNA antisense sequence (Subject S1):

Length: 142 bp

## CCCCCCGTACCGCTAATTAACTAAAAATTCACCTACCGACCACAACCAATCAACAACGCGAACCCCTCCCCAAAACGAAACTAACGACCCGCCCACCCGACCTCGCATAAACGCGATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAA

Quality control

Summary

Thresholds	Values
Minimum length of the aligned sequence :	30 bp
Minimum identity percentage of alignment :	75 %
Minimum of bisulfite conversion rate mean :	0.9

Direction	Sequencing	Length	Identity	Mismatch	Indel in DNA reference	Indel in sequencing	Mean of conversion rates	SD of conversion rates	Quality Result
Reverse	#2	142	91.55	12	0	0	0.95	0.07	Correct

Forward sequencing result could have not been trimmed due to poor quality.

Mismatch positions

Forward

Reverse

Positions in trimmed sequencing result	Nucleotides in trimmed sequencing result	Positions in reference DNA sequence	Nucleotides in reference DNA sequence
60	A	138	G
65	A	143	G
91	A	169	G
111	A	189	G
113	A	191	G
130	A	208	G
139	A	217	G
144	A	222	G
152	A	230	G
158	A	236	G
166	A	244	G
168	A	246	G

Insertions/deletions

Forward

Reverse

No insertions/deletions in reverse alignment.

Conversion rates

Combined

C number	Bisulfite conversion rate Reverse
50	1.00
49	1.00
48	0.99
47	1.00
46	0.99
45	0.89
44	1.00
43	1.00
42	0.90
41	1.00
40	1.00
39	0.79
38	0.74
37	0.87
36	1.00
35	1.00
34	0.87
33	0.96
32	0.90
31	0.96
30	0.93
29	1.00
28	1.00
27	0.91
26	1.00
25	1.00
24	0.90
23	1.00
22	1.00
21	1.00
20	1.00
19	NaN

Forward

Reverse

C number	Position in reference DNA	Position in sequencing result (trimmed)	Position in sequencing result (raw)	A peak	T peak	G peak	C peak	Bisulfite conversion rate
50	146	68	75	561	235	0	0	1.00
49	150	72	79	527	0	0	0	1.00
48	151	73	80	341	2	4	1	0.99
47	154	76	83	502	0	0	0	1.00
46	156	78	85	449	0	6	0	0.99
45	157	79	86	394	0	51	0	0.89
44	158	80	87	549	0	0	0	1.00
43	166	88	95	587	0	0	0	1.00
42	170	92	99	240	2	28	0	0.90
41	176	98	105	340	10	0	6	1.00
40	184	106	113	282	111	0	2	1.00
39	187	109	116	437	0	114	0	0.79
38	192	114	121	254	17	89	0	0.74
37	204	126	133	324	0	49	0	0.87
36	205	127	134	555	0	1	0	1.00
35	206	128	135	549	0	0	0	1.00
34	209	131	138	392	12	61	0	0.87
33	211	133	140	392	29	17	0	0.96
32	214	136	143	689	236	75	0	0.90
31	218	140	147	386	0	15	0	0.96
30	231	153	160	319	0	25	42	0.93
29	241	163	170	394	49	0	20	1.00
28	247	169	176	521	135	0	0	1.00
27	249	171	178	601	0	60	0	0.91
26	258	180	187	425	12	0	0	1.00
25	262	184	191	551	47	0	83	1.00
24	263	185	192	327	0	37	0	0.90
23	265	187	194	507	171	0	4	1.00
22	268	190	197	637	319	0	0	1.00
21	272	194	201	497	22	0	0	1.00
20	273	195	202	293	23	0	31	1.00
19	274	196	203	0	6	0	600	NaN

Maximum aligned sequence

The maximum aligned sequence corresponds to the maximum sequence covered by at least one correct sequencing.

Length of max aligned sequence : 143 bp
Coordinates of max aligned sequence : chr16:68771007-68771149

Maximum aligned sequence (on bisulfite converted sense sequence from the plus strand sequence) :

## TTTTAGTAATTTTAGGTTAGAGGGTTATCGCGTTTATGCGAGGTCGGGTGGGCGGGTCGTTAGTTTCGTTTTGGGGAGGGGTTCGCGTTGTTGATTGGTTGTGGTCGGTAGGTGAATTTTTAGTTAATTAGCGGTACGGGGGG

Methylation

Combined

CG number	Chromosome	Start	End	Methylation Percentage Forward	Methylation Percentage Reverse	Methylation Percentage Average	Methylation Percentage SD
16	chr16	68771143	68771144	NA	23.22	23.22	NA
15	chr16	68771138	68771139	NA	0.00	0.00	NA
14	chr16	68771112	68771113	NA	0.00	0.00	NA
13	chr16	68771092	68771093	NA	0.00	0.00	NA
12	chr16	68771090	68771091	NA	0.00	0.00	NA
11	chr16	68771073	68771074	NA	0.00	0.00	NA
10	chr16	68771064	68771065	NA	3.40	3.40	NA
9	chr16	68771059	68771060	NA	0.00	0.00	NA
8	chr16	68771051	68771052	NA	1.40	1.40	NA
7	chr16	68771045	68771046	NA	0.00	0.00	NA
6	chr16	68771037	68771038	NA	1.33	1.33	NA
5	chr16	68771035	68771036	NA	13.16	13.16	NA

Forward

Warning: No sequencing data from foward direction sequencing.

Reverse

CG number	Chromosome	Start	End	G position in reference DNA	G position in sequencing result (trimmed)	G position in sequencing result (raw)	A peak	T peak	G peak	C peak	Methylation Percentage
16	chr16	68771143	68771144	138	60	67	205	0	62	0	23.22
15	chr16	68771138	68771139	143	65	72	199	0	0	165	0.00
14	chr16	68771112	68771113	169	91	98	321	0	0	0	0.00
13	chr16	68771092	68771093	189	111	118	277	0	0	218	0.00
12	chr16	68771090	68771091	191	113	120	295	0	0	224	0.00
11	chr16	68771073	68771074	208	130	137	372	30	0	0	0.00
10	chr16	68771064	68771065	217	139	146	426	0	15	3	3.40
9	chr16	68771059	68771060	222	144	151	281	22	0	263	0.00
8	chr16	68771051	68771052	230	152	159	282	0	4	51	1.40
7	chr16	68771045	68771046	236	158	165	342	56	0	86	0.00
6	chr16	68771037	68771038	244	166	173	296	0	4	180	1.33
5	chr16	68771035	68771036	246	168	175	297	0	45	12	13.16

Individual methylation plot

Output data

Directories

Files

alignments

CDH1_Low methylated DNA_2_aligned_DNAref_R.fasta

CDH1_Low methylated DNA_2_aligned_max_seq.fasta

CDH1_Low methylated DNA_2_aligned_seqresult_R.fasta

CDH1_Low methylated DNA_2_alignment_R.pair

chromatograms

CDH1_Low methylated DNA_2_chromatogram_1.pdf

CDH1_Low methylated DNA_2_chromatogram_2.pdf

CDH1_Low methylated DNA_2_chromatogram_trimmed_2.pdf

data

CDH1_Low methylated DNA_2_methdata.csv

plots

CDH1_Low methylated DNA_2_plot.png

legend_bases.png

legend_methylation_gradient.png

sequences

CDH1_BS_antisense.fasta

CDH1_BS_sense.fasta

CDH1_minus.fasta

CDH1_plus.fasta

tables

CDH1_Low methylated DNA_2_bisconv_table.csv

CDH1_Low methylated DNA_2_bisconv_table.png

CDH1_Low methylated DNA_2_bisconv_table.xlsx

CDH1_Low methylated DNA_2_meth_table.csv

CDH1_Low methylated DNA_2_meth_table.png

CDH1_Low methylated DNA_2_meth_table.xlsx

CDH1_Low methylated DNA_2_QC.png

CDH1_Low methylated DNA_2_QC_table.csv

CDH1_Low methylated DNA_2_QC_table.xlsx

CDH1_Low methylated DNA_2_seqtable_1.csv

CDH1_Low methylated DNA_2_seqtable_1.xlsx

CDH1_Low methylated DNA_2_seqtable_2.csv

CDH1_Low methylated DNA_2_seqtable_2.xlsx

CDH1_Low methylated DNA_2_seqtable_trimmed_2.csv

CDH1_Low methylated DNA_2_seqtable_trimmed_2.xlsx

CDH1_Low methylated DNA_2_trimmedseq.png

CDH1_Low methylated DNA_2_trimmedseq_table.csv

CDH1_Low methylated DNA_2_trimmedseq_table.xlsx

Methylation data file preview

CG_nb	chromosome	start	end	meth_F	meth_R	meth_avg	meth_sd	collection	group	rep	clone	alg_coord_start	alg_coord_end
16	chr16	68771143	68771144	NA	23.22	23.22	NA		Low methylated DNA	2	NA	68771007	68771149
15	chr16	68771138	68771139	NA	0.00	0.00	NA		Low methylated DNA	2	NA	68771007	68771149
14	chr16	68771112	68771113	NA	0.00	0.00	NA		Low methylated DNA	2	NA	68771007	68771149
13	chr16	68771092	68771093	NA	0.00	0.00	NA		Low methylated DNA	2	NA	68771007	68771149
12	chr16	68771090	68771091	NA	0.00	0.00	NA		Low methylated DNA	2	NA	68771007	68771149
11	chr16	68771073	68771074	NA	0.00	0.00	NA		Low methylated DNA	2	NA	68771007	68771149
10	chr16	68771064	68771065	NA	3.40	3.40	NA		Low methylated DNA	2	NA	68771007	68771149
9	chr16	68771059	68771060	NA	0.00	0.00	NA		Low methylated DNA	2	NA	68771007	68771149
8	chr16	68771051	68771052	NA	1.40	1.40	NA		Low methylated DNA	2	NA	68771007	68771149
7	chr16	68771045	68771046	NA	0.00	0.00	NA		Low methylated DNA	2	NA	68771007	68771149
6	chr16	68771037	68771038	NA	1.33	1.33	NA		Low methylated DNA	2	NA	68771007	68771149
5	chr16	68771035	68771036	NA	13.16	13.16	NA		Low methylated DNA	2	NA	68771007	68771149